PDB-8f4o: Apo structure of the TPP riboswitch aptamer domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8f4o

タイトル

Apo structure of the TPP riboswitch aptamer domain

要素

TPP riboswitch aptamer domain

キーワード

RNA / Riboswitch / Aptamer / Thiamine pyrophosphate / TPP

機能・相同性

IRIDIUM HEXAMMINE ION / TRIETHYLENE GLYCOL / : / RNA / RNA (> 10)

機能・相同性情報

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 3.1 Å

データ登録者

Lee, H.-K. / Wang, Y.-X. / Stagno, J.R.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2023
タイトル: Crystal structure of Escherichia coli thiamine pyrophosphate-sensing riboswitch in the apo state.
著者: Lee, H.K. / Lee, Y.T. / Fan, L. / Wilt, H.M. / Conrad, C.E. / Yu, P. / Zhang, J. / Shi, G. / Ji, X. / Wang, Y.X. / Stagno, J.R.

履歴

登録	2022年11月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年5月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年6月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年7月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2023年10月25日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb8f4o.ent.gz	187.4 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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関連構造データ

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類似性 (1)

登録構造単位

A: TPP riboswitch aptamer domain

B: TPP riboswitch aptamer domain

ヘテロ分子

62.3 kDa, 2 ポリマー
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1

A: TPP riboswitch aptamer domain

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
32 kDa, 1 ポリマー
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2

B: TPP riboswitch aptamer domain

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
30.4 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	139.264, 139.264, 97.905
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22
Space group name Hall	P6₅2(x,y,z+1/12)

#1: RNA鎖	TPP riboswitch aptamer domain 分子量: 26798.936 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 1845826323
#2: 化合物	... ChemComp-IRI / IRIDIUM HEXAMMINE ION 分子量: 294.400 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 合成 / 式: H₁₈IrN₆
#3: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#4: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.86 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 0.1 M Tris-Bicine, pH 8.3, 12.5% MPD, 12.5% PEG 3350, 12.5% PEG 1000, 0.12 M ethylene glycol mixture

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.103025 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.103025 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.1→48.95 Å / Num. obs: 19251 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 14.9 % / B_iso Wilson estimate: 142.18 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.115 / R_pim(I) all: 0.041 / R_rim(I) all: 0.122 / Χ²: 1 / Net I/σ(I): 17.6
反射シェル	解像度: 3.1→3.31 Å / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 8.2 % / R_merge(I) obs: 2.868 / Num. measured all: 15240 / Num. unique obs: 1863 / CC_1/2: 0.502 / R_pim(I) all: 1.073 / R_rim(I) all: 3.07 / Χ²: 0.98 / Net I/σ(I) obs: 0.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487+SVN	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散
開始モデル: 4NYG

4nyg

解像度: 3.1→45.58 Å / SU ML: 0.4915 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 40.3155
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3166	960	5.15 %
R_work	0.2818	17692	-
obs	0.2836	18652	96.79 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 143.14 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.1→45.58 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	2922	229	0	3151

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0035	3550
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.0495	5702
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0905	692
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0041	137
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	21.1469	1670

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.1-3.26	0.3526	102	0.3648	2071	X-RAY DIFFRACTION	79.25
3.26-3.47	0.3776	148	0.3462	2587	X-RAY DIFFRACTION	99.09
3.47-3.74	0.3612	134	0.2959	2600	X-RAY DIFFRACTION	99.78
3.74-4.11	0.2832	140	0.2865	2605	X-RAY DIFFRACTION	99.85
4.11-4.71	0.318	153	0.2846	2607	X-RAY DIFFRACTION	99.89
4.71-5.92	0.2744	114	0.264	2625	X-RAY DIFFRACTION	99.89
5.93-45.58	0.3268	169	0.2762	2597	X-RAY DIFFRACTION	99.78

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.253229671195	-0.364262675143	-0.15040087528	1.97066713158	-1.46000233833	2.14808922312	-0.456101788434	0.0148800410517	-0.556958197551	-0.117189749879	-0.199579230469	-1.13534283746	0.458780339236	0.315276696229	-1.81879762951	1.3141373342	-0.10083817423	0.319097124274	0.484376114436	-0.301620670338	1.14576094109	-46.1559009858	15.2053526416	-8.01601099488
2	0.369596211436	-0.417877529332	0.0888191117549	0.681051423575	0.439380810789	1.49631181729	0.211726545406	-0.0463644228293	0.223634504584	-0.125930091664	0.172213920535	-0.0135189697206	-0.479313721189	-0.0436656415863	0.286519480737	0.979623743887	-0.342389279788	-0.412813777558	1.37250132649	0.831156742997	1.92469779193	-26.15493388	33.8562480619	5.59279167079
3	0.043472622761	0.304650430087	0.374123198942	1.99406172599	2.35203000385	2.75391452534	-0.542218019878	-0.0317529775799	-0.076038078088	0.355876559747	-0.559944713931	0.126282749141	-0.269953719904	0.153623085787	-0.664724712334	0.871377157147	0.114119637025	0.00294651825656	0.594393913808	0.295158076965	1.02767336822	-35.5527222442	28.5710499158	3.32619284471
4	1.45889957363	0.613153556506	-0.150294304312	2.37611226646	-0.211384045785	0.0373799307894	-0.846357612817	0.546373113714	-1.05417780553	-0.0616567983128	0.477278886023	-0.649610513256	-0.171010454804	-0.147819647405	-1.08232184398	1.07940784267	-0.136835051166	0.279037878966	-0.0233252193302	-0.99860671517	0.967890439436	-44.8950602716	18.4290206131	-3.29406244431
5	0.348689802905	-0.471700724498	0.161323406915	0.592287685775	-0.208986635291	0.0584736026549	0.325156140645	0.878103135062	-0.440410257463	-0.512916204385	-0.226231064508	0.0219759818175	0.0487527997613	-0.263508936224	2.58598337765	0.827937105763	0.649561947745	0.254652794423	1.37666379515	-0.192947710528	0.64644640899	-47.9449141134	30.8521119928	-19.9258947621
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16	1.7533241974	-2.05273098702	-1.41093490065	2.39284924167	1.65427893926	1.14636237553	-0.429599071936	0.0243724233752	-0.376651375774	0.716712193767	0.293053917152	0.408305876874	0.765942161402	0.535568243225	-0.662734574845	1.33721360843	-0.0917250076528	-0.493217869577	0.987164527007	0.108727809894	0.851733169318	-20.7143503187	56.5420870943	-14.0028768597

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 12:21)	A	A	12 - 21
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 22:27)	A	A	22 - 27
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 32:41)	A	A	32 - 41
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 42:51)	A	A	42 - 51
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 52:63)	A	A	52 - 63
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 64:79)	A	A	64 - 79
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 80:84)	A	A	80 - 84
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 85:90)	A	A	85 - 90
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain B and resid 9:13)	B	B	9 - 13
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain B and resid 14:20)	B	B	14 - 20
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain B and resid 21:39)	B	B	21 - 39
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain B and resid 40:52)	B	B	40 - 52
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain B and resid 53:64)	B	B	53 - 64
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain B and resid 65:76)	B	B	65 - 76
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain B and resid 77:83)	B	B	77 - 83
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain B and resid 84:89)	B	B	84 - 89

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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