PDB-8f95: Crystal structure of Ky15.2 Fab in complex with circumsporozoite ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8f95

タイトル

Crystal structure of Ky15.2 Fab in complex with circumsporozoite protein DND peptide

要素

Circumsporozoite protein DND peptide
Ky15.2 Antibody, heavy chain
Ky15.2 Antibody, light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Malaria / Antibody

機能・相同性

機能・相同性情報

side of membrane / cell surface / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.45 Å

データ登録者

Thai, E. / Julien, J.P.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Cell Rep / 年: 2023
タイトル: Molecular determinants of cross-reactivity and potency by VH3-33 antibodies against the Plasmodium falciparum circumsporozoite protein.
著者: Thai, E. / Murugan, R. / Binter, S. / Burn Aschner, C. / Prieto, K. / Kassardjian, A. / Obraztsova, A.S. / Kang, R.W. / Flores-Garcia, Y. / Mathis-Torres, S. / Li, K. / Horn, G.Q. / Huntwork, ...

履歴

登録	2022年11月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年11月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年12月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2024年3月20日	Group: Source and taxonomy / カテゴリ: pdbx_entity_src_syn Item: _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific
改定 1.3	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb8f95.ent.gz	292.9 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8f95_validation.pdf.gz	459.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8f95_full_validation.pdf.gz	463.1 KB	表示
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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f9/8f95 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f9/8f95	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8f9eC 8f9fC 8f9sC 8f9tC 8f9uC 8f9vC 8f9wC 8fa6C 8fa7C 8fa8C 8fa9C 8fanC 8fasC 8fatC 8fb5C 8fb6C 8fb7C 8fb8C 8fbaC 8fdcC 8fddC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

H: Ky15.2 Antibody, heavy chain

L: Ky15.2 Antibody, light chain

A: Ky15.2 Antibody, heavy chain

B: Ky15.2 Antibody, light chain

C: Circumsporozoite protein DND peptide

P: Circumsporozoite protein DND peptide

ヘテロ分子

98.3 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

H: Ky15.2 Antibody, heavy chain

L: Ky15.2 Antibody, light chain

P: Circumsporozoite protein DND peptide

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: surface plasmon resonance
49.1 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Ky15.2 Antibody, heavy chain

B: Ky15.2 Antibody, light chain

C: Circumsporozoite protein DND peptide

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49.1 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	75.584, 90.514, 133.549
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: 抗体	Ky15.2 Antibody, heavy chain 分子量: 24137.158 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	Ky15.2 Antibody, light chain 分子量: 23366.986 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質・ペプチド	Circumsporozoite protein DND peptide / CS 分子量: 1265.286 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成由来: (合成) Plasmodium falciparum (isolate NF54) (マラリア病原虫) 参照: UniProt: P08307
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 251 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.48 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 25% (w/v) PEG3350, 0.2 M NaCl, 0.1 M Tris pH 8.5

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033192 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.033192 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.45→40 Å / Num. obs: 34421 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.4 % / B_iso Wilson estimate: 41.8 Å² / CC_1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 8.9
反射シェル	解像度: 2.45→2.49 Å / Num. unique obs: 1586 / CC_1/2: 0.744

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19_4080	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.45→38.83 Å / SU ML: 0.3401 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.6271
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2335	1719	5.01 %
R_work	0.1872	32624	-
obs	0.1895	34343	99.87 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 45.97 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.45→38.83 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6825	0	48	251	7124

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0025	7152
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5979	9747
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0438	1103
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0044	1243
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.5368	2581

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.45-2.52	0.3606	143	0.2869	2704	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.52-2.6	0.321	140	0.2727	2660	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.6-2.7	0.3193	141	0.2513	2687	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.7-2.8	0.2784	140	0.232	2661	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.8-2.93	0.2713	142	0.2437	2697	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.93-3.09	0.2998	141	0.232	2674	X-RAY DIFFRACTION	99.68
3.09-3.28	0.2414	142	0.1994	2704	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.28-3.53	0.256	143	0.1925	2699	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.53-3.89	0.209	144	0.1713	2732	X-RAY DIFFRACTION	99.9
3.89-4.45	0.1922	144	0.148	2745	X-RAY DIFFRACTION	99.93
4.45-5.6	0.1813	146	0.139	2764	X-RAY DIFFRACTION	99.86
5.6-38.83	0.1979	153	0.1707	2897	X-RAY DIFFRACTION	99.71

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.421509291564	0.21299991555	-0.698701948294	0.614073359608	0.267692519657	2.88937991186	-0.0333017356903	0.0124755861791	-0.117591354612	0.00784417606895	0.0217300973491	-0.0226018621211	0.0986371196716	-0.0597560464897	-0.0245078560714	0.262325758369	0.0109618679604	0.00118222541709	0.275854258715	0.00390055950915	0.301437685667	-5.111	-16.065	14.64
2	3.10215666371	-0.306702644753	-1.46520564407	1.38026604764	0.718752723892	1.99492114744	-0.0201360808185	0.0582809504265	-0.230376200682	0.168349169379	-0.0962056108839	0.0242393471598	0.263533517767	-0.211290906006	0.0970984023736	0.382914558941	0.0443513738733	-0.0270098938297	0.339353401196	-0.0126335510882	0.306315894595	-22.286	-4.728	43.805
3	2.24017614814	-1.95175338407	-1.52059172346	2.6449074482	1.90064136358	2.9868358374	0.114087658626	0.196561899854	0.129939084932	-0.121116839346	-0.0672376760374	0.0162092976863	-0.220247926719	-0.18744963161	-0.0454564869	0.315040057287	-0.000244009117799	0.00120913985571	0.325963450021	0.0396876508868	0.281361706136	-11.29	4.233	8.243
4	2.12388875163	0.366826290145	0.208720433044	2.06348555856	0.970113959441	3.50516071591	0.117437840124	-0.0468069605788	-0.0493904948457	0.0178986759027	-0.0117404388994	-0.11770451629	-0.18798545562	0.0357238798122	-0.150198528083	0.307620479677	0.0317825853018	0.0148732362337	0.28002711816	0.00603301535487	0.307670418275	-14.441	9.211	43.98
5	0.810327662348	0.0646443347299	-1.24931652191	0.162404516405	-0.495527293073	2.79558276313	-0.101020708024	-0.119803188467	-0.331534471861	-0.0396665033474	0.0555391766931	-0.0137683646222	0.586989974127	-0.514699500492	0.0410581283799	0.49966405097	-0.180123983736	-0.035441842997	0.596722391737	0.113002357616	0.453509652625	5.952	-16.938	69.68
6	1.55113655553	0.54903566595	-0.679056223808	1.59045516465	-0.770840381222	2.37845808943	-0.02191222957	0.167666317279	0.00837998320391	-0.236720865346	0.0882578384179	-0.0720538352972	0.113214423779	0.0136623476972	-0.0207458234738	0.306603927571	-0.00793731207119	-0.00073316133615	0.350187413413	-0.0809076381779	0.339562907481	23.934	-5.533	40.62
7	2.25350140943	2.21123556145	0.0281610222665	3.9989936696	-1.1428117483	2.99950871761	-0.0239987828422	-0.173429289832	0.209323298803	0.0625045472881	0.127556914745	0.190218467738	-0.185206254605	-0.627878883894	-0.0748517455288	0.29668797061	0.0586317559891	0.00763853574926	0.456089259684	0.0490691671646	0.289019907797	11.172	3.693	75.183
8	1.15352586679	0.771304506101	1.59784769704	1.92860981275	1.17297258124	3.42013754836	0.010763734072	0.0787050180595	-0.0236645258421	-0.110939235891	0.0710443658978	0.0273790219829	-0.23050590856	-0.0758718668744	-0.0598764931278	0.302742711516	0.0212113338054	0.0448249025298	0.387893045554	-0.0252434380954	0.327836400257	15.722	7.574	40.108
9	5.49989530894	0.276397342026	0.29947461257	3.36739442489	1.44218399358	0.809002709659	-0.0353994777214	-0.0590765194213	-0.184253571081	0.663092365746	-0.00237049925151	0.163703412041	0.143829128369	-0.0801827638884	0.0760231025655	0.61573539836	-0.0947556836436	0.00147415808744	0.908808208705	0.208229678595	0.414715758401	0.17	-14.471	87.03
10	9.08510103678	0.524612032717	-0.36787015369	8.0640404521	2.61325782276	4.66973824007	-0.310941820047	0.804228783198	-0.148610159309	-0.886953468778	0.301961820221	0.0654170496459	0.536333657493	0.802678216444	-0.0624243168972	0.541856881642	-0.0129675287665	0.0908209994631	0.401840797095	0.00824374734853	0.3405974579	0.301	-14.474	-3.151

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN H AND RESID 1:123 )	H	1 - 123
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN H AND RESID 124:216 )	H	124 - 216
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN L AND RESID 1:106 )	L	1 - 106
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN L AND RESID 107:213 )	L	107 - 213
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN A AND RESID 1:123 )	A	1 - 123
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN A AND RESID 124:216 )	A	124 - 216
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN B AND RESID 1:106 )	B	1 - 106
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN B AND RESID 107:213 )	B	107 - 213
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN C AND RESID 1:11 )	C	1 - 11
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN P AND RESID 1:11 )	P	1 - 11

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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