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- PDB-8f9j: H64A swMb-PrNO adduct -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8f9j
タイトルH64A swMb-PrNO adduct
要素Myoglobin
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Myoglobin / Nitroso / nitosopropane / RNO / Mb / PrNO
機能・相同性
機能・相同性情報


nitrite reductase activity / 酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する / sarcoplasm / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / removal of superoxide radicals / oxygen carrier activity / oxygen binding / peroxidase activity / heme binding / extracellular exosome / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Myoglobin / Globin domain profile. / Globin / Globin / Globin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / 1-nitrosopropane / Myoglobin
類似検索 - 構成要素
生物種Physeter catodon (マッコウクジラ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Herrera, V.E. / Thomas, L.M.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE-1566509 米国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE-1213674 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P20GM103640 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2023
タイトル: Insights into Nitrosoalkane Binding to Myoglobin Provided by Crystallography of Wild-Type and Distal Pocket Mutant Derivatives.
著者: Herrera, V.E. / Charles, T.P. / Scott, T.G. / Prather, K.Y. / Nguyen, N.T. / Sohl, C.D. / Thomas, L.M. / Richter-Addo, G.B.
履歴
登録2022年11月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年11月8日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Myoglobin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,3727
ポリマ－17,2981
非ポリマー1,0746
水3,099172
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy, UV-Vis spectroscopy supported ligand bound swMb-PrNO
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1580 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area8240 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)90.590, 90.590, 45.376
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number168
Space group name H-MP6
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-458-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Myoglobin


分子量: 17298.094 Da / 分子数: 1 / 変異: H64A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Physeter catodon (マッコウクジラ)
遺伝子: MB / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P02185
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-XEM / 1-nitrosopropane / 1-ニトロソプロパン


分子量: 73.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7NO / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 172 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.41 %
結晶化温度: 298 K / 手法: batch mode
詳細: 2.3-2.6 M Ammonium Sulfate, 100 mM Tris-HCl, 1 mm EDTA, pH 7.4

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→50 Å / Num. obs: 21393 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.057 / Χ2: 1.748 / Net I/σ(I): 11.8 / Num. measured all: 107327
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.75-1.782.80.1239670.9770.080.1480.55688.6
1.78-1.813.40.12610000.9810.0740.1470.74393.1
1.81-1.853.70.1179960.980.0650.1351.12496
1.85-1.8940.11410790.9840.0610.131.13599.2
1.89-1.934.60.11210680.9860.0550.1251.204100
1.93-1.975.10.110920.9920.0470.1111.058100
1.97-2.025.20.08510550.9930.040.0941.393100
2.02-2.075.30.07310770.9950.0340.081.127100
2.07-2.145.50.06910770.9960.0310.0761.421100
2.14-2.25.60.06410810.9960.0290.0711.289100
2.2-2.285.70.06110710.9960.0280.0671.417100
2.28-2.385.80.0610970.9960.0270.0651.644100
2.38-2.485.70.05510660.9970.0240.061.67100
2.48-2.615.70.05810730.9970.0260.0641.726100
2.61-2.785.70.06110770.9960.0270.0672.271100
2.78-2.995.60.05110950.9970.0230.0562.221100
2.99-3.295.50.04210930.9980.020.0472.61100
3.29-3.775.40.03910980.9980.0180.0432.359100
3.77-4.755.20.03910920.9980.0190.0432.833100
4.75-504.40.03811390.9990.0190.0433.58999.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5ile

5ile


解像度: 1.75→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 1.595 / SU ML: 0.053 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.093 / ESU R Free: 0.092 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1918 1052 4.9 %RANDOM
Rwork0.1643 ---
obs0.1657 20329 98.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 58.97 Å2 / Biso mean: 13.556 Å2 / Biso min: 5.88 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.06 Å20.03 Å20 Å2
2--0.06 Å20 Å2
3----0.19 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.75→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1212 0 68 172 1452
Biso mean--16.58 21.92 -
残基数----153
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0131311
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0171241
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9221.6931774
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5861.6152876
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4365152
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.40123.33357
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.53515235
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.618154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.2156
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.021424
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0070.02265
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.795 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.206 67 -
Rwork0.167 1354 -
all-1421 -
obs--89.6 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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