PDB-8f6i: Cryo-EM structure of a Zinc-loaded symmetrical D70A mutant of the...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8f6i

タイトル

Cryo-EM structure of a Zinc-loaded symmetrical D70A mutant of the YiiP-Fab complex

要素

Cadmium and zinc efflux pump FieF
Fab2r heavy chain
Fab2r light chain

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / Zinc transporter / cation diffusion facilitator / membrane protein

機能・相同性

機能・相同性情報

zinc efflux active transmembrane transporter activity / cadmium ion transmembrane transporter activity / ferrous iron transmembrane transporter activity / intracellular zinc ion homeostasis / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Shewanella oneidensis MR-1 (バクテリア)

Homo sapiens (ヒト)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.03 Å

データ登録者

Lopez-Redondo, M.L. / Hussein, A.K. / Stokes, D.L.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	R35GM144109	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	R01GM125081	米国

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Characterization of individual Zn2+ binding sites of YiiP
著者: Lopez-Redondo, M.L. / Hussein, A.K. / Stokes, D.L.

履歴

登録	2022年11月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年2月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8f6i.cif.gz	234.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8f6i.ent.gz	190.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8f6i.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8f6i_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8f6i_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	8f6i_validation.xml.gz	53 KB	表示
CIF形式データ	8f6i_validation.cif.gz	78.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f6/8f6i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f6/8f6i	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	28884MC 28881C 28882C 28883C 28885C 28886C 8f6eC 8f6fC 8f6hC 8f6jC 8f6kC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

B: Cadmium and zinc efflux pump FieF

A: Cadmium and zinc efflux pump FieF

E: Fab2r light chain

F: Fab2r heavy chain

C: Fab2r light chain

D: Fab2r heavy chain

ヘテロ分子

163 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法

#1: タンパク質	Cadmium and zinc efflux pump FieF 分子量: 32441.203 Da / 分子数: 2 / 変異: D70A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Shewanella oneidensis MR-1 (バクテリア) 遺伝子: fieF, SO_4475 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8E919
#2: 抗体	Fab2r light chain 分子量: 23580.242 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 抗体	Fab2r heavy chain 分子量: 25406.352 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素

名称: D70A symmetrical Zinc-loaded YiiP-Fab complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: MULTIPLE SOURCES

分子量

値: 0.163024 MDa / 実験値: NO

由来(天然)

ID	Entity assembly-ID	生物種	Ncbi tax-ID
2	1	Shewanella oneidensis (バクテリア)	70863
3	1	Homo sapiens (ヒト)	9606

由来(組換発現)

生物種:

Escherichia coli (大腸菌)

緩衝液

pH: 7.5

緩衝液成分

ID	濃度	名称	式	Buffer-ID
1	150 mM	sodium chloride	NaCl	1
2	20 mM	HEPES (N-2-hydroxyethylpiperazine-N'-2-ethanesulfonic acid)	C₈H₁₈N₂O₄S	1
3	2 mg/ml	n-decyl-beta-D-maltoside	C₂₂H₄₂O₁₁	1
4	0.5 mM	zinc sulfate	ZnSO₄	1

試料

濃度: 4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES

試料支持

詳細: PELCO easiGLOW / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3

急速凍結

装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 81000 X / 最大デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 700 nm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU
試料ホルダ	凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影	平均露光時間: 2.5 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å² / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3420
電子光学装置	エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV
画像スキャン	サンプリングサイズ: 5 µm / 横: 5760 / 縦: 4092

-
解析

ソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化

EMソフトウェア

ID	名称	バージョン	カテゴリ
2	SerialEM		画像取得
4	cryoSPARC	3.1	CTF補正
7	UCSF Chimera	1.14	モデルフィッティング
9	PHENIX	1.18	モデル精密化
10	cryoSPARC	3.1	初期オイラー角割当
11	cryoSPARC	3.1	最終オイラー角割当
12	cryoSPARC	3.1	分類
13	cryoSPARC	3.1	３次元再構成

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

粒子像の選択

選択した粒子像数: 1702119

対称性

点対称性: C₁ (非対称)

3次元再構成

解像度: 4.03 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 182413 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT

原子モデル構築

B value: 126 / プロトコル: BACKBONE TRACE / 空間: REAL / Target criteria: cross-correlation

原子モデル構築

PDB-ID: 7KZZ

7kzz

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.002	10595
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	0.505	14425
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	3.745	1456
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.039	1678
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.003	1818

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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