PDB-8f7u: Macrocyclic Plasmin Inhibitor

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8f7u

タイトル

Macrocyclic Plasmin Inhibitor

要素

Activation peptide

キーワード

Hydrolase/Inhibitor / protease / inhibitor / Hydrolase-Inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

plasmin / tissue remodeling / protein antigen binding / Signaling by PDGF / positive regulation of fibrinolysis / negative regulation of cell-cell adhesion mediated by cadherin / Dissolution of Fibrin Clot / biological process involved in interaction with symbiont / Activation of Matrix Metalloproteinases / apolipoprotein binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.47 Å

データ登録者

Guojie, W.

資金援助

オーストラリア, 1件

引用

ジャーナル: Chemmedchem / 年: 2023
タイトル: Synthesis and structural characterization of new macrocyclicplasmin inhibitors
著者: Guojie, W.

履歴

登録	2022年11月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年2月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月20日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8f7u.cif.gz	217.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8f7u.ent.gz	172.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8f7u.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f7/8f7u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f7/8f7u	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8f7vC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#25 - 2002年1月トロンビン (Thrombin) 類似性 (8) #83 - 2006年11月フィブリン (Fibrin) 類似性 (8) #267 - 2022年3月血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF) 類似性 (1) #237 - 2019年9月ナノディスクと高密度リポタンパク質 (Nanodiscs and HDL) 類似性 (2) #56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#25 - 2002年1月
トロンビン (Thrombin)
類似性 (8)
#83 - 2006年11月
フィブリン (Fibrin)
類似性 (8)
#267 - 2022年3月
血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF)
類似性 (1)
#237 - 2019年9月
ナノディスクと高密度リポタンパク質 (Nanodiscs and HDL)
類似性 (2)
#56 - 2004年8月
カスパーゼ (Caspases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Activation peptide

B: Activation peptide

ヘテロ分子

56.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Activation peptide

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
28.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Activation peptide

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
28.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.710, 50.305, 92.456
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 93.110, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Activation peptide 分子量: 27319.402 Da / 分子数: 2 / 変異: S760A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PLG / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P00747
#2: 化合物	ChemComp-GGI / (5S,8R,18S,21R)-N-{[4-(aminomethyl)phenyl]methyl}-21-[(benzenesulfonyl)amino]-3,11,20-trioxo-2,5,8,12,19-pentaazatetracyclo[21.2.2.2~5,8~.2~13,16~]hentriaconta-1(25),13,15,23,26,28-hexaene-18-carboxamide 分子量: 780.935 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₁H₄₈N₈O₆S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 465 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.99 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.7 詳細: 14% PEG 4000, 90-140 mM Ammonium sulfate, 100 mM MES PH範囲: 4.5 - 5.0

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Australian Synchrotron

/ ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2020年4月28日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9537 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.47→92.32 Å / Num. obs: 76283 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.4 % / B_iso Wilson estimate: 14.81 Å² / R_pim(I) all: 0.019 / R_rim(I) all: 0.048 / R_sym value: 0.044 / Net I/av σ(I): 9.1 / Net I/σ(I): 20.6 / Num. measured all: 484926

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	R_pim(I) all	R_rim(I) all	R_sym value	Net I/σ(I) obs	% possible all
1.47-1.55	6.4	0.202	3.7	70130	10984	0.086	0.22	0.202	6.8	99.1
1.55-1.64	6.3	0.147	4.9	66506	10492	0.063	0.16	0.147	9	100
1.64-1.76	6.1	0.112	6.3	60586	9891	0.049	0.122	0.112	11.4	100
1.76-1.9	6.4	0.081	8.4	59052	9197	0.035	0.088	0.081	16	100
1.9-2.08	6.5	0.062	11	55202	8455	0.026	0.068	0.062	22.1	100
2.08-2.32	6.3	0.05	13.4	48445	7716	0.021	0.054	0.05	27.1	100
2.32-2.68	6.3	0.044	15	42452	6782	0.019	0.048	0.044	30.9	100
2.68-3.28	6.7	0.037	17	38507	5761	0.016	0.04	0.037	38.7	100
3.28-4.65	6.3	0.032	18.7	28095	4480	0.014	0.035	0.032	44.8	100
4.65-48.638	6.3	0.032	14.9	15951	2525	0.014	0.035	0.032	44	99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	3.3.22	データスケーリング
PHENIX	1.19.2-4258	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.47→48.64 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.72 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1892	3817	5.01 %
R_work	0.1728	72443	-
obs	0.1737	76260	99.86 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 80.49 Å² / B_iso mean: 22.1898 Å² / B_iso min: 7.41 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.47→48.64 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3721	0	244	468	4433
B_iso mean	-	-	22.31	29.15	-
残基数	-	-	-	-	487

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 27

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.47-1.49	0.2313	140	0.2045	2568	2708	97
1.49-1.51	0.2215	142	0.1899	2637	2779	100
1.51-1.53	0.2085	151	0.1788	2712	2863	100
1.53-1.55	0.2005	144	0.1778	2643	2787	100
1.55-1.57	0.1914	151	0.1758	2706	2857	100
1.57-1.6	0.2074	140	0.1746	2622	2762	100
1.6-1.62	0.1845	133	0.1657	2719	2852	100
1.62-1.65	0.2064	139	0.169	2602	2741	100
1.65-1.68	0.1865	141	0.1638	2717	2858	100
1.68-1.71	0.2073	128	0.1753	2654	2782	100
1.71-1.75	0.2119	119	0.1929	2735	2854	100
1.75-1.79	0.2033	144	0.1823	2651	2795	100
1.79-1.83	0.2212	135	0.1777	2652	2787	100
1.83-1.87	0.1974	157	0.1721	2701	2858	100
1.87-1.92	0.2083	125	0.1689	2699	2824	100
1.92-1.98	0.1908	120	0.1662	2687	2807	100
1.98-2.05	0.1905	122	0.1721	2689	2811	100
2.05-2.12	0.1794	135	0.1748	2726	2861	100
2.12-2.2	0.1791	132	0.164	2675	2807	100
2.2-2.3	0.171	150	0.1687	2676	2826	100
2.3-2.43	0.2061	152	0.173	2702	2854	100
2.43-2.58	0.1922	149	0.18	2681	2830	100
2.58-2.78	0.2162	150	0.1819	2678	2828	100
2.78-3.06	0.1731	183	0.1795	2683	2866	100
3.06-3.5	0.1785	153	0.1724	2701	2854	100
3.5-4.41	0.1722	108	0.1556	2757	2865	100
4.41-48.64	0.1816	174	0.1771	2770	2944	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.246	0.41	0.2965	2.8929	0.8446	1.6361	-0.0095	-0.0097	0.0615	-0.0682	0.0149	-0.7105	-0.0017	0.4847	-0.0076	0.1094	-0.018	-0.0152	0.2549	0.0097	0.2834	42.1934	-26.7809	34.4584
2	1.7016	0.0083	0.0382	2.2893	0.2633	2.216	-0.0431	0.2263	-0.0565	-0.2838	0.0422	-0.4429	-0.063	0.3932	0.0641	0.1531	-0.0056	0.0433	0.1831	-0.0125	0.2039	37.5287	-31.3418	28.2173
3	2.4861	-0.4091	-2.1719	1.5887	0.271	2.0484	0.0667	-0.2249	0.2131	0.1695	0.0229	-0.1434	-0.2485	0.2396	-0.1068	0.2154	-0.0411	-0.0283	0.2187	0.0009	0.1651	32.3333	-20.6081	40.5527
4	4.4295	-1.2799	-1.0144	2.6763	0.623	1.5736	-0.0644	-0.1199	0.1849	0.1309	0.0019	0.0534	-0.127	0.0763	0.0598	0.1746	0.0009	-0.0261	0.1104	-0.0021	0.0854	20.6153	-19.0829	39.4533
5	1.1753	-0.0742	-0.193	1.7872	0.5369	1.6481	0.0268	-0.0603	-0.0885	0.0588	-0.0381	-0.0933	0.0154	0.1187	0.0162	0.1015	-0.0069	-0.0166	0.1109	0.0204	0.0956	29.8241	-29.9527	36.1605
6	0.783	0.0003	-0.0563	1.313	0.3017	0.7676	-0.0149	0.007	0.0181	0.0504	0.0261	-0.0266	-0.0091	0.012	-0.0059	0.0672	0.0134	-0.008	0.0834	-0.0024	0.0846	20.835	-5.1645	10.7285
7	2.6045	0.1983	-0.6809	2.1883	0.9089	3.0067	0.0448	-0.2376	-0.0705	0.2867	0.0123	-0.0916	0.2042	0.1279	0.0384	0.1538	0.0187	-0.0257	0.1176	0.0052	0.0932	19.9697	-2.8958	22.8699
8	1.5739	0.207	0.3085	0.766	-0.0061	0.7705	0.0034	0.0312	0.1254	-0.0197	-0.0177	0.0568	-0.0687	-0.0373	-0.0039	0.0787	0.0187	0.0038	0.0788	-0.0102	0.0909	12.9657	0.3025	9.2909
9	0.7321	-0.908	0.853	4.8208	-3.1498	2.1553	0.2942	-0.424	-0.3479	0.5727	0.0338	0.3155	0.7238	-0.6078	-0.2224	0.3961	-0.0701	-0.0559	0.2738	0.0451	0.2078	20.049	-18.4236	18.8856
10	0.8033	0.3217	0.5828	1.2952	0.3264	0.8029	0.0342	-0.0352	0.0345	0.024	-0.0675	0.1159	0.0206	-0.107	0.0386	0.0631	0.0091	0.0051	0.0843	-0.0114	0.0899	5.2539	-6.6454	7.695

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 547 through 600 )	A	547 - 600
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 601 through 678 )	A	601 - 678
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 679 through 710 )	A	679 - 710
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 711 through 737 )	A	711 - 737
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 738 through 791 )	A	738 - 791
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 542 through 600 )	B	542 - 600
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 601 through 640 )	B	601 - 640
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 641 through 684 )	B	641 - 684
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 685 through 697 )	B	685 - 697
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 698 through 791 )	B	698 - 791

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)