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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8f5d
タイトルArchitecture of the MurE-MurF ligase bacterial cell wall biosynthesis complex
要素Multifunctional fusion protein
キーワードLIGASE / Bacterial cell wall / Antibiotic resistance / Murs / Complexes
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-N-acetylmuramoyl-tripeptide-D-alanyl-D-alanine ligase / UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamyl-2,6-diaminopimelate-D-alanyl-D-alanine ligase activity / UDP-N-acetylmuramoyl-tripeptide-D-alanyl-D-alanine ligase activity / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate-2,6-diaminopimelate ligase / UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamate-2,6-diaminopimelate ligase activity / tetrahydrofolylpolyglutamate synthase activity / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / cell division ...UDP-N-acetylmuramoyl-tripeptide-D-alanyl-D-alanine ligase / UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamyl-2,6-diaminopimelate-D-alanyl-D-alanine ligase activity / UDP-N-acetylmuramoyl-tripeptide-D-alanyl-D-alanine ligase activity / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate-2,6-diaminopimelate ligase / UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamate-2,6-diaminopimelate ligase activity / tetrahydrofolylpolyglutamate synthase activity / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / cell division / magnesium ion binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
UDP-N-acetylmuramoyl-tripeptide--D-alanyl-D-alanine ligase / Folylpolyglutamate synthase signature 1. / Folylpolyglutamate synthetase, conserved site / UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamate-2,6-diaminopimelate ligase / MurE/MurF, N-terminal / MurE/MurF, N-terminal domain / Mur ligase, N-terminal catalytic domain / Mur ligase family, catalytic domain / Udp-n-acetylmuramoylalanyl-d-glutamate--2,6- Diaminopimelate Ligase; Chain: A, domain 1 / Mur ligase, C-terminal domain ...UDP-N-acetylmuramoyl-tripeptide--D-alanyl-D-alanine ligase / Folylpolyglutamate synthase signature 1. / Folylpolyglutamate synthetase, conserved site / UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamate-2,6-diaminopimelate ligase / MurE/MurF, N-terminal / MurE/MurF, N-terminal domain / Mur ligase, N-terminal catalytic domain / Mur ligase family, catalytic domain / Udp-n-acetylmuramoylalanyl-d-glutamate--2,6- Diaminopimelate Ligase; Chain: A, domain 1 / Mur ligase, C-terminal domain / Mur-like, catalytic domain / Mur ligase, C-terminal / Mur ligase, C-terminal domain superfamily / Mur ligase, glutamate ligase domain / Mur ligase, central / Mur-like, catalytic domain superfamily / Mur ligase middle domain / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase / Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Multifunctional fusion protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bordetella pertussis 18323 (百日咳菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.56 Å
データ登録者Shirakawa, K.T. / Sala, F.A. / Miyachiro, M.M. / Job, V. / Trindade, D.M. / Dessen, A.
資金援助 ブラジル, 4件
組織認可番号国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2011/52067-6 ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2017/12436-9 ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2018/16346-7 ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2020/01286-9 ブラジル
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2023
タイトル: Architecture and genomic arrangement of the MurE-MurF bacterial cell wall biosynthesis complex.
著者: Shirakawa, K.T. / Sala, F.A. / Miyachiro, M.M. / Job, V. / Trindade, D.M. / Dessen, A.
履歴
登録2022年11月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年6月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Multifunctional fusion protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,20710
ポリマ－84,3421
非ポリマー8659
水32418
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)105.636, 111.106, 219.151
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Space group name HallI22
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z
#4: -x,-y,z
#5: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#6: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Multifunctional fusion protein


分子量: 84342.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bordetella pertussis 18323 (百日咳菌)
株: ATCC 9797 / DSM 5571 / NCTC 10739 / 18323 / 遺伝子: murE, murF, BN118_3149 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A0T7CQ89, UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate-2,6-diaminopimelate ligase, UDP-N-acetylmuramoyl-tripeptide-D-alanyl-D-alanine ligase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.7 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1.3 M ammonium sulfate, 20 % glycerol, 5 % PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS SIRIUS / ビームライン: MANACA / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.56→49.55 Å / Num. obs: 19997 / % possible obs: 92.2 % / 冗長度: 13 % / Biso Wilson estimate: 62.3 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.102 / Net I/σ(I): 18.6
反射 シェル解像度: 2.564→2.88 Å / 冗長度: 12.8 % / Rmerge(I) obs: 1.295 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 1000 / CC1/2: 0.827 / Rpim(I) all: 0.374 / % possible all: 77.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
STARANISOデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Model from Alphafold

解像度: 2.56→49.55 Å / SU ML: 0.3543 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 35.4837
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2924 2007 10.04 %
Rwork0.2486 17985 -
obs0.253 19992 47.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 52.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.56→49.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5348 0 45 19 5412
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00375476
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.83977511
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0481908
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0054991
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.88591838
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.56-2.630.806850.491351X-RAY DIFFRACTION1.92
2.63-2.70.4778220.4626191X-RAY DIFFRACTION7.38
2.7-2.780.4191310.3853261X-RAY DIFFRACTION10.04
2.78-2.870.3221370.3665350X-RAY DIFFRACTION13.2
2.87-2.970.4405570.3705476X-RAY DIFFRACTION18.12
2.97-3.090.5613830.4263719X-RAY DIFFRACTION27.26
3.09-3.230.4153980.3388991X-RAY DIFFRACTION36.87
3.23-3.40.36761420.30941239X-RAY DIFFRACTION46.64
3.4-3.610.31221760.29291526X-RAY DIFFRACTION57.23
3.61-3.890.33621990.27581823X-RAY DIFFRACTION68.4
3.89-4.280.29492410.24562213X-RAY DIFFRACTION81.8
4.28-4.90.26522910.21552575X-RAY DIFFRACTION95.69
4.9-6.180.28683010.25292735X-RAY DIFFRACTION99.97
6.18-49.550.24343240.21092835X-RAY DIFFRACTION99.87

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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