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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8f8u | |||||||||
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タイトル | Bifunctional ligase/repressor BirA from Klebsiella pneumoniae (Domain Swapped Dimer) | |||||||||
![]() | Bifunctional ligase/repressor BirA | |||||||||
![]() | TRANSCRIPTION / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex | |||||||||
機能・相同性 | ![]() biotin-[biotin carboxyl-carrier protein] ligase / biotin--[biotin carboxyl-carrier protein] ligase activity / protein modification process / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Bifunctional ligase/repressor BirA from Klebsiella pneumoniae (Domain Swapped Dimer) 著者: Liu, L. / Battaile, K.P. / Lovell, S. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 244.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 197.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 457.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 467.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 22.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 29.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36502.785 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: birA, B4U61_27335, B5L96_27980, BL124_00027250, BN49_4485, DDJ63_29720, DRB11_28835, EAO17_15035, FXN67_30565, G7Z27_25945, GJJ08_025595, GNE24_27625, GNG14_18750, HV479_27705, NCTC11679_ ...遺伝子: birA, B4U61_27335, B5L96_27980, BL124_00027250, BN49_4485, DDJ63_29720, DRB11_28835, EAO17_15035, FXN67_30565, G7Z27_25945, GJJ08_025595, GNE24_27625, GNG14_18750, HV479_27705, NCTC11679_05451, NCTC204_01612, NCTC3279_04746, NCTC5047_03297, NCTC5052_03568, NCTC8849_00281, NCTC9140_00986, NCTC9637_06311, NCTC9645_02159, NCTC9661_00981, SAMEA3499874_05300, SAMEA3499901_05308, SAMEA3500057_05333, SAMEA3512100_05201, SAMEA3538828_05246, SAMEA3649758_05372, SAMEA3720909_05478, SAMEA3727643_05796, SAMEA3727679_05497, SAMEA4364603_05401 プラスミド: Klpnc.17896.a.B1 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A0W7ZMT5, biotin-[biotin carboxyl-carrier protein] ligase #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.71 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Morpheus G3: 20%(v/v) Glycerol, 10% w/v PEG 4000, 100 mM Imidazole/MES, pH 6.5, 20 mM Sodium formate, 20 mM Ammonium acetate, 20 mM Sodium citrate tribasic, 20 mM Potassium sodium tartrate ...詳細: Morpheus G3: 20%(v/v) Glycerol, 10% w/v PEG 4000, 100 mM Imidazole/MES, pH 6.5, 20 mM Sodium formate, 20 mM Ammonium acetate, 20 mM Sodium citrate tribasic, 20 mM Potassium sodium tartrate and 20 mM Sodium oxamate, KlpnC.17896.a.B1.PW39036 at 30 mg/mL. Tray: Clover-Liu-S-045 / B1 , Puck: CPS5110_06, Cryo: 150% Morpheus G3. Protein crystals were dehydrated in this solution for 3 days before freezing. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年10月30日 |
放射 | モノクロメーター: Double Crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97949 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.85→84.093 Å / Num. obs: 20235 / % possible obs: 94.2 % / 冗長度: 6.7 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 17.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.85→2.98 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 1.709 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 1012 / CC1/2: 0.427 / % possible all: 49.3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.85→29.74 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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