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万見
- PDB-8f42: Engineering Crystals with Tunable Symmetries from 14- or 16-Base-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8f42
タイトルEngineering Crystals with Tunable Symmetries from 14- or 16-Base-Long DNA Strands
要素DNA (5'-D(*CP*GP*CP*TP*TP*AP*AP*GP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*GP*C)-3')
キーワードDNA / Four-Fold Rotational Axis / Left-Handed / Parallel
機能・相同性Chem-HT1 / DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Zhang, C. / Zhao, J. / Lu, B. / Sha, R. / Seeman, N.C. / Noinaj, N. / Mao, C.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)CMMI-2025187 米国
National Science Foundation (NSF, United States)CCF-2107393 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R01GM127884 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R01GM127896 米国
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2023
タイトル: Engineering DNA Crystals toward Studying DNA-Guest Molecule Interactions.
著者: Zhang, C. / Zhao, J. / Lu, B. / Seeman, N.C. / Sha, R. / Noinaj, N. / Mao, C.
履歴
登録2022年11月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年3月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*TP*TP*AP*AP*GP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*GP*C)-3')
B: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*TP*TP*AP*AP*GP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*GP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,2493
ポリマ－9,7962
非ポリマー4531
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2280 Å2
ΔGint-0 kcal/mol
Surface area5850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.363, 35.363, 103.291
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number78
Space group name H-MP43
Space group name HallP4cw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z+3/4
#3: y,-x,z+1/4
#4: -x,-y,z+1/2

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*GP*CP*TP*TP*AP*AP*GP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*GP*C)-3')


分子量: 4898.191 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物 ChemComp-HT1 / 2'-(4-ETHOXYPHENYL)-5-(4-METHYL-1-PIPERAZINYL)-2,5'-BI-BENZIMIDAZOLE / HOECHST 33342 / Hoechst-33342


分子量: 452.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H28N6O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.27 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 30 uM motif 60 uM Hoechst 33342, 0.005 M magnesium sulfate hydrate, 0.005 M HEPES sodium pH 7.0, 0.16 M lithium sulfate monohydrate, 6 % MPD at pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.03 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→35.363 Å / Num. obs: 4231 / % possible obs: 80 % / 冗長度: 6.5 % / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 12.7
反射 シェル解像度: 2.55→2.93 Å / Num. unique obs: 396 / CC1/2: 0.743

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
autoPROCデータ削減
STARANISOデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: ideal B type DNA duplexes generated in Cadnano

解像度: 2.55→35.36 Å / SU ML: 0.3376 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.92 / 位相誤差: 29.1347
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2788 187 4.42 %
Rwork0.2252 4044 -
obs0.2277 4231 51.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 54.37 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→35.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 650 34 0 684
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0122767
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.65111176
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0631126
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00635
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d39.3225329
LS精密化 シェル解像度: 2.55→35.36 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2788 187 -
Rwork0.2252 4044 -
obs--51.88 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 8.55046629729 Å / Origin y: -8.64607123775 Å / Origin z: -12.8374923827 Å
111213212223313233
T-0.0184841327584 Å2-0.612341801837 Å20.0513430877473 Å2-0.104247895887 Å20.100881345416 Å2--0.211725862812 Å2
L0.603071790781 °20.318140802066 °2-0.123676254949 °2-0.463176461617 °2-0.162357005601 °2--1.57336002522 °2
S0.9138147985 Å °0.278440490611 Å °-0.0199350491393 Å °0.216539895066 Å °0.85812018932 Å °-0.00761071317929 Å °-0.0391625181942 Å °-0.10358040677 Å °0.919072890122 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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