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- PDB-8f92: HIV Env BG505_MD39_B11 SOSIP boosting trimer in complex with B11_... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8f92
タイトルHIV Env BG505_MD39_B11 SOSIP boosting trimer in complex with B11_d77.7 mouse Fab and RM20A3 Fab
要素
  • (B11_d77.7 Fab ...) x 2
  • (BG505_MD39_B11 ...) x 2
  • RM20A3 Fab heavy chain
  • RM20A3 Fab light chain
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / mouse antibody / germline targeting / HIV-1 / vaccine design / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
生物種Human immunodeficiency virus (ヒト免疫不全ウイルス)
Macaca mulatta (アカゲザル)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.14 Å
データ登録者Torres, J.L. / Ozorowski, G. / Ward, A.B.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
Bill & Melinda Gates FoundationOPP1115782/INV-002916 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)UMI A1144462 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2024
タイトル: mRNA-LNP HIV-1 trimer boosters elicit precursors to broad neutralizing antibodies.
著者: Zhenfei Xie / Ying-Cing Lin / Jon M Steichen / Gabriel Ozorowski / Sven Kratochvil / Rashmi Ray / Jonathan L Torres / Alessia Liguori / Oleksandr Kalyuzhniy / Xuesong Wang / John E Warner / ...著者: Zhenfei Xie / Ying-Cing Lin / Jon M Steichen / Gabriel Ozorowski / Sven Kratochvil / Rashmi Ray / Jonathan L Torres / Alessia Liguori / Oleksandr Kalyuzhniy / Xuesong Wang / John E Warner / Stephanie R Weldon / Gordon A Dale / Kathrin H Kirsch / Usha Nair / Sabyasachi Baboo / Erik Georgeson / Yumiko Adachi / Michael Kubitz / Abigail M Jackson / Sara T Richey / Reid M Volk / Jeong Hyun Lee / Jolene K Diedrich / Thavaleak Prum / Samantha Falcone / Sunny Himansu / Andrea Carfi / John R Yates / James C Paulson / Devin Sok / Andrew B Ward / William R Schief / Facundo D Batista /
要旨: Germline-targeting (GT) HIV vaccine strategies are predicated on deriving broadly neutralizing antibodies (bnAbs) through multiple boost immunogens. However, as the recruitment of memory B cells ...Germline-targeting (GT) HIV vaccine strategies are predicated on deriving broadly neutralizing antibodies (bnAbs) through multiple boost immunogens. However, as the recruitment of memory B cells (MBCs) to germinal centers (GCs) is inefficient and may be derailed by serum antibody-induced epitope masking, driving further B cell receptor (BCR) modification in GC-experienced B cells after boosting poses a challenge. Using humanized immunoglobulin knockin mice, we found that GT protein trimer immunogen N332-GT5 could prime inferred-germline precursors to the V3-glycan-targeted bnAb BG18 and that B cells primed by N332-GT5 were effectively boosted by either of two novel protein immunogens designed to have minimum cross-reactivity with the off-target V1-binding responses. The delivery of the prime and boost immunogens as messenger RNA lipid nanoparticles (mRNA-LNPs) generated long-lasting GCs, somatic hypermutation, and affinity maturation and may be an effective tool in HIV vaccine development.
履歴
登録2022年11月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22024年6月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BG505_MD39_B11 gp120
C: RM20A3 Fab heavy chain
D: RM20A3 Fab light chain
B: BG505_MD39_B11 gp41
H: B11_d77.7 Fab heavy chain
L: B11_d77.7 Fab kappa light chain
E: BG505_MD39_B11 gp120
J: RM20A3 Fab heavy chain
M: RM20A3 Fab light chain
G: BG505_MD39_B11 gp41
O: B11_d77.7 Fab heavy chain
Q: B11_d77.7 Fab kappa light chain
F: BG505_MD39_B11 gp120
K: RM20A3 Fab heavy chain
N: RM20A3 Fab light chain
I: BG505_MD39_B11 gp41
P: B11_d77.7 Fab heavy chain
R: B11_d77.7 Fab kappa light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)392,35472
ポリマ－375,66218
非ポリマー16,69354
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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BG505 MD39 B11 ... , 2種, 6分子 AEFBGI

#1: タンパク質 BG505_MD39_B11 gp120


分子量: 54126.512 Da / 分子数: 3 / 変異: BG505_MD39_B11 SOSIP mutations / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus (ヒト免疫不全ウイルス)
細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: タンパク質 BG505_MD39_B11 gp41


分子量: 18250.541 Da / 分子数: 3 / 変異: BG505_MD39_B11 SOSIP mutations / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus (ヒト免疫不全ウイルス)
細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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抗体 , 4種, 12分子 CJKDMNHOPLQR

#2: 抗体 RM20A3 Fab heavy chain


分子量: 13511.111 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 RM20A3 Fab light chain


分子量: 13508.800 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#5: 抗体 B11_d77.7 Fab heavy chain


分子量: 14061.645 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#6: 抗体 B11_d77.7 Fab kappa light chain


分子量: 11761.930 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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糖 , 4種, 54分子

#7: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1072.964 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d2-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#8: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#9: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#10: 糖...
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: HIV-1 Env BG505_MD39_B11 SOSIP in complex with Fabs B11_d77.7 and RM20A3
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#6 / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量実験値: NO
緩衝液pH: 7.4
試料濃度: 5.9 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: 5-6 s blot time

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 9.8 sec. / 電子線照射量: 50.7 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2Leginon画像取得
4GctfCTF補正
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
8Cootモデルフィッティング
13cryoSPARC3.2３次元再構成
14Rosettaモデル精密化
15PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C3 (3回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.14 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 129821 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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