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- PDB-8f5g: NusG-RNA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8f5g
タイトルNusG-RNA complex
要素
  • RNA
  • Transcription termination/antitermination protein NusG
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / KOW domain / Transcription / RNA-binding protein / Regulatory RNA / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex
機能・相同性DI(HYDROXYETHYL)ETHER / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Thermoanaerobacter pseudethanolicus (バクテリア)
Bacillus velezensis FZB42 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Elghondakly, A.T. / Ferre-D'Amare, A.R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI) 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2024
タイトル: Major-groove sequence-specific RNA recognition by LoaP, a paralog of transcription elongation factor NusG.
著者: Elghondakly, A. / Jermain, M.D. / Winkler, W.C. / Ferre-D'Amare, A.R.
履歴
登録2022年11月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年11月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年7月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年7月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: RNA
A: Transcription termination/antitermination protein NusG
E: RNA
B: Transcription termination/antitermination protein NusG
F: RNA
C: Transcription termination/antitermination protein NusG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,8057
ポリマ－88,6996
非ポリマー1061
水1,09961
1
D: RNA
A: Transcription termination/antitermination protein NusG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,6733
ポリマ－29,5662
非ポリマー1061
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: RNA
B: Transcription termination/antitermination protein NusG


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,5662
ポリマ－29,5662
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
F: RNA
C: Transcription termination/antitermination protein NusG


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,5662
ポリマ－29,5662
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)68.951, 87.451, 148.793
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.240, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 0 through 9 or (resid 10...
d_2ens_1(chain "C" and (resid 0 through 2 or (resid 3...
d_1ens_2chain "D"
d_2ens_2chain "E"
d_3ens_2chain "F"

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1THRALAB2 - 91
d_12ens_1VALLYSB93 - 142
d_13ens_1LYSASNB144 - 169
d_21ens_1THRALAG1 - 90
d_22ens_1VALLYSG92 - 141
d_23ens_1LYSASNG143 - 168
d_11ens_2GCA
d_21ens_2GCD
d_31ens_2GCF

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.00985661338454, -0.75854826328, 0.651542308256), (0.729286163464, -0.451241231523, -0.514318036581), (0.684137806989, 0.47009135628, 0.557646463092)-20.8817628563, -18.5981919487, -12.0760657406
2given(-0.122533414606, -0.695466639303, -0.708033696883), (-0.687288234732, -0.455199855203, 0.566063577897), (-0.715975170452, 0.555984932746, -0.422208846255)13.0452279527, -72.1305354468, 86.4465241589
3given(-0.0235711943408, -0.76074013789, 0.648628430923), (0.706376443498, -0.471796714688, -0.527674312508), (0.707443792021, 0.445737930418, 0.54848972508)-20.4091920688, -18.1031443209, -12.1344246117

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要素

#1: RNA鎖 RNA


分子量: 8287.938 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Bacillus velezensis FZB42 (バクテリア)
#2: タンパク質 Transcription termination/antitermination protein NusG


分子量: 21278.475 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermoanaerobacter pseudethanolicus (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 61 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.03 %
結晶化温度: 294.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.2 / 詳細: 0.25 M sodium acetate, pH 5.2, 12% w/v PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.977 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.977 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→48.28 Å / Num. obs: 23756 / % possible obs: 99.84 % / 冗長度: 12.5 % / Biso Wilson estimate: 56.66 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.04819 / Net I/σ(I): 18.7
反射 シェル解像度: 2.7→2.79 Å / Rmerge(I) obs: 0.2725 / Num. unique obs: 2379 / CC1/2: 0.85

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19_4092精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.7→48.28 Å / SU ML: 0.3816 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.6715
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2558 1505 6.34 %
Rwork0.2093 22251 -
obs0.2122 23756 99.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 58.52 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→48.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3670 1641 7 61 5379
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00195599
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.47627910
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0388985
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0032706
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.58162344
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2BX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS2.47894723876
ens_2d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.298973237165
ens_2d_3AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.56795588488
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7-2.790.34431390.2882028X-RAY DIFFRACTION100
2.79-2.890.39321340.27891999X-RAY DIFFRACTION100
2.89-30.33751360.26561988X-RAY DIFFRACTION100
3-3.140.26821330.24222072X-RAY DIFFRACTION99.95
3.14-3.30.29631390.24032008X-RAY DIFFRACTION100
3.3-3.510.24241370.2211994X-RAY DIFFRACTION99.81
3.51-3.780.28341350.21912000X-RAY DIFFRACTION99.3
3.78-4.160.26441380.19342011X-RAY DIFFRACTION99.58
4.16-4.760.19541350.17312016X-RAY DIFFRACTION100
4.76-60.21561350.19382044X-RAY DIFFRACTION99.95
6-48.280.23981440.18992091X-RAY DIFFRACTION99.87

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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