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- PDB-8f7n: Crystal structure of chemoreceptor McpZ ligand sensing domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8f7n
タイトルCrystal structure of chemoreceptor McpZ ligand sensing domain
要素Methyl-accepting chemotaxis protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / MCP (Methyl-accepting chemotaxis protein) / Chemotaxis / Chemoreceptor
機能・相同性
機能・相同性情報


signal transduction / membrane
類似検索 - 分子機能
: / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Bacterial chemotaxis sensory transducers domain profile. / Methyl-accepting chemotaxis-like domains (chemotaxis sensory transducer). / HAMP domain / HAMP (Histidine kinases, Adenylyl cyclases, Methyl binding proteins, Phosphatases) domain / HAMP domain profile. / HAMP domain
類似検索 - ドメイン・相同性
YTTERBIUM (III) ION / HAMP domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Sinorhizobium meliloti (根粒菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Salar, S. / Schubot, F.D.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB-1817652 米国
Department of Energy (DOE, United States)W-31-109-ENG-38 米国
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2023
タイトル: The structural analysis of the periplasmic domain of Sinorhizobium meliloti chemoreceptor McpZ reveals a novel fold and suggests a complex mechanism of transmembrane signaling.
著者: Salar, S. / Ball, N.E. / Baaziz, H. / Nix, J.C. / Sobe, R.C. / Compton, K.K. / Zhulin, I.B. / Brown, A.M. / Scharf, B.E. / Schubot, F.D.
履歴
登録2022年11月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年7月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methyl-accepting chemotaxis protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,53311
ポリマ－41,8021
非ポリマー1,73010
水1629
1
A: Methyl-accepting chemotaxis protein
ヘテロ分子

A: Methyl-accepting chemotaxis protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,06522
ポリマ－83,6042
非ポリマー3,46120
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555x,-y+1/2,-z+1/41
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)184.330, 184.330, 113.360
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-501-

YB

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要素

#1: タンパク質 Methyl-accepting chemotaxis protein


分子量: 41802.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sinorhizobium meliloti (根粒菌) / 遺伝子: CN211_06960 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A8B3MS64
#2: 化合物
ChemComp-YB / YTTERBIUM (III) ION


分子量: 173.040 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Yb
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Lanthanides, MOPSO, Bis-Tris pH 6.5, and Precipitant Mix 8 (PEG 20000, Trimethylpropane, NDSB 195)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2021年7月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.54→46.6 Å / Num. obs: 32346 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 20 % / Biso Wilson estimate: 75.86 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.166 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.169 / Χ2: 0.84 / Net I/σ(I): 17.8
反射 シェル解像度: 2.54→2.65 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.5 / Num. unique obs: 3873 / CC1/2: 0.41 / Χ2: 0.64 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
iMOSFLMv7.4.0データ削減
PHENIXv1.19.2-4158精密化
PDB_EXTRACTデータ抽出
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.7→46.6 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.51 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2596 2517 4.92 %
Rwork0.2444 --
obs0.2452 26500 99.72 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→46.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2767 0 10 9 2786
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012797
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2063770
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.5881041
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048443
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.013492
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7-2.750.37011340.37012690X-RAY DIFFRACTION99
2.75-2.810.37171400.35192686X-RAY DIFFRACTION99
2.81-2.870.36761422677X-RAY DIFFRACTION100
2.87-2.940.33111500.3272723X-RAY DIFFRACTION100
2.94-3.010.331340.31352702X-RAY DIFFRACTION100
3.01-3.090.35991520.29392694X-RAY DIFFRACTION100
3.09-3.180.32911710.29592677X-RAY DIFFRACTION100
3.18-3.280.29851200.28612712X-RAY DIFFRACTION100
3.28-3.40.3561430.29622720X-RAY DIFFRACTION100
3.4-3.540.28581300.24942708X-RAY DIFFRACTION100
3.54-3.70.23651420.23582673X-RAY DIFFRACTION100
3.7-3.890.26681380.22592716X-RAY DIFFRACTION100
3.89-4.140.23121282700X-RAY DIFFRACTION100
4.14-4.460.26431520.20792708X-RAY DIFFRACTION100
4.46-4.90.25891280.21352717X-RAY DIFFRACTION100
4.9-5.610.25331442697X-RAY DIFFRACTION100
5.62-7.070.2831332717X-RAY DIFFRACTION100
7.07-46.60.18021362698X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 75.1245 Å / Origin y: 45.3564 Å / Origin z: 16.535 Å
111213212223313233
T0.5049 Å20.0371 Å2-0.0122 Å2-0.5916 Å20.2165 Å2--0.4967 Å2
L4.2567 °21.7444 °2-1.4187 °2-1.6972 °2-0.3859 °2--1.012 °2
S-0.0577 Å °0.232 Å °-0.0369 Å °-0.0895 Å °0.0591 Å °0.1242 Å °0.0181 Å °-0.2632 Å °0.0339 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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