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- PDB-8f7z: VRC34.01_mm28 bound to fusion peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8f7z
タイトルVRC34.01_mm28 bound to fusion peptide
要素
  • HIV-1 Env Fusion Peptide
  • VRC34_m228 Light Chain
  • VRC34_mm28 Heavy Chain
キーワードVIRAL PROTEIN / FP-NEUTRALIZING ANTIBODY / FUSION PEPTIDE / HIV-1 / GLYCOPROTEIN / FP-TARGETING VACCINES
生物種Homo sapiens (ヒト)
Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Olia, A.S. / Kwong, P.D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Antibody-directed evolution reveals a mechanism for enhanced neutralization at the HIV-1 fusion peptide site.
著者: Bailey B Banach / Sergei Pletnev / Adam S Olia / Kai Xu / Baoshan Zhang / Reda Rawi / Tatsiana Bylund / Nicole A Doria-Rose / Thuy Duong Nguyen / Ahmed S Fahad / Myungjin Lee / Bob C Lin / ...著者: Bailey B Banach / Sergei Pletnev / Adam S Olia / Kai Xu / Baoshan Zhang / Reda Rawi / Tatsiana Bylund / Nicole A Doria-Rose / Thuy Duong Nguyen / Ahmed S Fahad / Myungjin Lee / Bob C Lin / Tracy Liu / Mark K Louder / Bharat Madan / Krisha McKee / Sijy O'Dell / Mallika Sastry / Arne Schön / Natalie Bui / Chen-Hsiang Shen / Jacy R Wolfe / Gwo-Yu Chuang / John R Mascola / Peter D Kwong / Brandon J DeKosky /
要旨: The HIV-1 fusion peptide (FP) represents a promising vaccine target, but global FP sequence diversity among circulating strains has limited anti-FP antibodies to ~60% neutralization breadth. Here we ...The HIV-1 fusion peptide (FP) represents a promising vaccine target, but global FP sequence diversity among circulating strains has limited anti-FP antibodies to ~60% neutralization breadth. Here we evolve the FP-targeting antibody VRC34.01 in vitro to enhance FP-neutralization using site saturation mutagenesis and yeast display. Successive rounds of directed evolution by iterative selection of antibodies for binding to resistant HIV-1 strains establish a variant, VRC34.01_mm28, as a best-in-class antibody with 10-fold enhanced potency compared to the template antibody and ~80% breadth on a cross-clade 208-strain neutralization panel. Structural analyses demonstrate that the improved paratope expands the FP binding groove to accommodate diverse FP sequences of different lengths while also recognizing the HIV-1 Env backbone. These data reveal critical antibody features for enhanced neutralization breadth and potency against the FP site of vulnerability and accelerate clinical development of broad HIV-1 FP-targeting vaccines and therapeutics.
履歴
登録2022年11月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年11月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
I: HIV-1 Env Fusion Peptide
E: VRC34_mm28 Heavy Chain
F: VRC34_m228 Light Chain
A: VRC34_mm28 Heavy Chain
C: VRC34_mm28 Heavy Chain
G: VRC34_mm28 Heavy Chain
B: VRC34_m228 Light Chain
D: VRC34_m228 Light Chain
H: VRC34_m228 Light Chain
K: HIV-1 Env Fusion Peptide
L: HIV-1 Env Fusion Peptide
M: HIV-1 Env Fusion Peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)196,72412
ポリマ－196,72412
非ポリマー00
水6,233346
1
I: HIV-1 Env Fusion Peptide
A: VRC34_mm28 Heavy Chain
B: VRC34_m228 Light Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,1813
ポリマ－49,1813
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4590 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area18860 Å2
手法PISA
2
E: VRC34_mm28 Heavy Chain
F: VRC34_m228 Light Chain
L: HIV-1 Env Fusion Peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,1813
ポリマ－49,1813
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4570 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area18950 Å2
手法PISA
3
C: VRC34_mm28 Heavy Chain
D: VRC34_m228 Light Chain
K: HIV-1 Env Fusion Peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,1813
ポリマ－49,1813
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4600 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area18990 Å2
手法PISA
4
G: VRC34_mm28 Heavy Chain
H: VRC34_m228 Light Chain
M: HIV-1 Env Fusion Peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,1813
ポリマ－49,1813
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4600 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area18850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)129.850, 130.554, 130.589
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質・ペプチド
HIV-1 Env Fusion Peptide


分子量: 718.863 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
#2: タンパク質
VRC34_mm28 Heavy Chain


分子量: 25091.197 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体
VRC34_m228 Light Chain


分子量: 23371.021 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 346 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.28 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 10% PEG 3350, 1.4M Na/K Phosphate pH 7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 60434 / % possible obs: 97.85 % / 冗長度: 6.5 % / CC1/2: 0.991 / CC star: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.134 / Rpim(I) all: 0.057 / Rrim(I) all: 0.146 / Net I/σ(I): 16
反射 シェル解像度: 2.7→2.75 Å / Rmerge(I) obs: 0.581 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 3015 / CC1/2: 0.844 / CC star: 0.957 / Rpim(I) all: 0.238 / Rrim(I) all: 0.629

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Alphafold model

解像度: 2.7→36.22 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 24.13 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2428 1995 3.32 %
Rwork0.2105 --
obs0.2116 60160 97.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→36.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12968 0 0 346 13314
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00613280
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.97318100
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.6741836
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0542072
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062308
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7-2.770.31741440.26713991X-RAY DIFFRACTION96
2.77-2.840.3321360.27534159X-RAY DIFFRACTION99
2.84-2.930.33541440.27344150X-RAY DIFFRACTION99
2.93-3.020.25941380.25094141X-RAY DIFFRACTION99
3.02-3.130.28551330.2414182X-RAY DIFFRACTION99
3.13-3.260.2921490.24534114X-RAY DIFFRACTION98
3.26-3.40.30541340.23953947X-RAY DIFFRACTION94
3.4-3.580.26871390.21824197X-RAY DIFFRACTION99
3.58-3.810.2291460.19234195X-RAY DIFFRACTION99
3.81-4.10.17251380.18554243X-RAY DIFFRACTION99
4.1-4.510.21481460.16734205X-RAY DIFFRACTION99
4.51-5.160.19981390.16224051X-RAY DIFFRACTION95
5.16-6.50.20651590.19654299X-RAY DIFFRACTION99
6.5-36.220.2411500.22244291X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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