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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8f70 | ||||||
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タイトル | Identification of an Immunodominant region on a Group A Streptococcus T-antigen Reveals Temperature-Dependent Motion in Pili | ||||||
![]() | T18.1 Major pilin backbone protein T-antigen,Major pilin backbone protein T-antigen | ||||||
![]() | STRUCTURAL PROTEIN / Streptococcus T-antigen major pilin backbone protein | ||||||
機能・相同性 | Streptococcal pilin isopeptide linker / Streptococcal pilin isopeptide linker superfamily / Spy0128-like isopeptide containing domain / Domain of unknown function DUF5979 / Domain of unknown function (DUF5979) / metal ion binding / Major pilin backbone protein T-antigen![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Young, P.G. / Moreland, N.J. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Identification of an immunodominant region on a group A Streptococcus T-antigen reveals temperature-dependent motion in pili. 著者: Raynes, J.M. / Young, P.G. / Lorenz, N. / Loh, J.M.S. / McGregor, R. / Baker, E.N. / Proft, T. / Moreland, N.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 129.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 96.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 420.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 422 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 22.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 32.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8f5nC ![]() 6n0aS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 62326.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: tee / プラスミド: pProExHta / 発現宿主: ![]() ![]() | ||||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.87 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.12M 1,6-Hexanediol, 0.12M 1-Butanol, 0.12M 1,2-Propanediol, 0.12M 2-Propanol, 0.12M 1,4-Butanediol, 0.12M 1,3-Propanediol, 0.1M Sodium HEPES, 0.1M MOPS (acid), 20% v/v Ethylene glycol, 10 % w/v PEG 8000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.95374 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.29→47.58 Å / Num. obs: 27529 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 5.3 % / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.154 / Rpim(I) all: 0.071 / Rrim(I) all: 0.17 / Χ2: 0.94 / Net I/σ(I): 7.2 / Num. measured all: 145410 |
反射 シェル | 解像度: 2.29→2.37 Å / % possible obs: 95 % / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 1.09 / Num. measured all: 13215 / Num. unique obs: 2540 / CC1/2: 0.714 / Rpim(I) all: 0.506 / Rrim(I) all: 1.206 / Χ2: 1 / Net I/σ(I) obs: 1.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6N0A 解像度: 2.29→47.58 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU B: 8.434 / SU ML: 0.196 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.33 / ESU R Free: 0.246 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 36.739 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.29→47.58 Å
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拘束条件 |
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