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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8f91 | |||||||||
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タイトル | OxyB, a cytochrome P450 involved in keratinimicin biosynthesis | |||||||||
要素 | OxyB | |||||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / Cytochrome P450 / monooxygenase / keratinimicin | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Amycolatopsis keratiniphila (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Ireland, K.A. / Davis, K.M. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2023 タイトル: Robust Chemoenzymatic Synthesis of Keratinimicin Aglycone Analogues Facilitated by the Structure and Selectivity of OxyB. 著者: Hauser, N. / Ireland, K.A. / Chioti, V.T. / Forneris, C.C. / Davis, K.M. / Seyedsayamdost, M.R. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8f91.cif.gz | 92.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8f91.ent.gz | 60.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8f91.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8f91_validation.pdf.gz | 785.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8f91_full_validation.pdf.gz | 791.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8f91_validation.xml.gz | 15.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8f91_validation.cif.gz | 20.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f9/8f91 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f9/8f91 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 5ex6S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 46425.711 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Amycolatopsis keratiniphila (バクテリア) 株: NRRL B24117 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A385L3H2 |
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#2: 化合物 | ChemComp-HEM / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.5 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 1.8 ammonium citrate tribasic, pH 7 / Temp details: Room temperature |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.9787 Å |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2022年2月6日 |
放射 | モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9787 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→56.62 Å / Num. obs: 12403 / % possible obs: 99.95 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 67.47 Å2 / CC1/2: 1 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.0177 / Rpim(I) all: 0.0177 / Rrim(I) all: 0.02503 / Net I/σ(I): 20.95 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.2136 / Mean I/σ(I) obs: 3.21 / Num. unique obs: 1208 / CC1/2: 0.829 / CC star: 0.952 / Rpim(I) all: 0.2136 / Rrim(I) all: 0.302 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 5EX6 解像度: 2.8→56.62 Å / SU ML: 0.3824 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.1207 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 68.45 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→56.62 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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