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- PDB-8f8e: Crystal structure of the WDR domain of human DCAF1 in complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8f8e
タイトルCrystal structure of the WDR domain of human DCAF1 in complex with OICR-8268 compound
要素DDB1- and CUL4-associated factor 1
キーワードTRANSFERASE/INHIBITOR / WD-repeat / WDR / DCAF1 / SGC / TRANSFERASE / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / TRANSFERASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cell competition in a multicellular organism / V(D)J recombination / Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / post-translational protein modification / B cell differentiation / nuclear estrogen receptor binding / fibrillar center / positive regulation of protein catabolic process / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation ...cell competition in a multicellular organism / V(D)J recombination / Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / post-translational protein modification / B cell differentiation / nuclear estrogen receptor binding / fibrillar center / positive regulation of protein catabolic process / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / protein ubiquitination / protein serine kinase activity / centrosome / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
VPRBP/DCAF1 family / Lissencephaly type-1-like homology motif / LIS1 homology (LisH) motif profile. / LIS1 homology motif / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold / WD40-repeat-containing domain superfamily ...VPRBP/DCAF1 family / Lissencephaly type-1-like homology motif / LIS1 homology (LisH) motif profile. / LIS1 homology motif / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / Chem-XJI / DDB1- and CUL4-associated factor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Kimani, S. / Li, A. / Dong, A. / Li, Y. / Hutchinson, A. / Seitova, A. / Wilson, B. / Al-Awar, R. / Vedadi, M. / Brown, P. ...Kimani, S. / Li, A. / Dong, A. / Li, Y. / Hutchinson, A. / Seitova, A. / Wilson, B. / Al-Awar, R. / Vedadi, M. / Brown, P. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Halabelian, L. / Structural Genomics Consortium (SGC)
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Other private カナダ
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of the WDR domain of human DCAF1 in complex with OICR-8268 compound
著者: Kimani, S. / Li, A. / Dong, A. / Li, Y. / Hutchinson, A. / Seitova, A. / Wilson, B. / Al-Awar, R. / Vedadi, M. / Brown, P. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Halabelian, L.
履歴
登録2022年11月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年3月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DDB1- and CUL4-associated factor 1
B: DDB1- and CUL4-associated factor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,2575
ポリマ－71,1862
非ポリマー1,0713
水5,891327
1
A: DDB1- and CUL4-associated factor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,0322
ポリマ－35,5931
非ポリマー4391
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: DDB1- and CUL4-associated factor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,2243
ポリマ－35,5931
非ポリマー6312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)48.865, 88.084, 73.562
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.56, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 DDB1- and CUL4-associated factor 1 / HIV-1 Vpr-binding protein / VprBP / Serine/threonine-protein kinase VPRBP / Vpr-interacting protein


分子量: 35592.945 Da / 分子数: 2 / 変異: F1077A, R1079A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DCAF1, KIAA0800, RIP, VPRBP / プラスミド: pFBOH-MHL / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9Y4B6, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-XJI / (3P)-N-[(1S)-3-amino-1-(3-chloro-4-fluorophenyl)-3-oxopropyl]-3-(4-chloro-2-fluorophenyl)-1H-pyrazole-4-carboxamide


分子量: 439.243 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H14Cl2F2N4O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 327 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.21 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 20% PEG3350, 0.2M di-Ammonium Citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→50 Å / Num. obs: 88118 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 5.3 % / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.072 / Net I/σ(I): 27.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2CC starΧ2% possible all
1.55-1.585.10.7481.8844070.7950.9410.68198.7
1.58-1.615.50.67743900.70199
1.61-1.645.60.60287410.71498.8
1.64-1.675.60.51643860.73298.9
1.67-1.715.50.42344020.77398.5
1.71-1.755.40.31143910.81398.2
1.75-1.794.90.28343280.88797.3
1.79-1.845.40.24744650.97499.1
1.84-1.895.60.20444651.05199.1
1.89-1.955.60.17144331.14299.3
1.95-2.025.40.13944281.24798.9
2.02-2.15.30.11844171.40299
2.1-2.25.30.09644251.51498.8
2.2-2.325.10.08343931.54997.6
2.32-2.464.90.07243691.59197.6
2.46-2.654.90.06643631.69897.6
2.65-2.925.50.05944001.83697.9
2.92-3.345.40.05343602.97197
3.34-4.215.40.04743942.09497.4
4.21-50.015.50.04433961.81698

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0258精密化
HKL-3000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4PXW

4pxw


解像度: 1.55→44.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 1.702 / SU ML: 0.06 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.079 / ESU R Free: 0.08 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20898 1744 2 %RANDOM
Rwork0.18123 ---
obs0.1818 86348 98.17 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.966 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.83 Å20 Å2-1.5 Å2
2--0.12 Å2-0 Å2
3----0.53 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.55→44.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4620 0 71 327 5018
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0134938
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0174299
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4211.636745
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3681.5769977
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.8225625
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.76123.24250
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.09615763
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.6981521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.2661
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.025843
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021081
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7662.3612426
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.7652.362423
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.7893.5343039
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.793.5343039
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2492.5882512
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.2482.5862509
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.4923.793695
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.95628.0195136
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.91727.8445086
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: B / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプRms dev position (Å)Weight position
14loose positional0.015
18tight thermal3.160.5
14loose thermal2.4110
LS精密化 シェル解像度: 1.55→1.589 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.293 118 -
Rwork0.273 6249 -
obs--96.27 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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