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- PDB-8f5i: SARS-CoV-2 S2 helix epitope scaffold bound by antibody DH1057.1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8f5i
タイトルSARS-CoV-2 S2 helix epitope scaffold bound by antibody DH1057.1
要素
  • DH1057.1 HC
  • DH1057.1 LC
  • Specialized acyl carrier protein
キーワードIMMUNE SYSTEM / epitope scaffold / S2 helix / DH1057.1 / Fab / spike
機能・相同性
機能・相同性情報


lipid A biosynthetic process / acyl binding / acyl carrier activity / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Acyl carrier protein (ACP) / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Acyl carrier protein AcpXL
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Kapingidza, A.B. / Wrapp, D. / Winters, K. / Azoitei, M.L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)1P01AI158571-01A1 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Engineered immunogens to elicit antibodies against conserved coronavirus epitopes.
著者: Kapingidza, A.B. / Marston, D.J. / Harris, C. / Wrapp, D. / Winters, K. / Mielke, D. / Xiaozhi, L. / Yin, Q. / Foulger, A. / Parks, R. / Barr, M. / Newman, A. / Schafer, A. / Eaton, A. / ...著者: Kapingidza, A.B. / Marston, D.J. / Harris, C. / Wrapp, D. / Winters, K. / Mielke, D. / Xiaozhi, L. / Yin, Q. / Foulger, A. / Parks, R. / Barr, M. / Newman, A. / Schafer, A. / Eaton, A. / Flores, J.M. / Harner, A. / Catanzaro Jr., N.J. / Mallory, M.L. / Mattocks, M.D. / Beverly, C. / Rhodes, B. / Mansouri, K. / Van Itallie, E. / Vure, P. / Dunn, B. / Keyes, T. / Stanfield-Oakley, S. / Woods, C.W. / Petzold, E.A. / Walter, E.B. / Wiehe, K. / Edwards, R.J. / Montefiori, D.C. / Ferrari, G. / Baric, R. / Cain, D.W. / Saunders, K.O. / Haynes, B.F. / Azoitei, M.L.
履歴
登録2022年11月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年10月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Specialized acyl carrier protein
B: Specialized acyl carrier protein
H: DH1057.1 HC
L: DH1057.1 LC
X: DH1057.1 HC
Y: DH1057.1 LC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,8098
ポリマ－118,1506
非ポリマー1,6602
水24,3741353
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)56.680, 76.360, 79.020
Angle α, β, γ (deg.)71.60, 69.99, 88.30
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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抗体 , 2種, 4分子 HXLY

#2: 抗体 DH1057.1 HC


分子量: 24102.922 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 DH1057.1 LC


分子量: 23638.312 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 1355分子 AB

#1: タンパク質 Specialized acyl carrier protein


分子量: 11333.716 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌)
株: ATCC BAA-98 / CGA009 / 遺伝子: RPA2022 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6N882
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1353 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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糖 , 2種, 2分子

#4: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.16 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 25% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2022年11月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→45.68 Å / Num. obs: 88193 / % possible obs: 93.87 % / 冗長度: 4.7 % / CC1/2: 0.474 / Net I/σ(I): 29.11
反射 シェル解像度: 1.9→1.968 Å / 冗長度: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 3.21 / Num. unique obs: 8122 / CC1/2: 0.207 / % possible all: 87.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev-3758精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3LMO

3lmo


解像度: 1.9→45.68 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 26.57 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2445 4316 4.96 %
Rwork0.2112 --
obs0.2129 87026 93.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→45.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8003 0 111 1353 9467
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0088296
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.86211286
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d25.6842999
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0621307
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051436
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.920.4631300.43392430X-RAY DIFFRACTION84
1.92-1.940.38661440.35622612X-RAY DIFFRACTION89
1.94-1.970.35211270.34572650X-RAY DIFFRACTION90
1.97-1.990.33061480.29472639X-RAY DIFFRACTION91
1.99-2.020.3031300.26362708X-RAY DIFFRACTION91
2.02-2.050.28411280.25152666X-RAY DIFFRACTION91
2.05-2.080.28561430.2482700X-RAY DIFFRACTION92
2.08-2.110.27181340.24372754X-RAY DIFFRACTION92
2.11-2.140.28191320.23042686X-RAY DIFFRACTION93
2.14-2.170.2491510.23162836X-RAY DIFFRACTION95
2.17-2.210.33531370.27742725X-RAY DIFFRACTION94
2.21-2.250.45561360.35192788X-RAY DIFFRACTION94
2.25-2.30.38891140.30552723X-RAY DIFFRACTION92
2.3-2.340.30071750.24862785X-RAY DIFFRACTION95
2.34-2.390.28591520.2272802X-RAY DIFFRACTION95
2.39-2.450.28411500.22632784X-RAY DIFFRACTION95
2.45-2.510.2421410.22172780X-RAY DIFFRACTION95
2.51-2.580.2541630.21642799X-RAY DIFFRACTION95
2.58-2.650.26391470.21322799X-RAY DIFFRACTION95
2.65-2.740.25691640.2072803X-RAY DIFFRACTION95
2.74-2.840.25161350.20512845X-RAY DIFFRACTION96
2.84-2.950.21391660.20622757X-RAY DIFFRACTION96
2.95-3.090.25831320.19692832X-RAY DIFFRACTION96
3.09-3.250.20441430.18442819X-RAY DIFFRACTION96
3.25-3.450.19281480.17782851X-RAY DIFFRACTION96
3.45-3.720.21011340.18192808X-RAY DIFFRACTION96
3.72-4.090.18071310.16952863X-RAY DIFFRACTION96
4.09-4.680.16961730.14082820X-RAY DIFFRACTION97
4.68-5.90.18371560.15662820X-RAY DIFFRACTION97
5.9-45.680.19011520.16652826X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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