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万見
- PDB-8f5y: Crystal structure of pregnane X receptor ligand binding domain co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8f5y
タイトルCrystal structure of pregnane X receptor ligand binding domain complexed with JQ1
要素
  • Nuclear receptor coactivator 1
  • Nuclear receptor subfamily 1 group I member 2
キーワードTRANSCRIPTION / nuclear receptor / transcription factor / metabolism / antibiotic
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to molecule of bacterial origin / intestinal epithelial structure maintenance / intermediate filament cytoskeleton / labyrinthine layer morphogenesis / positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by galactose / regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / positive regulation of female receptivity / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / xenobiotic transport / male mating behavior ...cellular response to molecule of bacterial origin / intestinal epithelial structure maintenance / intermediate filament cytoskeleton / labyrinthine layer morphogenesis / positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by galactose / regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / positive regulation of female receptivity / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / xenobiotic transport / male mating behavior / hypothalamus development / steroid metabolic process / cellular response to Thyroglobulin triiodothyronine / Synthesis of bile acids and bile salts / progesterone receptor signaling pathway / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Endogenous sterols / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / response to retinoic acid / xenobiotic catabolic process / estrous cycle / nuclear retinoid X receptor binding / histone acetyltransferase activity / Recycling of bile acids and salts / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / histone acetyltransferase / cellular response to hormone stimulus / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / intracellular receptor signaling pathway / estrogen receptor signaling pathway / lactation / : / positive regulation of adipose tissue development / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / positive regulation of neuron differentiation / regulation of cellular response to insulin stimulus / xenobiotic metabolic process / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian expression / SUMOylation of transcription cofactors / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / response to progesterone / cerebellum development / nuclear estrogen receptor binding / nuclear receptor binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / hippocampus development / SUMOylation of intracellular receptors / mRNA transcription by RNA polymerase II / Heme signaling / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / PPARA activates gene expression / Cytoprotection by HMOX1 / cerebral cortex development / Nuclear Receptor transcription pathway / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / RNA polymerase II transcription regulator complex / male gonad development / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / : / response to estradiol / HATs acetylate histones / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / transcription regulator complex / Estrogen-dependent gene expression / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / cell differentiation / transcription coactivator activity / protein dimerization activity / nuclear body / positive regulation of apoptotic process / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / positive regulation of gene expression / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / protein-containing complex binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Nuclear receptor coactivator 1 / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain / Nuclear receptor coactivator / : ...Nuclear receptor coactivator 1 / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain / Nuclear receptor coactivator / : / Steroid receptor coactivator / Unstructured region on nuclear receptor coactivator protein / Nuclear receptor coactivators bHLH domain / PAS domain / Nuclear receptor coactivator, interlocking / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / : / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-JQ1 / Nuclear receptor subfamily 1 group I member 2 / Nuclear receptor coactivator 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Huber, A.D. / Poudel, S. / Seetharaman, J. / Miller, D.J. / Chen, T.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM118041 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2024
タイトル: A bromodomain-independent mechanism of gene regulation by the BET inhibitor JQ1: direct activation of nuclear receptor PXR.
著者: Huber, A.D. / Poudel, S. / Wu, J. / Miller, D.J. / Lin, W. / Yang, L. / Bwayi, M.N. / Rimmer, M.A. / Gee, R.R.F. / Seetharaman, J. / Chai, S.C. / Chen, T.
履歴
登録2022年11月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年2月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nuclear receptor subfamily 1 group I member 2
B: Nuclear receptor subfamily 1 group I member 2
C: Nuclear receptor coactivator 1
D: Nuclear receptor coactivator 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,9466
ポリマ－78,0304
非ポリマー9162
水1,72996
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3970 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area25180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.547, 82.562, 103.669
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 142 through 144 or (resid 145...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 142 through 169 or resid 171...
d_1ens_2(chain "C" and resid 685 through 695)
d_2ens_2(chain "D" and (resid 685 through 687 or (resid 688...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11ens_1GLYGLYPHEPHEAA142 - 16924 - 51
d_12ens_1ASNASNGLYGLYAA171 - 17653 - 58
d_13ens_1LYSLYSVALVALAA210 - 21192 - 93
d_14ens_1LEULEUGLUGLUAA213 - 21895 - 100
d_15ens_1GLYGLYTYRTYRAA220 - 225102 - 107
d_16ens_1PROPROPROPROAA227 - 228109 - 110
d_17ens_1SERSERILEILEAA238 - 269120 - 151
d_18ens_1ASPASPLEULEUAA271 - 283153 - 165
d_19ens_1GLNGLNTYRTYRAA285 - 306167 - 188
d_110ens_1LEULEULEULEUAA308190
d_111ens_1GLUGLUTYRTYRAA321 - 328203 - 210
d_112ens_1LEULEUGLNGLNAA330 - 358212 - 240
d_113ens_1ARGARGGLNGLNAA360 - 366242 - 248
d_114ens_1GLNGLNHISHISAA368 - 386250 - 268
d_115ens_1PHEPHEALAALAAA388 - 405270 - 287
d_116ens_1THRTHRTHRTHRAA408290
d_117ens_1LEULEULEULEUAA411 - 412293 - 294
d_118ens_1ILEILEILEILEAA414 - 431296 - 313
d_119ens_1JQ1JQ1JQ1JQ1AE501
d_21ens_1GLYGLYPHEPHEBB142 - 16924 - 51
d_22ens_1ASNASNGLYGLYBB171 - 17653 - 58
d_23ens_1LYSLYSVALVALBB210 - 21192 - 93
d_24ens_1LEULEUGLUGLUBB213 - 21895 - 100
d_25ens_1GLYGLYTYRTYRBB220 - 225102 - 107
d_26ens_1PROPROILEILEBB227 - 269109 - 151
d_27ens_1ASPASPLEULEUBB271 - 283153 - 165
d_28ens_1GLNGLNTYRTYRBB285 - 306167 - 188
d_29ens_1LEULEUTYRTYRBB308 - 328190 - 210
d_210ens_1LEULEUGLNGLNBB330 - 358212 - 240
d_211ens_1ARGARGGLNGLNBB360 - 366242 - 248
d_212ens_1GLNGLNHISHISBB368 - 386250 - 268
d_213ens_1PHEPHEALAALABB388 - 405270 - 287
d_214ens_1THRTHRTHRTHRBB408290
d_215ens_1LEULEULEULEUBB411 - 412293 - 294
d_216ens_1ILEILEILEILEBB414 - 431296 - 313
d_217ens_1JQ1JQ1JQ1JQ1BF501
d_11ens_2GLUGLUGLNGLNCC685 - 69510 - 20
d_21ens_2GLUGLUGLNGLNDD685 - 69510 - 20

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2

NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.976090086405, 0.128059925713, 0.175638260775), (0.190698317067, 0.116716515788, 0.974685286033), (0.104318239486, 0.984874565805, -0.138346646297)ベクター: 54. ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.976090086405, 0.128059925713, 0.175638260775), (0.190698317067, 0.116716515788, 0.974685286033), (0.104318239486, 0.984874565805, -0.138346646297)
ベクター: 54.3294286431, 5.71443112547, -15.769759111)

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要素

#1: タンパク質 Nuclear receptor subfamily 1 group I member 2 / Orphan nuclear receptor PAR1 / Orphan nuclear receptor PXR / Pregnane X receptor / Steroid and ...Orphan nuclear receptor PAR1 / Orphan nuclear receptor PXR / Pregnane X receptor / Steroid and xenobiotic receptor / SXR


分子量: 36208.742 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 153-457 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NR1I2, PXR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O75469
#2: タンパク質・ペプチド Nuclear receptor coactivator 1 / NCoA-1 / Class E basic helix-loop-helix protein 74 / bHLHe74 / Protein Hin-2 / RIP160 / Renal ...NCoA-1 / Class E basic helix-loop-helix protein 74 / bHLHe74 / Protein Hin-2 / RIP160 / Renal carcinoma antigen NY-REN-52 / Steroid receptor coactivator 1 / SRC-1


分子量: 2806.163 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15788, histone acetyltransferase
#3: 化合物 ChemComp-JQ1 / (6S)-6-(2-tert-butoxy-2-oxoethyl)-4-(4-chlorophenyl)-2,3,9-trimethyl-6,7-dihydrothieno[3,2-f][1,2,4]triazolo[4,3-a][1,4]diazepin-10-ium


分子量: 457.996 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H26ClN4O2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.7 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 50 mM imidazole pH 7.0, 8% isopropanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.9201 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年5月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9201 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→43.9 Å / Num. obs: 36061 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 40.34 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rsym value: 0.084 / Net I/σ(I): 12.9
反射 シェル解像度: 2.15→2.21 Å / 冗長度: 6.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 2900 / CC1/2: 0.829 / Rsym value: 0.797 / % possible all: 98.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACTデータ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1NRL

1nrl


解像度: 2.15→32.61 Å / SU ML: 0.2655 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 23.3715
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2155 1726 4.8 %
Rwork0.2067 34259 -
obs0.2071 35985 99.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 49.28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→32.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4318 0 62 96 4476
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00714524
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.93346124
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0587672
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0077776
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.57641644
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.06864664366
ens_2d_2CCX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.18922093853
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.15-2.210.32961410.27922799X-RAY DIFFRACTION98.76
2.21-2.280.29191400.25792798X-RAY DIFFRACTION99.9
2.28-2.360.25961400.23552817X-RAY DIFFRACTION99.93
2.36-2.460.24771480.23412814X-RAY DIFFRACTION99.9
2.46-2.570.27981440.23492821X-RAY DIFFRACTION100
2.57-2.710.28291510.24322831X-RAY DIFFRACTION100
2.71-2.880.25071700.22512826X-RAY DIFFRACTION99.93
2.88-3.10.22951300.22852852X-RAY DIFFRACTION100
3.1-3.410.23121220.22592877X-RAY DIFFRACTION99.87
3.41-3.90.19161260.19382900X-RAY DIFFRACTION99.8
3.9-4.910.16771580.16712906X-RAY DIFFRACTION99.84
4.91-32.610.19161560.19213018X-RAY DIFFRACTION99.69

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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