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万見
- PDB-8f36: Ubx Homeodomain NMR solution structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8f36
タイトルUbx Homeodomain NMR solution structure
要素Homeotic protein ultrabithorax
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Homeodomain Ubx / Transcription factor
機能・相同性
機能・相同性情報


dorsal vessel aortic cell fate commitment / positive regulation of muscle organ development / anterior Malpighian tubule development / specification of animal organ identity / regulation of imaginal disc growth / haltere development / mesodermal cell fate specification / specification of segmental identity, thorax / imaginal disc-derived leg morphogenesis / somatic muscle development ...dorsal vessel aortic cell fate commitment / positive regulation of muscle organ development / anterior Malpighian tubule development / specification of animal organ identity / regulation of imaginal disc growth / haltere development / mesodermal cell fate specification / specification of segmental identity, thorax / imaginal disc-derived leg morphogenesis / somatic muscle development / open tracheal system development / muscle cell fate specification / polytene chromosome band / endoderm formation / midgut development / regulation of cell fate specification / cell fate determination / anterior/posterior pattern specification / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / transcription repressor complex / transcription coregulator binding / protein-DNA complex / heart development / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein domain specific binding / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Homeobox protein, antennapedia type, conserved site / 'Homeobox' antennapedia-type protein signature. / : / Homeobox domain, metazoa / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. / Homeodomain / 'Homeobox' domain profile. / Homeodomain / Homeobox domain / Homeobox-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Homeotic protein ultrabithorax
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Beasley, S.A. / Loss, J.W. / Mekkaoui, F. / Advocate, M.R. / Spratt, D.E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)2R15GM126432 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Ubx Homeodomain NMR solution structure
著者: Beasley, S.A. / Loss, J.W. / Mekkaoui, F. / Advocate, M.R. / Spratt, D.E.
履歴
登録2022年11月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年4月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Homeotic protein ultrabithorax


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,9111
ポリマ－7,9111
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, elutes as a monomer at expected MW
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Homeotic protein ultrabithorax


分子量: 7911.260 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: Ubx, CG10388 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P83949

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic
131isotropic12D 1H-13C HSQC aromatic
141isotropic13D HNCA
151isotropic13D HNCO
161isotropic13D HN(CO)CA
171isotropic13D (H)CCH-TOCSY aromatic
181isotropic13D (H)CCH-TOCSY aliphatic
191isotropic13D HN(CA)CO
1101isotropic13D C(CO)NH
1111isotropic13D CBCA(CO)NH
1121isotropic13D HN(CA)CB
1131isotropic13D 1H-15N NOESY
1141isotropic13D 1H-13C NOESY aromatic
1151isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
1161isotropic13D H(CCO)NH

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 0.76 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] UbxHD, 20 mM MES, 100 mM NaCl, 2 mM TCEP, 5 mM MgCl2, 90% H2O/10% D2O
Label: UbxHD / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.76 mMUbxHD[U-100% 13C; U-100% 15N]1
20 mMMESnatural abundance1
100 mMNaClnatural abundance1
2 mMTCEPnatural abundance1
5 mMMgCl2natural abundance1
試料状態イオン強度: 128 mM / Label: standard / pH: 6.0 Not defined / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA AVANCE / 製造業者: Varian / モデル: INOVA AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANAGuntert精密化
NMRViewJ9.1.0-b63One Moon Scientificchemical shift assignment
NMRViewJ9.1.0-b63One Moon Scientificpeak picking
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
CYANAGuntertstructure calculation
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 2
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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