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- PDB-8f6d: Crystal structure of the CNNM2 CBS-pair domain in complex with ARL15 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8f6d
タイトルCrystal structure of the CNNM2 CBS-pair domain in complex with ARL15
要素
  • ADP-ribosylation factor-like protein 15
  • Metal transporter CNNM2
キーワードPROTEIN BINDING (タンパク質) / Protein complex (タンパク質複合体) / cation transport
機能・相同性
機能・相同性情報


magnesium ion homeostasis / magnesium ion transmembrane transporter activity / basolateral plasma membrane / GTPase activity / GTP binding / extracellular exosome / ATP binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Ancient conserved domain protein family / Ion transporter-like, CBS domain / Cyclin M transmembrane N-terminal domain / CNNM, transmembrane domain / CNNM transmembrane domain profile. / small GTPase Arf family profile. / Sar1p-like members of the Ras-family of small GTPases / Small GTPase superfamily, ARF/SAR type / ADP-ribosylation factor family / ARF-like small GTPases; ARF, ADP-ribosylation factor ...Ancient conserved domain protein family / Ion transporter-like, CBS domain / Cyclin M transmembrane N-terminal domain / CNNM, transmembrane domain / CNNM transmembrane domain profile. / small GTPase Arf family profile. / Sar1p-like members of the Ras-family of small GTPases / Small GTPase superfamily, ARF/SAR type / ADP-ribosylation factor family / ARF-like small GTPases; ARF, ADP-ribosylation factor / CBS domain superfamily / CBSドメイン / CBSドメイン / CBS domain profile. / RmlC-like jelly roll fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Metal transporter CNNM2 / ADP-ribosylation factor-like protein 15
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Kozlov, G. / Mahbub, L. / Gehring, K.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR) カナダ
引用ジャーナル: Elife / 年: 2023
タイトル: Structural insights into regulation of CNNM-TRPM7 divalent cation uptake by the small GTPase ARL15.
著者: Mahbub, L. / Kozlov, G. / Zong, P. / Lee, E.L. / Tetteh, S. / Nethramangalath, T. / Knorn, C. / Jiang, J. / Shahsavan, A. / Yue, L. / Runnels, L. / Gehring, K.
履歴
登録2022年11月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年7月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Metal transporter CNNM2
B: ADP-ribosylation factor-like protein 15
C: Metal transporter CNNM2
D: ADP-ribosylation factor-like protein 15
E: Metal transporter CNNM2
F: ADP-ribosylation factor-like protein 15
G: Metal transporter CNNM2
H: ADP-ribosylation factor-like protein 15


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)149,2828
ポリマ－149,2828
非ポリマー00
水0
1
A: Metal transporter CNNM2
B: ADP-ribosylation factor-like protein 15


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,3202
ポリマ－37,3202
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Metal transporter CNNM2
D: ADP-ribosylation factor-like protein 15


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,3202
ポリマ－37,3202
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: Metal transporter CNNM2
F: ADP-ribosylation factor-like protein 15


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,3202
ポリマ－37,3202
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
G: Metal transporter CNNM2
H: ADP-ribosylation factor-like protein 15


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,3202
ポリマ－37,3202
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)66.018, 73.323, 79.327
Angle α, β, γ (deg.)94.353, 95.500, 115.330
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 434 or (resid 435 through 436...
d_2ens_1(chain "C" and (resid 434 or (resid 435 through 436...
d_3ens_1(chain "E" and (resid 434 or (resid 435 through 436...
d_4ens_1(chain "G" and (resid 434 through 447 or (resid 448...
d_1ens_2(chain "B" and ((resid 34 and (name N or name...
d_2ens_2(chain "D" and (resid 34 through 36 or (resid 37...
d_3ens_2(chain "F" and ((resid 34 and (name N or name...
d_4ens_2(chain "H" and (resid 34 through 37 or (resid 38...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1ILEVALA6 - 123
d_12ens_1PHELEUA130 - 152
d_21ens_1ILEVALC1 - 118
d_22ens_1PHELEUC122 - 144
d_31ens_1ILEVALE5 - 122
d_32ens_1PHELEUE124 - 146
d_41ens_1ILELEUG2 - 142
d_11ens_2ASPLEUB2 - 17
d_12ens_2ASNASNB29
d_13ens_2GLULEUB32 - 57
d_14ens_2SERLEUB59 - 90
d_15ens_2SERSERB97 - 122
d_16ens_2METLEUB126 - 140
d_21ens_2ASPLEUD3 - 18
d_22ens_2ASNASND30
d_23ens_2GLULEUD33 - 58
d_24ens_2SERLEUD60 - 91
d_25ens_2SERSERD102 - 127
d_26ens_2METLEUD130 - 144
d_31ens_2ASPLEUF1 - 16
d_32ens_2ASNASNF27
d_33ens_2GLULEUF29 - 54
d_34ens_2SERLEUF56 - 87
d_35ens_2SERSERF96 - 121
d_36ens_2METLEUF123 - 137
d_41ens_2ASPLEUH2 - 17
d_42ens_2ASNASNH27
d_43ens_2GLULEUH30 - 87
d_44ens_2SERSERH91 - 116
d_45ens_2METLEUH118 - 132

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.72718306536, -0.493228981999, -0.477420109306), (-0.475088557443, -0.140386653494, 0.868667053656), (-0.495475178027, 0.85849680188, -0.132240648524)51.024973898, 40.4501111191, -12.0045042926
2given(-0.716988738678, -0.480828047824, -0.504709358972), (-0.312177702233, -0.425887296299, 0.849214397593), (-0.623275405288, 0.766436167778, 0.155252600254)70.4799323072, 11.3013334348, -41.1746285635
3given(0.999941915405, -0.0100710757701, -0.00383917300008), (0.00830317787938, 0.946917991519, -0.321367973784), (0.0068719032004, 0.321317429919, 0.946946612105)21.298184921, -31.9114951669, -43.6535739272
4given(-0.740722040147, -0.454241936694, -0.494969819473), (-0.484341556851, -0.149495936765, 0.862011729153), (-0.465557854136, 0.878245539607, -0.109273311531)51.4240002127, 40.5560000077, -12.4873316269
5given(-0.718147873295, -0.465746596433, -0.517052937322), (-0.309617562675, -0.451566746952, 0.836794143103), (-0.623217936973, 0.761030604482, 0.180088372962)70.7721105633, 10.9516979051, -41.113783972
6given(0.998857487284, -0.0439461501968, 0.0187738109942), (0.0474521337463, 0.958603394302, -0.280762938146), (-0.00565818869357, 0.281333020309, 0.959593516331)21.3875141514, -32.2426738523, -43.4290454033

-
要素

#1: タンパク質
Metal transporter CNNM2 / Ancient conserved domain-containing protein 2 / Cyclin-M2


分子量: 17864.365 Da / 分子数: 4 / 断片: CBS 1 and CBS 2 domains / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CNNM2, ACDP2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9H8M5
#2: タンパク質
ADP-ribosylation factor-like protein 15 / ADP-ribosylation factor-related protein 2 / ARF-related protein 2


分子量: 19456.018 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ARL15, ARFRP2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NXU5

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.4 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M sodium chloride, 0.1 M Tris pH 8.5, 25% (w/v) PEG3350, 0.5 mM GppNp

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→50 Å / Num. obs: 20526 / % possible obs: 94.2 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 114.46 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rsym value: 0.078 / Net I/σ(I): 10.4
反射 シェル解像度: 3.2→3.26 Å / 冗長度: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / Num. unique obs: 1986 / CC1/2: 0.624 / Rsym value: 0.782 / % possible all: 93.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19_4092精密化
DIALSデータ削減
DIALSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4IY0

4iy0


解像度: 3.2→29.53 Å / SU ML: 0.6467 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 37.0886
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2927 1027 5 %
Rwork0.2641 19499 -
obs0.2655 20526 93.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 115.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→29.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7791 0 0 0 7791
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00377911
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.790610835
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04711368
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00651396
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.9661157
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.847732657002
ens_1d_3AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.863052682937
ens_1d_4AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.0040478446
ens_2d_2BX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.833275927917
ens_2d_3BX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.44460084713
ens_2d_4BX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.32087835788
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2-3.370.3831430.36032689X-RAY DIFFRACTION90.22
3.37-3.580.3671390.33122653X-RAY DIFFRACTION88.86
3.58-3.860.35791500.28942873X-RAY DIFFRACTION96.71
3.86-4.240.33481490.27082814X-RAY DIFFRACTION96.08
4.24-4.850.31681480.26422819X-RAY DIFFRACTION94.67
4.85-6.110.32351480.27082798X-RAY DIFFRACTION93.73
6.11-29.530.21221500.22912853X-RAY DIFFRACTION96.28

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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