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- PDB-8f8l: The structure of Rv2173 from M. tuberculosis with DMAP bound -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8f8l
タイトルThe structure of Rv2173 from M. tuberculosis with DMAP bound
要素(2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase
キーワードTRANSFERASE / Rv2173 / M. tuberculosis / Isoprenyl diphosphate synthase / dimethylallyl diphosphate (DMAP) bound
機能・相同性
機能・相同性情報


geranyl diphosphate biosynthetic process / dimethylallyltranstransferase / (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase / prenyltransferase activity / isoprenoid biosynthetic process / dimethylallyltranstransferase activity / (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Polyprenyl synthases signature 1. / Polyprenyl synthases signature 2. / Polyprenyl synthetase, conserved site / Polyprenyl synthetase / Polyprenyl synthetase / Isoprenoid synthase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DIMETHYLALLYL DIPHOSPHATE / (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Johnston, J.M. / Allison, T.M. / Titterington, J.
資金援助 ニュージーランド, 1件
組織認可番号国
Ministry of Business, Innovation and Employment (New Zealand) ニュージーランド
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2025
タイトル: Structures of Mycobacterium tuberculosis isoprenyl diphosphate synthase Rv2173 in substrate-bound forms.
著者: Titterington, J.A. / Ho, N.A.T. / Beasley, C.P.H. / Mann, F. / Baker, E.N. / Allison, T.M. / Johnston, J.M.
履歴
登録2022年11月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年11月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年5月7日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,4005
ポリマ－41,9821
非ポリマー4184
水2,486138
1
A: (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase
ヘテロ分子

A: (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,80010
ポリマ－83,9632
非ポリマー8378
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-x-1,-y,z1
Buried area7190 Å2
ΔGint-89 kcal/mol
Surface area26870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.841, 83.844, 188.122
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase / E / E-FPP synthase / FPP synthase / Dimethylallyltranstransferase / Geranyl diphosphate synthase / ...E / E-FPP synthase / FPP synthase / Dimethylallyltranstransferase / Geranyl diphosphate synthase / GPP synthase


分子量: 41981.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: idsA2, Rv2173 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: O53507, (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase, dimethylallyltranstransferase
#2: 化合物 ChemComp-DMA / DIMETHYLALLYL DIPHOSPHATE / ジメチルアリル二りん酸


分子量: 246.092 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H12O7P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 138 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.82 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.1 M Bicine-Tris, pH 8.3, 12.5% PEG4000, 25% glycerol, 0.03 M CA mix Ca/Mg

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→19.58 Å / Num. obs: 26527 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 13.8 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.229 / Rpim(I) all: 0.064 / Rrim(I) all: 0.238 / Χ2: 0.98 / Net I/σ(I): 12.6 / Num. measured all: 365883
反射 シェル解像度: 2.2→2.27 Å / % possible obs: 82 % / 冗長度: 9.1 % / Rmerge(I) obs: 2.696 / Num. measured all: 18434 / Num. unique obs: 2016 / CC1/2: 0.238 / Rpim(I) all: 0.923 / Rrim(I) all: 2.861 / Χ2: 1.03 / Net I/σ(I) obs: 0.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1精密化
REFMAC5.0 (CCP4 8.0)精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→19.58 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.52 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2436 1336 5.04 %
Rwork0.2108 --
obs0.2124 26509 97.22 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→19.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2603 0 22 138 2763
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0022671
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.3773629
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.78967
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.031418
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004475
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.280.331280.32132059X-RAY DIFFRACTION81
2.28-2.370.32141210.29482332X-RAY DIFFRACTION91
2.37-2.480.31181380.28292544X-RAY DIFFRACTION99
2.48-2.610.27341200.25342558X-RAY DIFFRACTION100
2.61-2.770.28751410.23982577X-RAY DIFFRACTION100
2.77-2.980.2721210.23032571X-RAY DIFFRACTION100
2.98-3.280.28351350.22842594X-RAY DIFFRACTION100
3.28-3.750.24871400.20382591X-RAY DIFFRACTION100
3.76-4.720.18751480.16892613X-RAY DIFFRACTION100
4.72-19.580.20231440.17162734X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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