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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8f82 | |||||||||
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タイトル | Crystal Structure of Dihydrofolate reductase (DHFR) from Mycobacterium ulcerans Agy99 in complex with NADP and inhibitor MAM845 | |||||||||
要素 | Dihydrofolate reductase | |||||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE/INHIBITOR / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex / OXIDOREDUCTASE / OXIDOREDUCTASE-INHIBITOR complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / NADP binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Mycobacterium ulcerans (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: To be published タイトル: Crystal Structure of Dihydrofolate reductase (DHFR) from Mycobacterium ulcerans Agy99 in complex with NADP and inhibitor MAM845 著者: Liu, L. / Battaile, K.P. / Lovell, S. / Staker, B.L. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8f82.cif.gz | 99.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8f82.ent.gz | 74.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8f82.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8f82_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8f82_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8f82_validation.xml.gz | 11.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8f82_validation.cif.gz | 16.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f8/8f82 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f8/8f82 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 19035.619 Da / 分子数: 1 / 断片: MyulA.01062.a.B13 / 変異: C89S/E96A / 由来タイプ: 組換発現 詳細: MAHHHHHHMTSVGLIWAQSTSGVIGRDGGIPWRLPEDLAHFKRLTMGHTVVMGRRTWDSLPAAHRPLPGRRNVVVTRQTG LVAHGAQVVGSLEQALSPAEPDAATWVIGGAQIYALALPLANRCEVTEVDVDLPPEDEDALAPVLDQTWAGTSGEWLVSR SGLRYRMHSYRRL 由来: (組換発現) Mycobacterium ulcerans (バクテリア) 株: Agy99 / 遺伝子: dfrA, MUL_2179 / プラスミド: MyulA.01062.a.B13 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0PQG8, dihydrofolate reductase |
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-非ポリマー , 5種, 200分子
#2: 化合物 | ChemComp-XJT / |
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#3: 化合物 | ChemComp-MPD / ( |
#4: 化合物 | ChemComp-NAP / |
#5: 化合物 | ChemComp-BR / |
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.4 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Morpheus B4: 12.5%(v/v) MPD, 12.5%(v/v) PEG 1000, 12.5%(w/v) PEG 3350, 100 mM Imidazole/MES, pH 6.5, 30 mM NaF, 30 mM NaBr and 30 mM NaI, MyulA.01062.a.B13.PS38558 at 10 mg/mL. Tray: ...詳細: Morpheus B4: 12.5%(v/v) MPD, 12.5%(v/v) PEG 1000, 12.5%(w/v) PEG 3350, 100 mM Imidazole/MES, pH 6.5, 30 mM NaF, 30 mM NaBr and 30 mM NaI, MyulA.01062.a.B13.PS38558 at 10 mg/mL. Tray: Tray358B4 MAM777, Puck: PUCK HR00407 pin15, Cryo: Direct |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月22日 |
放射 | モノクロメーター: Double Crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.2→44.02 Å / Num. obs: 47045 / % possible obs: 91 % / 冗長度: 4.1 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.028 / Rpim(I) all: 0.015 / Rrim(I) all: 0.031 / Χ2: 1.02 / Net I/σ(I): 28.8 / Num. measured all: 193506 |
反射 シェル | 解像度: 1.2→1.23 Å / % possible obs: 44.9 % / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.128 / Num. measured all: 4307 / Num. unique obs: 1711 / CC1/2: 0.971 / Rpim(I) all: 0.096 / Rrim(I) all: 0.161 / Χ2: 0.96 / Net I/σ(I) obs: 7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.2→44.02 Å / SU ML: 0.09 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 15.66 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.2→44.02 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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