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万見
- PDB-8f4q: rat branched chain ketoacid dehydrogenase kinase in complex with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8f4q
タイトルrat branched chain ketoacid dehydrogenase kinase in complex with inhibtors
要素[3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase [lipoamide]] kinase, mitochondrial
キーワードSIGNALING PROTEIN / TRANSFERASE/INHIBITOR / branched chain ketoacid dehydrogenase kinase / inhibitor / TRANSFERASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


[3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase / [3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase activity / Branched-chain amino acid catabolism / L-valine catabolic process / pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring) kinase activity / regulation of pyruvate decarboxylation to acetyl-CoA / L-isoleucine catabolic process / L-leucine catabolic process / oxoglutarate dehydrogenase complex / branched-chain amino acid catabolic process ...[3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase / [3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase activity / Branched-chain amino acid catabolism / L-valine catabolic process / pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring) kinase activity / regulation of pyruvate decarboxylation to acetyl-CoA / L-isoleucine catabolic process / L-leucine catabolic process / oxoglutarate dehydrogenase complex / branched-chain amino acid catabolic process / phosphorylation / lipid biosynthetic process / protein serine/threonine phosphatase activity / regulation of glucose metabolic process / spermatogenesis / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / mitochondrial matrix / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / mitochondrion / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Branched-chain alpha-ketoacid dehydrogenase kinase/Pyruvate dehydrogenase kinase, N-terminal / Alpha-ketoacid/pyruvate dehydrogenase kinase, N-terminal domain superfamily / PDK/BCKDK protein kinase / Mitochondrial branched-chain alpha-ketoacid dehydrogenase kinase / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Chem-XER / Branched-chain alpha-ketoacid dehydrogenase kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus (ネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.151 Å
データ登録者Liu, S.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Discovery of branched-chain ketoacid dehydrogenase kinase (BDK) inhibitors acting as stabilizers or destabilizers
著者: Roth Flach, R. / Filipski, K. / Bollinger, E.
履歴
登録2022年11月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年12月13日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: [3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase [lipoamide]] kinase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,5917
ポリマ－44,2621
非ポリマー1,3296
水1,15364
1
A: [3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase [lipoamide]] kinase, mitochondrial
ヘテロ分子

A: [3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase [lipoamide]] kinase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,18214
ポリマ－88,5232
非ポリマー2,65912
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_765-x+2,-y+1,z1
Buried area4360 Å2
ΔGint-72 kcal/mol
Surface area29480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)111.67, 111.67, 139.34
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 120
Int Tables number181
Space group name H-MP6422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-555-

HOH

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要素

#1: タンパク質 [3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase [lipoamide]] kinase, mitochondrial / Branched-chain alpha-ketoacid dehydrogenase kinase / BCKD-kinase / BCKDHKIN


分子量: 44261.582 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus (ネズミ) / 遺伝子: Bckdk / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q00972, [3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase
#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-XER / 3-chloro-5-fluorothieno[3,2-b]thiophene-2-carboxylic acid


分子量: 236.671 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H2ClFO2S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 64 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.59 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M MES pH 5.4, 0.2 M magnesium chloride, and 10% PEG-3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER R 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→92.7 Å / Num. obs: 22708 / % possible obs: 88 % / 冗長度: 18.6 % / CC1/2: 1 / Rpim(I) all: 0.017 / Net I/σ(I): 22.6
反射 シェル解像度: 2.154→2.305 Å / Num. unique obs: 1136 / CC1/2: 0.602 / Rpim(I) all: 0.611

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.8 (8-JUN-2022)精密化
XDSデータ削減
STARANISOデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 開始モデル: 4 / 解像度: 2.151→23.66 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU R Cruickshank DPI: 0.257 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.262 / SU Rfree Blow DPI: 0.216 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.215
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2705 1176 -RANDOM
Rwork0.2336 ---
obs0.2355 22679 79.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 80.02 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.0981 Å20 Å20 Å2
2--1.0981 Å20 Å2
3----2.1961 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.34 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.151→23.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2560 0 76 64 2700
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0082697HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.853664HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d939SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes498HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2694HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion345SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1967SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.77
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.24
LS精密化 シェル解像度: 2.151→2.27 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3065 27 -
Rwork0.3003 --
obs--11.1 %
精密化 TLSOrigin x: 101.7881 Å / Origin y: 36.0858 Å / Origin z: 22.7462 Å
111213212223313233
T-0.1425 Å20.06 Å20.0242 Å2-0.0724 Å2-0.0139 Å2---0.1249 Å2
L0.487 °2-0.0584 °20.7804 °2-0.7069 °2-1.0268 °2--3.3608 °2
S0.1644 Å °-0.0935 Å °0.3445 Å °-0.0935 Å °-0.2529 Å °0.7148 Å °0.3445 Å °0.7148 Å °0.0885 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A25 - 374
2X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A401 - 701

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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