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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8f81 | |||||||||
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タイトル | Crystal Structure of Dihydrofolate reductase (DHFR) from Mycobacterium ulcerans Agy99 in complex with NADP and inhibitor MAM777 | |||||||||
![]() | Dihydrofolate reductase | |||||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE/INHIBITOR / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex / OXIDOREDUCTASE / OXIDOREDUCTASE-INHIBITOR complex | |||||||||
機能・相同性 | ![]() dihydrofolate metabolic process / dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity / folic acid metabolic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / NADP binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of Dihydrofolate reductase (DHFR) from Mycobacterium ulcerans Agy99 in complex with NADP and inhibitor MAM777 著者: Liu, L. / Battaile, K.P. / Lovell, S. / Staker, B.L. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 91.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 66.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1018.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1019 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 10.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 14.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19035.619 Da / 分子数: 1 / 断片: MyulA.01062.a.B13 / 変異: C89S/E96A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: Agy99 / 遺伝子: dfrA, MUL_2179 / プラスミド: MyulA.01062.a.B13 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-NAP / |
#3: 化合物 | ChemComp-XJN / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.8 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 20%(v/v) PEG 500 MME, 10%(w/v) PEG 20000, 100 mM HEPES/MOPS, pH 7.5, 20 mM D-Glucose, 20 mM D-Mannose, 20 mM D-Galactose, 20 mM L-Fucose, 20 mM D-Xylose and 20 mM N-Acetyl-D-Glucosamine, ...詳細: 20%(v/v) PEG 500 MME, 10%(w/v) PEG 20000, 100 mM HEPES/MOPS, pH 7.5, 20 mM D-Glucose, 20 mM D-Mannose, 20 mM D-Galactose, 20 mM L-Fucose, 20 mM D-Xylose and 20 mM N-Acetyl-D-Glucosamine, MyulA.01062.a.B13.PS38558 at 10 mg/mL. Tray: Tray358B4 MAM777, Puck: PUCK HR00407 pin15, Cryo: Direct |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月22日 |
放射 | モノクロメーター: Double Crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.3→70.62 Å / Num. obs: 32061 / % possible obs: 95.4 % / 冗長度: 4.9 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.038 / Rpim(I) all: 0.019 / Rrim(I) all: 0.043 / Χ2: 0.98 / Net I/σ(I): 20 / Num. measured all: 155673 |
反射 シェル | 解像度: 1.3→1.33 Å / % possible obs: 82 % / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.533 / Num. measured all: 8898 / Num. unique obs: 2057 / CC1/2: 0.832 / Rpim(I) all: 0.281 / Rrim(I) all: 0.605 / Χ2: 0.97 / Net I/σ(I) obs: 2.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.3→35.31 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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