PDB-8f6n: Dihydropyrimidine Dehydrogenase (DPD) C671S Mutant Soaked with Th...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8f6n

タイトル

Dihydropyrimidine Dehydrogenase (DPD) C671S Mutant Soaked with Thymine Quasi-Anaerobically

要素

Dihydropyrimidine dehydrogenase [NADP(+)]

キーワード

FLAVOPROTEIN / dihydropyrimidine dehydrogenase / dehydrogenase / mutant / thymine

機能・相同性

機能・相同性情報

dihydropyrimidine dehydrogenase (NADP+) / thymidine catabolic process / dihydropyrimidine dehydrogenase (NADP+) activity / uracil binding / beta-alanine biosynthetic process / thymine catabolic process / uracil catabolic process / FMN binding / NADP binding / flavin adenine dinucleotide binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Sus scrofa (ブタ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.12 Å

データ登録者

Kaley, N. / Smith, M. / Forouzesh, D. / Liu, D. / Moran, G.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: Arch.Biochem.Biophys. / 年: 2023
タイトル: Mammalian dihydropyrimidine dehydrogenase: Added mechanistic details from transient-state analysis of charge transfer complexes.
著者: Smith, M.M. / Forouzesh, D.C. / Kaley, N.E. / Liu, D. / Moran, G.R.

履歴

登録	2022年11月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年2月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年2月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.2	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8f6n.cif.gz	1.5 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8f6n.ent.gz	1.2 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8f6n.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8f6n_validation.pdf.gz	12 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8f6n_full_validation.pdf.gz	12.2 MB	表示
XML形式データ	8f6n_validation.xml.gz	164.2 KB	表示
CIF形式データ	8f6n_validation.cif.gz	217.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f6/8f6n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f6/8f6n	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8f5wC 8f61C 7m31S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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wwPDB /

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「今月の分子」の関連する項目

#244 - 2020年4月
光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes)
類似性 (5)
#220 - 2018年4月
脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases)
類似性 (4)
#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (4)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (7)
#144 - 2011年12月
複合体I (Complex I)
類似性 (4)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (4)
#66 - 2005年6月
カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase)
類似性 (4)
#153 - 2012年9月
ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex)
類似性 (2)
#82 - 2006年10月
シトクロムp450 (Cytochrome p450)
類似性 (2)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (5)

登録構造単位

A: Dihydropyrimidine dehydrogenase [NADP(+)]

B: Dihydropyrimidine dehydrogenase [NADP(+)]

C: Dihydropyrimidine dehydrogenase [NADP(+)]

D: Dihydropyrimidine dehydrogenase [NADP(+)]

ヘテロ分子

457 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Dihydropyrimidine dehydrogenase [NADP(+)]

B: Dihydropyrimidine dehydrogenase [NADP(+)]

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
229 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Dihydropyrimidine dehydrogenase [NADP(+)]

D: Dihydropyrimidine dehydrogenase [NADP(+)]

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
229 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	82.445, 158.144, 165.707
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 96.78, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Dihydropyrimidine dehydrogenase [NADP(+)] / DHPDHase / DPD / Dihydrothymine dehydrogenase / Dihydrouracil dehydrogenase 分子量: 111587.281 Da / 分子数: 4 / 変異: C671S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 遺伝子: DPYD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q28943, dihydropyrimidine dehydrogenase (NADP+)

#1: タンパク質

Dihydropyrimidine dehydrogenase [NADP(+)] / DHPDHase / DPD / Dihydrothymine dehydrogenase / Dihydrouracil dehydrogenase

分子量: 111587.281 Da / 分子数: 4 / 変異: C671S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Sus scrofa (ブタ) / 遺伝子: DPYD / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q28943, dihydropyrimidine dehydrogenase (NADP+)

-
非ポリマー , 5種, 621分子

#2: 化合物	ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER 分子量: 351.640 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₄S₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN 分子量: 456.344 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁N₄O₉P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#5: 化合物	ChemComp-TDR / THYMINE / チミン分子量: 126.113 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₆N₂O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 593 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.82 % 解説: Crystals grew as single elongated rectangular hexahedrons (200 x 50 x 50 uM).
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: DPD variant C671S (39.2 uM) in 25 mM HEPES, 2 mM DTT, 10% glycerol at pH 7.5 was mixed 1:1 with well solution containing 100 mM sodium citrate, 2 mM DTT, 19% PEG 6000 at pH 4.7 to yield a 6 ...詳細: DPD variant C671S (39.2 uM) in 25 mM HEPES, 2 mM DTT, 10% glycerol at pH 7.5 was mixed 1:1 with well solution containing 100 mM sodium citrate, 2 mM DTT, 19% PEG 6000 at pH 4.7 to yield a 6 uL drop. Crystallization was carried out in the dark to prevent photo-degradation of the somewhat dissociable FMN cofactor. Under these conditions DPD crystals appeared within 16 hours and were left to grow for additional 24 hours. Ligands were combined with the crystals under near anaerobic conditions as follows: before being placed in a Plas-Labs 830 series glove box, the well solution beneath selected crystallization drops were made anaerobic with the addition of 10 mM dithionite and resealed with the cover slide. Crystals trays were placed in the glove box that contained a Motic binocular microscope coupled to an Accuscope 1080p high-definition camera. The glove box was sealed and made quasi-anaerobic by flushing with high-purity nitrogen gas for approximately 10 minutes at which time fractional dioxygen was recorded as 0.1 %, by a Forensics Detectors oxygen meter. Atmospheric dioxygen was measured throughout the soaking procedure and was held <1%. C671S DPD crystals were soaked for a minimum of 20 minutes with thymine (100 uM), each dissolved in the following cryo-solution: 20 mM sodium citrate, 0.4 mM DTT, 20% PEG 6000, 20% PEG 400, pH 7.5. The crystals were then submerged in liquid nitrogen, removed from the anaerobic environment, and stored under liquid nitrogen.

結晶

マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.82 %
解説: Crystals grew as single elongated rectangular hexahedrons (200 x 50 x 50 uM).

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: DPD variant C671S (39.2 uM) in 25 mM HEPES, 2 mM DTT, 10% glycerol at pH 7.5 was mixed 1:1 with well solution containing 100 mM sodium citrate, 2 mM DTT, 19% PEG 6000 at pH 4.7 to yield a 6 ...

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.1272 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.1272 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.12→114.022 Å / Num. obs: 146043 / % possible obs: 88 % / 冗長度: 4.9 % / B_iso Wilson estimate: 29.82 Å² / CC_1/2: 0.99 / R_merge(I) obs: 0.179 / R_pim(I) all: 0.091 / R_rim(I) all: 0.202 / Net I/σ(I): 7.3
反射シェル	解像度: 2.121→2.197 Å / R_merge(I) obs: 1.175 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 7307 / CC_1/2: 0.433 / R_pim(I) all: 0.779 / R_rim(I) all: 1.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
autoPROC		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7M31

7m31

解像度: 2.12→26.98 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.95 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2442	7333	5.02 %
R_work	0.1824	-	-
obs	0.1855	145954	61.43 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.12→26.98 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	30952	0	0	593	31545

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.038
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	2.67
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.265	4271
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	2.018	4906
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.022	5463

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.12-2.15	0.9473	2	0.2408	28	X-RAY DIFFRACTION	0
2.15-2.17	0.4238	2	0.2448	101	X-RAY DIFFRACTION	1
2.17-2.2	0.2487	9	0.238	280	X-RAY DIFFRACTION	4
2.2-2.22	0.3543	28	0.244	526	X-RAY DIFFRACTION	7
2.22-2.25	0.3155	38	0.255	838	X-RAY DIFFRACTION	11
2.25-2.28	0.3305	72	0.2655	1380	X-RAY DIFFRACTION	18
2.29-2.32	0.3494	104	0.27	2022	X-RAY DIFFRACTION	27
2.32-2.35	0.3157	124	0.2641	2449	X-RAY DIFFRACTION	32
2.35-2.39	0.3232	144	0.2533	2835	X-RAY DIFFRACTION	38
2.39-2.43	0.3037	152	0.2488	3154	X-RAY DIFFRACTION	42
2.43-2.47	0.3182	182	0.242	3464	X-RAY DIFFRACTION	46
2.47-2.51	0.2983	207	0.2394	3728	X-RAY DIFFRACTION	50
2.51-2.56	0.3238	239	0.2361	4074	X-RAY DIFFRACTION	55
2.56-2.62	0.2997	254	0.2361	4525	X-RAY DIFFRACTION	61
2.62-2.67	0.289	264	0.2346	5052	X-RAY DIFFRACTION	67
2.67-2.73	0.2972	279	0.2359	5407	X-RAY DIFFRACTION	72
2.73-2.8	0.2722	319	0.2252	5692	X-RAY DIFFRACTION	76
2.8-2.88	0.2745	349	0.2281	6001	X-RAY DIFFRACTION	80
2.88-2.96	0.2661	334	0.2226	6275	X-RAY DIFFRACTION	83
2.96-3.06	0.2852	345	0.22	6609	X-RAY DIFFRACTION	88
3.06-3.17	0.2874	391	0.2163	7061	X-RAY DIFFRACTION	94
3.17-3.29	0.2692	359	0.2025	7290	X-RAY DIFFRACTION	97
3.29-3.44	0.253	409	0.1891	7511	X-RAY DIFFRACTION	100
3.44-3.62	0.2561	391	0.1809	7483	X-RAY DIFFRACTION	100
3.63-3.85	0.2356	381	0.1697	7522	X-RAY DIFFRACTION	100
3.85-4.15	0.2237	398	0.1544	7521	X-RAY DIFFRACTION	99
4.15-4.56	0.2081	407	0.1354	7402	X-RAY DIFFRACTION	98
4.56-5.22	0.213	353	0.1457	7419	X-RAY DIFFRACTION	98
5.22-6.56	0.2148	398	0.1569	7334	X-RAY DIFFRACTION	97
6.56-26.98	0.1747	399	0.1448	7638	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0442	-0.0248	0.0453	0.0061	-0.0206	0.0475	-0.0384	-0.0546	-0.0216	0.0192	-0	0.0296	-0.0715	0.0419	0	0.1851	0.0199	-0.0318	0.1819	0.0239	0.1814	-20.983	-19.2407	-78.9655
2	0.118	0.074	-0.1492	0.0381	-0.0879	0.1244	-0.0011	-0.0429	0.0245	-0.0261	-0.0079	0.0017	-0.006	-0.0302	0	0.1506	-0.0156	0.0069	0.1	0.0054	0.1388	21.7936	-11.1934	-78.8662
3	0.1019	0.1126	-0.0866	0.0844	-0.0827	0.0955	-0.0373	-0.0438	0.0294	-0.0292	0.0237	0.0106	-0.0775	-0.0396	0	0.1563	-0.0064	0.0187	0.1101	0.0099	0.1535	31.3137	4.4249	-91.6246
4	0.0264	0.0378	0.0098	0.0566	0.0111	0.0021	0.0608	0.0033	0.0859	-0.0084	-0.0168	-0.0589	0.019	-0.0737	0	0.1873	-0.0053	-0.0292	0.2797	0.0395	0.2121	10.9288	-2.7734	-102.5926
5	0.0357	0.2004	-0.0032	0.0442	-0.2709	0.0268	-0.0534	0.0245	-0.0302	0.0004	0.0126	-0.0741	0.1379	0.0044	0.007	0.2024	-0.0044	0.0407	0.1836	0.0101	0.1698	30.9417	-11.9784	-88.1303
6	0.0815	-0.001	-0.1426	0.2286	0.0615	0.1493	0.0487	-0.0436	-0.0416	-0.0093	-0.0477	0.0077	-0.0156	0.0224	0.0004	0.0901	-0.0284	-0.0197	0.1111	0.0222	0.0904	20.0544	-30.3737	-49.8068
7	0.198	0.0719	-0.0755	0.0221	-0.0269	0.0665	0.1765	-0.0948	0.1112	0.0535	0.0661	0.1044	-0.0144	0.0601	0.1079	0.2283	0.0546	0.0169	0.0725	-0.0318	0.2714	3.4665	-0.2986	-70.8612
8	0.0045	-0.0221	-0.024	0.0284	0.0486	0.0518	0.1049	0.0734	-0.0115	0.0685	-0.0569	0.0794	-0.0765	0.0731	-0.0013	0.1826	-0.0016	-0.009	0.1339	-0.0126	0.1807	-11.8603	-11.0045	-60.5491
9	0.0578	0.0732	0.0363	0.0765	0.0923	0.0287	0.0262	0.0689	-0.1137	-0.0182	-0.0259	0.0074	-0.0482	0.0008	-0	0.1413	0.02	0.0167	0.1905	-0.0212	0.1726	19.7327	-29.36	-84.5188
10	0.1731	-0.0921	0.0046	0.091	-0.082	0.181	0.0239	0.0594	-0.0141	0.0344	-0.0211	-0.0616	0.0102	-0.0388	0.0005	0.101	0.0109	-0.0032	0.1382	-0.0226	0.0836	-17.3839	-38.1889	-94.5312
11	0.036	0.0113	0.0422	0.0318	-0.028	0.0781	-0.1718	-0.0022	-0.0918	0.0369	0.0026	-0.0549	0.0747	0.0138	-0.0024	0.2304	0.0264	0.0243	0.3769	0.0416	0.1576	0.0243	-29.7155	-111.1206
12	0.0884	-0.0256	-0.0304	-0.0442	0.0351	0.144	0.0244	-0.0024	-0.0078	0.0089	-0.0218	0.0166	-0.0345	-0.0229	0.0008	0.112	-0.0114	-0.0074	0.1189	0.0123	0.1085	-14.1817	-30.9383	-67.3155
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15	0.0175	0.0026	0.0175	0.0139	0.0145	0.0154	0.0514	-0.0327	0.0394	0.0127	-0.0323	0.0011	0.0016	0.001	-0	0.2148	-0.0143	-0.01	0.1581	0.0065	0.1889	42.9049	9.9619	6.5921
16	0.1243	0.0196	-0.0278	0.0013	-0.0273	0.1091	0.003	-0.0887	0.0022	-0.0449	0.0197	-0.0363	-0.03	-0.0459	-0	0.1527	-0.0181	0.0004	0.2116	0.0172	0.1219	5.6809	17.6089	17.594
17	0.0161	0.0109	-0.0146	0.0291	-0.0406	0.0431	-0.0726	-0.046	0.0891	0.0475	0.045	0.0004	0.0383	-0.0476	-0.0001	0.1941	0.033	0.0073	0.2482	0.0277	0.1617	22.3056	9.6701	33.417
18	0.1673	-0.0612	-0.1408	-0.0676	0.1047	0.2622	-0.0527	-0.0139	-0.0658	-0.0342	-0.0147	0.0316	0.1364	-0.0384	-0.0095	0.1704	-0.0398	0.0156	0.1441	0.0387	0.1371	5.5659	8.0757	16.4089
19	0.0986	-0.0053	0.0087	0.1811	-0.0003	0.1125	-0.003	0.0649	0.0235	-0.006	0.0224	0.0213	0.0063	0.0141	-0	0.092	-0.024	-0.0026	0.1853	0.0259	0.1049	13.8252	15.9557	-31.3325
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22	0.0448	0.0735	0.066	0.1073	0.1093	0.1091	0.0886	-0.1349	0.1562	0.118	-0.0745	0.0267	0.1881	0.0373	-0.0127	0.1649	-0.0085	0.0018	0.1716	0.0105	0.2028	47.8853	26.2863	-5.6843
23	0.1404	0.0141	0.1461	-0.0066	-0.0075	0.0486	0.0782	0.0716	-0.0255	0.0249	0.0063	-0.0319	0.1216	-0.0015	0.0146	0.2008	-0.0524	0.0032	0.1127	0.0125	0.1511	21.4698	-2.3273	0.9996
24	0.1427	0.0929	-0.0062	0.0596	-0.0542	0.0285	-0.0591	0.0072	-0.0831	-0.0044	-0.0288	0.0074	0.0328	-0.0614	-0.0045	0.2031	0.0149	0.0165	0.0789	0.0177	0.2126	52.5182	-17.8707	5.1332
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26	0.0832	-0.0008	0.0017	0.1516	-0.0783	0.0669	-0.022	-0.0365	0.0234	0.0059	0.0138	-0.0604	-0.0326	-0.006	-0	0.1441	0.0048	-0.0216	0.1414	0.0267	0.1623	54.5736	-7.1473	7.8609
27	0.176	-0.0885	0.1176	0.1556	0.0259	0.1567	0.0053	0.0998	0.0344	0.0591	-0.0175	-0.0177	0.0292	-0.001	0	0.1183	-0.0202	0.0105	0.2266	0.0286	0.1533	43.7498	18.8441	-30.2043
28	0.0802	-0.0149	-0.0251	0.0028	-0.0393	0.0433	0.038	0.156	-0.016	-0.0249	0.025	0.0367	-0.001	0.0296	0.0087	0.2171	-0.0203	-0.0162	0.1434	0.0142	0.1908	35.1153	-7.7189	-13.9768
29	0.0821	-0.0562	0.0793	0.0771	-0.0658	0.0671	0.0943	0.0579	-0.1596	-0.0608	-0.0066	0.0825	0.0595	0.1058	0.0243	0.3393	-0.0769	0.0232	0.2216	-0.0256	0.2264	29.045	-13.6447	-19.7207
30	0.0138	-0.0012	0.0205	0.0202	0.0038	0.0229	-0.0044	0.0487	-0.1125	0.0113	0.0602	0.0646	-0.0221	0.0876	-0.0002	0.1771	-0.0532	0.0057	0.1578	-0.0056	0.1617	10.4265	-5.9071	-16.8877

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 50 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 51 through 196 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 197 through 302 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 303 through 391 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 392 through 581 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 582 through 861 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 862 through 934 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 935 through 1017 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 3 through 85 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 86 through 302 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 303 through 397 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 398 through 842 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 843 through 948 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 949 through 1018 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 2 through 85 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 86 through 302 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 303 through 375 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 376 through 581 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 582 through 807 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 808 through 896 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 897 through 966 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 967 through 1017 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 3 through 108 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 109 through 302 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 303 through 397 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 398 through 581 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 582 through 807 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resid 808 through 879 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'D' and (resid 880 through 943 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'D' and (resid 944 through 1018 )

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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