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万見
- PDB-8f9d: Compound 21 bound to procaspase-6 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8f9d
タイトルCompound 21 bound to procaspase-6
要素Procaspase-6
キーワードAPOPTOSIS / HYDROLASE/INHIBITOR / inhibitor / procaspase-6 / protease / HYDROLASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


caspase-6 / Breakdown of the nuclear lamina / regulation of programmed cell death / positive regulation of necroptotic process / cellular response to staurosporine / cysteine-type endopeptidase activity involved in execution phase of apoptosis / cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / hepatocyte apoptotic process / TP53 Regulates Transcription of Caspase Activators and Caspases / Apoptotic cleavage of cellular proteins ...caspase-6 / Breakdown of the nuclear lamina / regulation of programmed cell death / positive regulation of necroptotic process / cellular response to staurosporine / cysteine-type endopeptidase activity involved in execution phase of apoptosis / cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / hepatocyte apoptotic process / TP53 Regulates Transcription of Caspase Activators and Caspases / Apoptotic cleavage of cellular proteins / pyroptotic inflammatory response / protein autoprocessing / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / Caspase-mediated cleavage of cytoskeletal proteins / cysteine-type peptidase activity / epithelial cell differentiation / activation of innate immune response / positive regulation of neuron apoptotic process / positive regulation of apoptotic process / cysteine-type endopeptidase activity / apoptotic process / proteolysis / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Peptidase family C14A, His active site / Caspase family histidine active site. / Peptidase C14, caspase non-catalytic subunit p10 / Peptidase family C14A, cysteine active site / Caspase family cysteine active site. / Caspase family p10 domain profile. / Peptidase C14A, caspase catalytic domain / Caspase, interleukin-1 beta converting enzyme (ICE) homologues / Peptidase C14, p20 domain / Caspase family p20 domain profile. ...Peptidase family C14A, His active site / Caspase family histidine active site. / Peptidase C14, caspase non-catalytic subunit p10 / Peptidase family C14A, cysteine active site / Caspase family cysteine active site. / Caspase family p10 domain profile. / Peptidase C14A, caspase catalytic domain / Caspase, interleukin-1 beta converting enzyme (ICE) homologues / Peptidase C14, p20 domain / Caspase family p20 domain profile. / : / Caspase domain / Caspase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Chem-XNK / Caspase-6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Fan, P. / Zhao, Y. / Renslo, A.R. / Arkin, M.R.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2023
タイトル: Systematic Study of Heteroarene Stacking Using a Congeneric Set of Molecular Glues for Procaspase-6.
著者: Togo, T. / Tram, L. / Denton, L.G. / ElHilali-Pollard, X. / Gu, J. / Jiang, J. / Liu, C. / Zhao, Y. / Zhao, Y. / Zheng, Y. / Zheng, Y. / Yang, J. / Fan, P. / Arkin, M.R. / Harma, H. / Sun, D. ...著者: Togo, T. / Tram, L. / Denton, L.G. / ElHilali-Pollard, X. / Gu, J. / Jiang, J. / Liu, C. / Zhao, Y. / Zhao, Y. / Zheng, Y. / Zheng, Y. / Yang, J. / Fan, P. / Arkin, M.R. / Harma, H. / Sun, D. / Canan, S.S. / Wheeler, S.E. / Renslo, A.R.
履歴
登録2022年11月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年12月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Procaspase-6
B: Procaspase-6
C: Procaspase-6
D: Procaspase-6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,4669
ポリマ－136,4874
非ポリマー9795
水3,387188
1
A: Procaspase-6
B: Procaspase-6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,5303
ポリマ－68,2442
非ポリマー2861
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3130 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area21680 Å2
手法PISA
2
C: Procaspase-6
D: Procaspase-6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,9366
ポリマ－68,2442
非ポリマー6934
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4300 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area20520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.529, 101.529, 321.926
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
22
33
44
55
66
/ NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

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要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Procaspase-6 / CASP-6 / CSP-6 / Apoptotic protease Mch-2


分子量: 34121.801 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CASP6, MCH2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P55212, caspase-6

-
非ポリマー , 5種, 193分子

#2: 化合物 ChemComp-XNK / 5-fluoro-2-({[(3M)-3-(1,2,4-oxadiazol-3-yl)pyridin-2-yl]amino}methyl)phenol


分子量: 286.261 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H11FN4O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 188 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.95 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7, 4% w/v PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→48.41 Å / Num. obs: 54317 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 15.7 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.154 / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.159 / Χ2: 1 / Net I/σ(I): 15.2 / Num. measured all: 852492
反射 シェル解像度: 2.65→2.73 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 16.2 % / Rmerge(I) obs: 1.685 / Num. measured all: 72174 / Num. unique obs: 4446 / CC1/2: 0.886 / Rpim(I) all: 0.431 / Rrim(I) all: 1.74 / Χ2: 0.98 / Net I/σ(I) obs: 1.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.7データスケーリング
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.65→48.46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 12.906 / SU ML: 0.235 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.351 / ESU R Free: 0.248 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2294 2769 5.1 %RANDOM
Rwork0.19327 ---
obs0.1951 51447 99.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 71.876 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.3 Å21.65 Å20 Å2
2--3.3 Å2-0 Å2
3----10.7 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.65→48.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7974 0 69 188 8231
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0138286
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0157725
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5191.65611148
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2741.5917788
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.6535987
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.74821.611453
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.933151439
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.2751556
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.21033
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.029287
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022025
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.5457.2683960
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other5.5397.2673959
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it8.11510.8884937
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other8.11610.894938
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.4197.9954326
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other6.4197.9964327
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other9.711.7236210
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined11.91180.518676
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other11.91680.5018662
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A81800.04
12B81800.04
21A77650.08
22C77650.08
31A78490.06
32D78490.06
41B77780.07
42C77780.07
51B78550.06
52D78550.06
61C78260.06
62D78260.06
LS精密化 シェル解像度: 2.65→2.719 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.45 203 -
Rwork0.401 3816 -
obs--99.85 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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