+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8f5n | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Identification of an Immunodominant region on a Group A Streptococcus T-antigen Reveals Temperature-Dependent Motion in Pili | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | STRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / Streptococcus T-antigen major pilin backbone protein | ||||||
機能・相同性 | Streptococcal pilin isopeptide linker / Streptococcal pilin isopeptide linker superfamily / Spy0128-like isopeptide containing domain / Domain of unknown function DUF5979 / Domain of unknown function (DUF5979) / Major pilin backbone protein T-antigen 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌) Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Raynes, J.M. / Young, P.G. / Moreland, N.J. | ||||||
資金援助 | ニュージーランド, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: Virulence / 年: 2023 タイトル: Identification of an immunodominant region on a group A Streptococcus T-antigen reveals temperature-dependent motion in pili. 著者: Raynes, J.M. / Young, P.G. / Lorenz, N. / Loh, J.M.S. / McGregor, R. / Baker, E.N. / Proft, T. / Moreland, N.J. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8f5n.cif.gz | 157 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb8f5n.ent.gz | 118.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8f5n.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f5/8f5n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f5/8f5n | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | 8f70C 6n0aS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31038.467 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌) 株: M18 / 遺伝子: tee 18.1 / プラスミド: pProExHta / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A096ZH83 |
---|---|
#2: 抗体 | 分子量: 23560.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pComb3X / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Top10F |
#3: 抗体 | 分子量: 23590.396 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pComb3X / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
#4: 化合物 | ChemComp-CA / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.95 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 10% (w/v) PEG 8000, 20% (v/v) ethylene glycol, 0.3 Mdiethyleneglycol, 0.3 Mtriethyleneglycol, 0.3 M tetraethyleneglycol, 0.3 Mpentaethyleneglycol and 0.1 M MOPS/HEPES-Na pH 7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95372 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年8月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.95372 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→41.87 Å / Num. obs: 65913 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.8 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.084 / Net I/σ(I): 11.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.94 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 1.425 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 4228 / CC1/2: 0.769 / Rpim(I) all: 0.583 / % possible all: 99.8 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6N0A 解像度: 1.9→41.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 4.804 / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.145 / ESU R Free: 0.141 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 47.565 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.9→41.9 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|