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- PDB-8f69: Crystal structure of murine PolG2 dimer bound to DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8f69
タイトルCrystal structure of murine PolG2 dimer bound to DNA
要素
  • DNA (5'-D(*CP*TP*GP*GP*TP*AP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*TP*AP*CP*CP*AP*G)-3')
  • DNA polymerase subunit gamma-2, mitochondrial
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / DNA Complex / PolG accessory subunit / mitochondria / mtDNA / processivity factor / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA replication / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
Glycyl-tRNA synthetase-like core domain / POLG2, C-terminal / Glycyl-tRNA synthetase/DNA polymerase subunit gamma-2 / Anticodon-binding / Anticodon binding domain / Anticodon-binding domain superfamily / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL)
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / DNA polymerase subunit gamma-2, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Wojtaszek, J.L. / Hoff, K.E. / Williams, R.S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)1Z01ES102765 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2023
タイトル: Structure-specific roles for PolG2-DNA complexes in maintenance and replication of mitochondrial DNA.
著者: Wojtaszek, J.L. / Hoff, K.E. / Longley, M.J. / Kaur, P. / Andres, S.N. / Wang, H. / Williams, R.S. / Copeland, W.C.
履歴
登録2022年11月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年8月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月30日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: DNA polymerase subunit gamma-2, mitochondrial
A: DNA polymerase subunit gamma-2, mitochondrial
C: DNA (5'-D(*CP*TP*GP*GP*TP*AP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*TP*AP*CP*CP*AP*G)-3')
D: DNA (5'-D(*CP*TP*GP*GP*TP*AP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*TP*AP*CP*CP*AP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,79521
ポリマ－107,4954
非ポリマー1,30117
水2,324129
1
B: DNA polymerase subunit gamma-2, mitochondrial
A: DNA polymerase subunit gamma-2, mitochondrial
ヘテロ分子

C: DNA (5'-D(*CP*TP*GP*GP*TP*AP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*TP*AP*CP*CP*AP*G)-3')
D: DNA (5'-D(*CP*TP*GP*GP*TP*AP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*TP*AP*CP*CP*AP*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,79521
ポリマ－107,4954
非ポリマー1,30117
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_444y-1/2,-x-1/2,z-1/41
Buried area13480 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area39720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.027, 88.027, 343.170
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Space group name HallP4abw2nw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2

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要素

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タンパク質 / DNA鎖 , 2種, 4分子 BACD

#1: タンパク質 DNA polymerase subunit gamma-2, mitochondrial


分子量: 48229.914 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Polg2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q0VES3
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*TP*GP*GP*TP*AP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*TP*AP*CP*CP*AP*G)-3')


分子量: 5517.567 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 4種, 146分子

#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 129 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.22 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 20% MPD 0.1 M MES pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 105 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2017年12月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→42.63 Å / Num. obs: 69448 / % possible obs: 99.69 % / 冗長度: 8.9 % / Biso Wilson estimate: 59.36 Å2 / Rrim(I) all: 0.127 / Net I/σ(I): 20.59
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 8.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 6754 / Rrim(I) all: 1.49 / % possible all: 99.16

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1G5I

1g5i


解像度: 2.2→42.63 Å / SU ML: 0.3068 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.4961
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2283 1998 2.88 %
Rwork0.1939 67401 -
obs0.1949 69399 99.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 83.91 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→42.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6377 732 84 129 7322
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00437447
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.632710240
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04111152
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041173
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.18424301
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.260.35371370.34234692X-RAY DIFFRACTION98.65
2.26-2.320.31321410.29284719X-RAY DIFFRACTION99.98
2.32-2.390.3111390.26624733X-RAY DIFFRACTION99.96
2.39-2.460.28351410.23974734X-RAY DIFFRACTION99.92
2.46-2.550.29981410.23054755X-RAY DIFFRACTION100
2.55-2.650.30691420.22234779X-RAY DIFFRACTION99.98
2.65-2.770.26241420.21214769X-RAY DIFFRACTION99.96
2.77-2.920.24851410.20894790X-RAY DIFFRACTION100
2.92-3.10.26791430.21854791X-RAY DIFFRACTION99.96
3.1-3.340.28891430.21014820X-RAY DIFFRACTION99.92
3.34-3.680.24041430.19484866X-RAY DIFFRACTION100
3.68-4.210.22851450.17614881X-RAY DIFFRACTION99.96
4.21-5.30.16831460.15544888X-RAY DIFFRACTION98.9
5.3-42.630.19851540.1885184X-RAY DIFFRACTION98.74
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.16552155796-0.517510043817-0.6181106024661.996643333390.7895072093870.910027438035-0.4179955203340.1350798540430.2118572765940.0550065835996-0.0323714269687-0.203049160372-0.1116177765950.0177471231450.4150816409090.648628248488-0.010336960073-0.1120019575590.3782935787250.03846598106780.774339965116-23.05431708133.59646029141-39.6906685802
21.815824214720.01142084999320.05248082611682.785480353251.101902289314.24300248138-0.2434258168750.1716484807460.425353657708-0.5218384772790.001355783253910.064293524025-1.232233174350.1126371083020.2145595942860.7922006078750.0155999676911-0.2010275798510.4013332875810.007632681138160.707492495823-35.438847062313.4642151145-47.6346339137
37.028856152922.62523904210.3283246147995.19047104239-2.276500027277.02230461328-0.534370802745-0.276830121815-0.6351445151920.5103376979750.1611459746350.5601010719990.231482045904-0.9754691342760.4068414058440.6838880174880.1814677207720.1924100178520.837959026565-0.2519156506560.997846880908-57.2156203674-2.30480593493-21.2942895962
44.805048936080.3992054891780.06684947831171.279974445560.2851432039380.506028924105-0.117469377349-0.02365354787330.20620677383-0.04082705047420.0187854543479-0.267890340893-0.1681015119430.1285340123650.08128260434870.558079524720.03713680644550.04541022851190.3694317210450.02006515653390.644855893258-23.2053562738-5.77538650373-45.2012491222
52.36954189695-0.4295034575360.7785124766942.17963620906-0.02076201107994.45955654172-0.0333762424808-0.192059971771-0.04592295020810.250164056610.0435244888537-0.07440413294330.1596456265750.258963933142-0.01151561442840.4261072592850.05484079558860.01041569735690.321055661827-0.02950312274780.427502436804-32.3175648486-18.0840496061-33.5678641015
67.68134565577-2.10085648560.9736971517225.62116940388-1.566091148873.526131739690.08356477019920.4519975135590.094796618561-0.5685909761160.01812913592550.2662771972670.008236523608720.113419078542-0.04191346967040.471602377701-0.0929512879695-0.04581508521380.368554008128-0.05744113140120.359918148475-56.9148185808-6.67049916132-61.6083227421
72.07926696094-0.30927287191.367099249726.40723969182-5.018440289964.595238545981.0037608591.24404018865-0.986379998416-0.252254968173-1.004333390351.74980803386-1.0966771456-0.517558168221-0.2343453880011.43622843470.885275517014-0.3225977091781.60002011831-0.4771020449231.30278869081-64.1640536121-0.0496640152166-0.394846701651
89.31062256122-1.683934523560.1460335883752.762007510930.5160377795156.29018596015-1.202954925140.330943540351-0.7086049802270.5764610912440.274260998627-0.5610491631271.080766710120.820544376720.8966103493040.9544131385750.182485498518-0.05716957529720.979160095427-0.05921141245771.03569829708-42.2655981215-20.24645164121.90046715257
93.09113127446-1.011119190873.090912216452.48361415302-2.098534039033.63836717743-0.166903169595-1.60166332238-1.296744837391.96648548456-0.4825255660820.8263758091670.822649588230.7164763038550.726728451981.228009034220.3701020623350.06511199454291.24608457180.1613459101730.908926313623-36.8131682048-19.64603716086.99723205962
105.76469137296-2.74829897169-0.249949916075.24014499629-0.4693552067080.963902942197-0.07603883195560.6884902062330.2822744159260.24697884025-0.5669171180450.26674897214-1.08021590951-1.205419183120.5234572670331.012792917810.47229508823-0.1603699194111.52113959709-0.07916780911741.07037619785-60.3334405025-2.98767285409-0.413507472563
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 41 through 151 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 152 through 356 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 357 through 458 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 38 through 159 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 160 through 330 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 331 through 459 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 1 through 10 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 11 through 18 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'D' and (resid 1 through 5 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and (resid 6 through 18 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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