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- PDB-8f6v: Crystal Structure of Nanobody VHH108 Bound to Its Antigen PA14 Cif -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8f6v
タイトルCrystal Structure of Nanobody VHH108 Bound to Its Antigen PA14 Cif
要素
  • CFTR inhibitory factor
  • Nanobody VHH108
キーワードIMMUNE SYSTEM / Pseudomonas aeruginosa / nanobody VHH / immunoglobulin domain / CFTR inhibitory factor (Cif)
機能・相同性Alpha/beta hydrolase family / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold / hydrolase activity / CFTR inhibitory factor
機能・相同性情報
生物種Vicugna pacos (アルパカ)
Pseudomonas aeruginosa PA14 (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Simard, A.R. / Madden, D.R.
資金援助 米国, 5件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01-AI091699 米国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)P30-DK117469 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P20-GM113132 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)T32AI007519 米国
Cystic Fibrosis FoundationSTANTO19R0 米国
引用
ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of Nanobody VHH113 Bound to Its Antigen PA14 Cif
著者: Simard, A.R. / Madden, D.R.
#1: ジャーナル: Anal Chim Acta / 年: 2019
タイトル: Nanobody-based binding assay for the discovery of potent inhibitors of CFTR inhibitory factor (Cif).
著者: Vasylieva, N. / Kitamura, S. / Dong, J. / Barnych, B. / Hvorecny, K.L. / Madden, D.R. / Gee, S.J. / Wolan, D.W. / Morisseau, C. / Hammock, B.D.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr D Biol Crystallogr / 年: 2012
タイトル: Towards automated crystallographic structure refinement with phenix.refine.
著者: Afonine, P.V. / Grosse-Kunstleve, R.W. / Echols, N. / Headd, J.J. / Moriarty, N.W. / Mustyakimov, M. / Terwilliger, T.C. / Urzhumtsev, A. / Zwart, P.H. / Adams, P.D.
履歴
登録2022年11月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nanobody VHH108
D: CFTR inhibitory factor
B: Nanobody VHH108
C: CFTR inhibitory factor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,6594
ポリマ－96,6594
非ポリマー00
水4,810267
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Cif is an obligate homodimer. The biological assembly contains one Cif dimer and two nanobody VHH108 molecules.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)98.995, 98.995, 196.987
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61
Space group name HallP61
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/6
#3: y,-x+y,z+5/6
#4: -y,x-y,z+1/3
#5: -x+y,-x,z+2/3
#6: -x,-y,z+1/2

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要素

#1: 抗体 Nanobody VHH108


分子量: 14164.782 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / プラスミド: pET16b / 詳細 (発現宿主): N-terminal 10X-His-SUMO fusion / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): DE3 RIL
#2: タンパク質 CFTR inhibitory factor


分子量: 34164.699 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PA14 (緑膿菌)
遺伝子: PA2394 / プラスミド: pDPM73 / 詳細 (発現宿主): C-terminal 6X-His / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOP10 / 参照: UniProt: A0A0M3KL26
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 267 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.41 %
結晶化温度: 292.8 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: Morpheus I Condition G2 (composition by Molecular Dimensions stock solutions with catalogue numbers listed at end) 20% (v/v) ethylene glycol, 10% (w/v) PEG8000, 20 mM sodium formate, 20 mM ...詳細: Morpheus I Condition G2 (composition by Molecular Dimensions stock solutions with catalogue numbers listed at end) 20% (v/v) ethylene glycol, 10% (w/v) PEG8000, 20 mM sodium formate, 20 mM ammonium acetate, 20 mM sodium citrate tribasic dihydrate, 20 mM potassium sodium tartrate tetrahydrate, 20 mM sodium oxamate, 100 mM imidazole/MES monohydrate (acid) pH 6.5 Stock mixtures listed below with catalogue number in brackets. 30% (v/v) Precipitant Mix 2 [MD2-100-82], 100 mM carboxylic acids mix [MD2-100-76], 100 mM Buffer System 1 pH 6.5 [MD2-100-100]

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.979312 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979312 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→44.23 Å / Num. obs: 48028 / % possible obs: 99.26 % / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 49.93 Å2 / CC1/2: 0.991 / CC star: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.08607 / Rpim(I) all: 0.05634 / Rrim(I) all: 0.1034 / Net I/σ(I): 7.36
反射 シェル解像度: 2.3→2.382 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.7833 / Mean I/σ(I) obs: 1.28 / Num. unique obs: 4792 / CC1/2: 0.425 / CC star: 0.772 / Rpim(I) all: 0.6205 / Rrim(I) all: 1.004 / % possible all: 99.79

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3KD2, 8E1B

3kd2

8e1b


解像度: 2.3→44.23 Å / SU ML: 0.2789 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.5748
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
詳細: Atoms modeled with zero occupancy could not be placed with confidence and were selected for zero-occupancy flagging after manual inspection of the 2Fo-Fc map at a 0.5-sigma cutoff.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2098 2417 5.03 %
Rwork0.1813 45603 -
obs0.1827 48020 99.27 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 57.77 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→44.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6554 0 0 267 6821
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00916740
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.97689141
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0595960
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081204
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.12382449
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.350.3461270.29062716X-RAY DIFFRACTION99.86
2.35-2.40.33951220.28512697X-RAY DIFFRACTION99.68
2.4-2.450.30591260.26632682X-RAY DIFFRACTION99.43
2.45-2.520.29382390.25532587X-RAY DIFFRACTION99.12
2.52-2.580.26351220.25092679X-RAY DIFFRACTION99.26
2.58-2.660.24211190.24322703X-RAY DIFFRACTION98.84
2.66-2.740.2591220.23412657X-RAY DIFFRACTION97.58
2.75-2.840.27521190.21562677X-RAY DIFFRACTION98.76
2.84-2.960.31091230.22212656X-RAY DIFFRACTION98.02
2.96-3.090.25462500.2192604X-RAY DIFFRACTION99.27
3.09-3.250.23381220.20342679X-RAY DIFFRACTION99.79
3.25-3.460.1991240.1982731X-RAY DIFFRACTION99.9
3.46-3.730.21771220.1742739X-RAY DIFFRACTION99.93
3.73-4.10.19361210.16272703X-RAY DIFFRACTION99.68
4.1-4.690.1561190.13152735X-RAY DIFFRACTION99.79
4.69-5.910.16962320.14272606X-RAY DIFFRACTION99.51
5.91-44.230.15991080.15252752X-RAY DIFFRACTION99.24
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.293794008950.373258936276-0.09642419893262.16740285846-0.3522196818752.102816358410.0286132417895-0.0587122395740.620763131714-0.1595941608530.0108041224455-0.302707237939-0.4206950318460.473608040148-0.04480495513970.438028600785-0.05024278643670.04178513411540.467752408017-0.07724140977370.48683896984215.1284861984-21.7277140229-9.99865133698
22.400122557240.854371900735-0.101078246842.27200516645-0.8275250934481.8720666388-0.0542431725804-0.309907158390.1225868410370.2640483843560.0161797496191-0.554950717188-0.5093613902460.2874166040330.0284911177850.662834520940.006616759209780.0002129696942010.491547371628-0.1107208955850.563268177076-13.679376892322.934710120610.7185533583
31.73066921262-0.521183830168-0.3400005118311.620777607790.1216331248431.250698896180.06324899081280.057802083841-0.378583345428-0.06476048548320.007162415958990.2734315965020.21136668464-0.134930200101-0.06632029594070.397537445278-0.0228104901082-0.08804689096080.3538773818040.003351455221350.440237779514-19.1964176059-35.3218746971-7.60524300705
41.5385590412-0.3334994529140.005534983171142.142461587690.3312517771971.05120347898-0.0253228420846-0.179062950369-0.06104365169320.1904920140730.08077260045430.454490232966-0.11033244407-0.366245498521-0.05748428336980.3668969586220.05971311191240.05649416879390.4823003907410.0701192716470.389229321184-40.1209260472-2.461200925138.1645534288
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11Chain AAA4 - 1261 - 123
22Chain BBC4 - 1251 - 122
33Chain CCD26 - 3191 - 294
44Chain DDB26 - 3191 - 294

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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