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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8f5o | |||||||||
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タイトル | Structure of Leishmania tarentolae IFT-A (state 1) | |||||||||
要素 |
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キーワード | PROTEIN TRANSPORT / Cilia / IFT | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 intraciliary transport particle A / intraciliary retrograde transport / intraciliary transport / non-motile cilium assembly / protein localization to cilium / non-motile cilium / motile cilium / axoneme / cilium assembly / ciliary basal body / cilium 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Leishmania tarentolae (真核生物) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhou, H. / Brown, A. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2022 タイトル: Mechanism of IFT-A polymerization into trains for ciliary transport. 著者: Shimi Meleppattu / Haixia Zhou / Jin Dai / Miao Gui / Alan Brown / 要旨: Intraflagellar transport (IFT) is the highly conserved process by which proteins are transported along ciliary microtubules by a train-like polymeric assembly of IFT-A and IFT-B complexes. IFT-A is ...Intraflagellar transport (IFT) is the highly conserved process by which proteins are transported along ciliary microtubules by a train-like polymeric assembly of IFT-A and IFT-B complexes. IFT-A is sandwiched between IFT-B and the ciliary membrane, consistent with its putative role in transporting transmembrane and membrane-associated cargoes. Here, we have used single-particle analysis electron cryomicroscopy (cryo-EM) to determine structures of native IFT-A complexes. We show that subcomplex rearrangements enable IFT-A to polymerize laterally on anterograde IFT trains, revealing a cooperative assembly mechanism. Surprisingly, we discover that binding of IFT-A to IFT-B shields the preferred lipid-binding interface from the ciliary membrane but orients an interconnected network of β-propeller domains with the capacity to accommodate diverse cargoes toward the ciliary membrane. This work provides a mechanistic basis for understanding IFT-train assembly and cargo interactions. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8f5o.cif.gz | 999.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8f5o.ent.gz | 791.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8f5o.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8f5o_validation.pdf.gz | 761.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8f5o_full_validation.pdf.gz | 841.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8f5o_validation.xml.gz | 137.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8f5o_validation.cif.gz | 212.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f5/8f5o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f5/8f5o | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 28866MC 8f5pC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-Intraflagellar transport protein ... , 2種, 2分子 BC
#1: タンパク質 | 分子量: 139246.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Leishmania tarentolae (真核生物) / 参照: UniProt: A0A640KAU8 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 144971.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Leishmania tarentolae (真核生物) / 参照: UniProt: A0A640KU89 |
-WD REPEATS REGION domain-containing ... , 2種, 2分子 EF
#3: タンパク質 | 分子量: 182580.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Leishmania tarentolae (真核生物) / 参照: UniProt: A0A640KQ11 |
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#5: タンパク質 | 分子量: 152393.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Leishmania tarentolae (真核生物) / 参照: UniProt: A0A640KHB7 |
-タンパク質 , 2種, 2分子 AD
#4: タンパク質 | 分子量: 38742.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Leishmania tarentolae (真核生物) / 参照: UniProt: A0A640KKJ7 |
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#6: タンパク質 | 分子量: 180805.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Leishmania tarentolae (真核生物) / 参照: UniProt: A0A640K949 |
-非ポリマー , 1種, 4分子
#7: 化合物 | ChemComp-ZN / |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: IFT-A / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#6 / 由来: NATURAL | ||||||||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Leishmania tarentolae (真核生物) | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.4 | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 1.1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm |
試料ホルダ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 57.8 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 239280 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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