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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8f8u | |||||||||
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タイトル | Bifunctional ligase/repressor BirA from Klebsiella pneumoniae (Domain Swapped Dimer) | |||||||||
要素 | Bifunctional ligase/repressor BirA | |||||||||
キーワード | TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス) / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 biotin-[biotin carboxyl-carrier protein] ligase / biotin-[acetyl-CoA-carboxylase] ligase activity / protein modification process / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae 1158 (肺炎桿菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å | |||||||||
データ登録者 | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: To be published タイトル: Bifunctional ligase/repressor BirA from Klebsiella pneumoniae (Domain Swapped Dimer) 著者: Liu, L. / Battaile, K.P. / Lovell, S. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8f8u.cif.gz | 244.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8f8u.ent.gz | 197.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8f8u.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f8/8f8u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f8/8f8u | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36502.785 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae 1158 (肺炎桿菌) 遺伝子: birA, B4U61_27335, B5L96_27980, BL124_00027250, BN49_4485, DDJ63_29720, DRB11_28835, EAO17_15035, FXN67_30565, G7Z27_25945, GJJ08_025595, GNE24_27625, GNG14_18750, HV479_27705, NCTC11679_ ...遺伝子: birA, B4U61_27335, B5L96_27980, BL124_00027250, BN49_4485, DDJ63_29720, DRB11_28835, EAO17_15035, FXN67_30565, G7Z27_25945, GJJ08_025595, GNE24_27625, GNG14_18750, HV479_27705, NCTC11679_05451, NCTC204_01612, NCTC3279_04746, NCTC5047_03297, NCTC5052_03568, NCTC8849_00281, NCTC9140_00986, NCTC9637_06311, NCTC9645_02159, NCTC9661_00981, SAMEA3499874_05300, SAMEA3499901_05308, SAMEA3500057_05333, SAMEA3512100_05201, SAMEA3538828_05246, SAMEA3649758_05372, SAMEA3720909_05478, SAMEA3727643_05796, SAMEA3727679_05497, SAMEA4364603_05401 プラスミド: Klpnc.17896.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: A0A0W7ZMT5, biotin-[biotin carboxyl-carrier protein] ligase #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.71 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Morpheus G3: 20%(v/v) Glycerol, 10% w/v PEG 4000, 100 mM Imidazole/MES, pH 6.5, 20 mM Sodium formate, 20 mM Ammonium acetate, 20 mM Sodium citrate tribasic, 20 mM Potassium sodium tartrate ...詳細: Morpheus G3: 20%(v/v) Glycerol, 10% w/v PEG 4000, 100 mM Imidazole/MES, pH 6.5, 20 mM Sodium formate, 20 mM Ammonium acetate, 20 mM Sodium citrate tribasic, 20 mM Potassium sodium tartrate and 20 mM Sodium oxamate, KlpnC.17896.a.B1.PW39036 at 30 mg/mL. Tray: Clover-Liu-S-045 / B1 , Puck: CPS5110_06, Cryo: 150% Morpheus G3. Protein crystals were dehydrated in this solution for 3 days before freezing. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97949 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年10月30日 |
放射 | モノクロメーター: Double Crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97949 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.85→84.093 Å / Num. obs: 20235 / % possible obs: 94.2 % / 冗長度: 6.7 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 17.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.85→2.98 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 1.709 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 1012 / CC1/2: 0.427 / % possible all: 49.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.85→29.74 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.69 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.85→29.74 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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