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- PDB-8f5w: Dihydropyrimidine Dehydrogenase (DPD) C671S Mutant Soaked with Di... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8f5w
タイトルDihydropyrimidine Dehydrogenase (DPD) C671S Mutant Soaked with Dihydrothymine and NADPH Quasi-Anaerobically
要素Dihydropyrimidine dehydrogenase [NADP(+)]
キーワードFLAVOPROTEIN / Dihydropyrimidine dehydrogenase / protein / mutant / dihyrdothymine / NADPH
機能・相同性
機能・相同性情報


dihydropyrimidine dehydrogenase (NADP+) / thymidine catabolic process / dihydropyrimidine dehydrogenase (NADP+) activity / uracil binding / beta-alanine biosynthetic process / thymine catabolic process / uracil catabolic process / FMN binding / NADP binding / flavin adenine dinucleotide binding ...dihydropyrimidine dehydrogenase (NADP+) / thymidine catabolic process / dihydropyrimidine dehydrogenase (NADP+) activity / uracil binding / beta-alanine biosynthetic process / thymine catabolic process / uracil catabolic process / FMN binding / NADP binding / flavin adenine dinucleotide binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / protein homodimerization activity / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Dihydroprymidine dehydrogenase domain II / Dihydroprymidine dehydrogenase domain II, 4Fe-4S cluster / 4Fe-4S dicluster domain / Alpha-helical ferredoxin / Dihydroorotate dehydrogenase domain / Dihydroorotate dehydrogenase / FAD/NAD(P)-binding domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. ...Dihydroprymidine dehydrogenase domain II / Dihydroprymidine dehydrogenase domain II, 4Fe-4S cluster / 4Fe-4S dicluster domain / Alpha-helical ferredoxin / Dihydroorotate dehydrogenase domain / Dihydroorotate dehydrogenase / FAD/NAD(P)-binding domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Aldolase-type TIM barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Chem-FNR / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / IRON/SULFUR CLUSTER / THYMINE / Dihydropyrimidine dehydrogenase [NADP(+)]
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.97 Å
データ登録者Kaley, N. / Smith, M. / Forouzesh, D. / Liu, D. / Moran, G.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)1904480 米国
National Science Foundation (NSF, United States)2203593 米国
引用ジャーナル: Arch.Biochem.Biophys. / 年: 2023
タイトル: Mammalian dihydropyrimidine dehydrogenase: Added mechanistic details from transient-state analysis of charge transfer complexes.
著者: Smith, M.M. / Forouzesh, D.C. / Kaley, N.E. / Liu, D. / Moran, G.R.
履歴
登録2022年11月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年2月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dihydropyrimidine dehydrogenase [NADP(+)]
B: Dihydropyrimidine dehydrogenase [NADP(+)]
C: Dihydropyrimidine dehydrogenase [NADP(+)]
D: Dihydropyrimidine dehydrogenase [NADP(+)]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)460,42936
ポリマ－446,3494
非ポリマー14,08032
水17,601977
1
A: Dihydropyrimidine dehydrogenase [NADP(+)]
B: Dihydropyrimidine dehydrogenase [NADP(+)]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)230,21518
ポリマ－223,1752
非ポリマー7,04016
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area34380 Å2
ΔGint-289 kcal/mol
Surface area66720 Å2
手法PISA
2
C: Dihydropyrimidine dehydrogenase [NADP(+)]
D: Dihydropyrimidine dehydrogenase [NADP(+)]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)230,21518
ポリマ－223,1752
非ポリマー7,04016
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area34380 Å2
ΔGint-295 kcal/mol
Surface area67250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.735, 158.003, 162.404
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.060, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Dihydropyrimidine dehydrogenase [NADP(+)] / DHPDHase / DPD / Dihydrothymine dehydrogenase / Dihydrouracil dehydrogenase


分子量: 111587.281 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 遺伝子: DPYD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q28943, dihydropyrimidine dehydrogenase (NADP+)

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非ポリマー , 6種, 1009分子

#2: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#4: 化合物
ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-FNR / 1-DEOXY-1-(7,8-DIMETHYL-2,4-DIOXO-3,4-DIHYDRO-2H-BENZO[G]PTERIDIN-1-ID-10(5H)-YL)-5-O-PHOSPHONATO-D-RIBITOL / TWO ELECTRON REDUCED FLAVIN MONONUCLEOTIDE / 還元型フラビンモノヌクレオチド


分子量: 458.360 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H23N4O9P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物
ChemComp-TDR / THYMINE / チミン


分子量: 126.113 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H6N2O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 977 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.4 %
解説: Crystals grew as single elongated rectangular hexahedrons (200 x 50 x 50 uM).
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: DPD variant C671S (39.2 uM) in 25 mM HEPES, 2 mM DTT, 10% glycerol at pH 7.5 was mixed 1:1 with well solution containing 100 mM sodium citrate, 2 mM DTT, 19% PEG 6000 at pH 4.7 to yield a 6 ...詳細: DPD variant C671S (39.2 uM) in 25 mM HEPES, 2 mM DTT, 10% glycerol at pH 7.5 was mixed 1:1 with well solution containing 100 mM sodium citrate, 2 mM DTT, 19% PEG 6000 at pH 4.7 to yield a 6 uL drop. Crystallization was carried out in the dark to prevent photo-degradation of the somewhat dissociable FMN cofactor. Under these conditions DPD crystals appeared within 16 hours and were left to grow for additional 24 hours. Ligands were combined with the crystals under near anaerobic conditions as follows: before being placed in a Plas-Labs 830 series glove box, the well solution beneath selected crystallization drops were made anaerobic with the addition of 10 mM dithionite and resealed with the cover slide. Crystals trays were placed in the glove box that contained a Motic binocular microscope coupled to an Accuscope 1080p high-definition camera. The glove box was sealed and made quasi-anaerobic by flushing with high-purity nitrogen gas for approximately 10 minutes at which time fractional dioxygen was recorded as 0.1 %, by a Forensics Detectors oxygen meter. Atmospheric dioxygen was measured throughout the soaking procedure and was held <1%. C671S DPD crystals were soaked for a minimum of 20 minutes with DHT (R,S) (200 uM) and NADPH (100 uM), each dissolved in the following cryo-solution: 20 mM sodium citrate, 0.4 mM DTT, 20% PEG 6000, 20% PEG 400, pH 7.5. The crystals were then submerged in liquid nitrogen, removed from the anaerobic environment, and stored under liquid nitrogen.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.1272 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1272 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.97→47.23 Å / Num. obs: 283435 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 26.48 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.1301 / Rpim(I) all: 0.075 / Rrim(I) all: 0.151 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.97-2.0140.90941.1136450.6330.5591.12995.2
5.35-52.294.246.4146270.0260.053100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.20.1_4487精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7M31

7m31


解像度: 1.97→47.23 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.12 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.217 14067 4.97 %
Rwork0.1787 269152 -
obs0.1806 283219 98.51 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 103.07 Å2 / Biso mean: 32.5455 Å2 / Biso min: 14.79 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.97→47.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数30850 0 692 977 32519
Biso mean--32.67 29.72 -
残基数----4042
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.97-1.990.30844240.26988593901794
1.99-2.020.30194370.25638791922897
2.02-2.040.28984480.2488950939898
2.04-2.070.28355070.23538819932698
2.07-2.10.26924870.22739018950599
2.1-2.120.26024630.21138935939899
2.12-2.150.24284850.19939033951899
2.15-2.190.23684560.19858999945599
2.19-2.220.23584610.19149103956499
2.22-2.260.23834320.19889041947399
2.26-2.30.24634700.19238943941399
2.3-2.340.2474390.19429062950199
2.34-2.380.25364710.19988988945999
2.38-2.430.24694980.18828959945799
2.43-2.480.23544600.18458994945498
2.48-2.540.24134550.18388720917596
2.54-2.610.22524830.18478591907495
2.61-2.680.23834750.18069042951799
2.68-2.750.24174720.18059066953899
2.75-2.840.21834780.18859009948799
2.84-2.950.25365120.19889010952299
2.95-3.060.24784880.19639047953599
3.06-3.20.23795080.18749018952699
3.2-3.370.22964400.189391119551100
3.37-3.580.21274450.18691249569100
3.58-3.860.20675040.164890959599100
3.86-4.250.17774790.14599059953899
4.25-4.860.16194720.14058709918195
4.86-6.120.16354690.15359094956399
6.12-47.230.15764490.13719229967899

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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