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万見
- PDB-8f2p: Nef SF2 dimerization mutant bound to Hck SH3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8f2p
タイトルNef SF2 dimerization mutant bound to Hck SH3
要素
  • C-terminal core protein
  • Tyrosine-protein kinase HCK
キーワードVIRAL PROTEIN / protein complex / Nef / Hck / SH3
機能・相同性
機能・相同性情報


leukocyte degranulation / innate immune response-activating signaling pathway / respiratory burst after phagocytosis / leukocyte migration involved in immune response / symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class II / regulation of podosome assembly / symbiont-mediated suppression of host autophagy / FLT3 signaling through SRC family kinases / regulation of phagocytosis ...leukocyte degranulation / innate immune response-activating signaling pathway / respiratory burst after phagocytosis / leukocyte migration involved in immune response / symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class II / regulation of podosome assembly / symbiont-mediated suppression of host autophagy / FLT3 signaling through SRC family kinases / regulation of phagocytosis / Nef and signal transduction / regulation of DNA-binding transcription factor activity / activation of transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / positive regulation of actin filament polymerization / Fc-gamma receptor signaling pathway involved in phagocytosis / mesoderm development / host cell Golgi membrane / FCGR activation / type II interferon-mediated signaling pathway / Signaling by CSF3 (G-CSF) / transport vesicle / phosphotyrosine residue binding / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / integrin-mediated signaling pathway / cell projection / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / regulation of actin cytoskeleton organization / FCGR3A-mediated phagocytosis / Regulation of signaling by CBL / non-specific protein-tyrosine kinase / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / cytokine-mediated signaling pathway / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / peptidyl-tyrosine phosphorylation / caveola / SH3 domain binding / virion component / cytoplasmic side of plasma membrane / Signaling by CSF1 (M-CSF) in myeloid cells / regulation of cell shape / protein autophosphorylation / regulation of inflammatory response / protein tyrosine kinase activity / cell differentiation / cytoskeleton / lysosome / cell adhesion / intracellular signal transduction / protein phosphorylation / inflammatory response / endocytosis involved in viral entry into host cell / signaling receptor binding / focal adhesion / intracellular membrane-bounded organelle / positive regulation of cell population proliferation / lipid binding / negative regulation of apoptotic process / GTP binding / host cell plasma membrane / Golgi apparatus / extracellular region / ATP binding / nucleus / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Nef Regulatory Factor / Nef Regulatory Factor / Tyrosine-protein kinase HCK, SH2 domain / HIV-1 Nef protein, anchor domain superfamily / HIV negative factor Nef / HIV-1 Nef protein, core domain superfamily / Negative factor, (F-Protein) or Nef / : / SH3 domain / SH2 domain ...Nef Regulatory Factor / Nef Regulatory Factor / Tyrosine-protein kinase HCK, SH2 domain / HIV-1 Nef protein, anchor domain superfamily / HIV negative factor Nef / HIV-1 Nef protein, core domain superfamily / Negative factor, (F-Protein) or Nef / : / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / SH2 domain superfamily / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein Nef / Tyrosine-protein kinase HCK
類似検索 - 構成要素
生物種HIV-1 M:B_ARV2/SF2 (ヒト免疫不全ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.63 Å
データ登録者Thomas, C.E. / Alvarado, J.J. / Smithgall, T.E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI057083 米国
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2023
タイトル: Neutron Reflectometry and Molecular Simulations Demonstrate HIV-1 Nef Homodimer Formation on Model Lipid Bilayers.
著者: Heinrich, F. / Thomas, C.E. / Alvarado, J.J. / Eells, R. / Thomas, A. / Doucet, M. / Whitlatch, K.N. / Aryal, M. / Losche, M. / Smithgall, T.E.
履歴
登録2022年11月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: C-terminal core protein
B: Tyrosine-protein kinase HCK


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,1502
ポリマ－26,1502
非ポリマー00
水724
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Also determined by SEC-MALS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1450 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area9430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.051, 84.051, 83.260
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 C-terminal core protein / Nef


分子量: 17594.859 Da / 分子数: 1 / 断片: Nef SF2 core domain (UNP residues 62-209) / 変異: L116D / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) HIV-1 M:B_ARV2/SF2 (ヒト免疫不全ウイルス)
株: isolate ARV2/SF2 / 遺伝子: nef / プラスミド: pET21A+ / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2(DE3)PLYSS / 参照: UniProt: P03407
#2: タンパク質 Tyrosine-protein kinase HCK / Hematopoietic cell kinase / Hemopoietic cell kinase / p59-HCK/p60-HCK / p59Hck / p61Hck


分子量: 8555.456 Da / 分子数: 1 / 断片: Hck SH3 domain (UNP residues 77-140) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HCK / プラスミド: pET21a+ / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 STAR(DE3)
参照: UniProt: P08631, non-specific protein-tyrosine kinase
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.25 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.1 M sodium chloride, 0.1 M sodium acetate, pH 4.6, 12% v/v MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.63→50 Å / Num. obs: 9299 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 16.7 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.111 / Rrim(I) all: 0.115 / Net I/σ(I): 16.47
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) allDiffraction-ID
2.63-2.791.79614580.8611.8521
2.79-2.980.99413830.9531.0261
2.98-3.220.49512850.9880.511
3.22-3.530.25911900.9950.2671
3.53-3.940.12910890.9980.1331
3.94-4.550.0889740.9990.0911
4.55-5.550.0798390.9980.0821
5.55-7.80.0726660.9980.0741
7.8-500.0544150.9990.0561

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1-4122精密化
XDSJan 10, 2022データスケーリング
XDSJan 10, 2022データ削減
PHASER1.19.1-4122位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4U5W

4u5w


解像度: 2.63→48.37 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 32.93 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2518 820 4.86 %Random Selection
Rwork0.2123 ---
obs0.2142 9299 99.84 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.63→48.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1349 0 0 4 1353
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0031399
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5171909
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.535493
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042195
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005243
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.63-2.80.36131430.3322654X-RAY DIFFRACTION100
2.8-3.010.31711350.26262676X-RAY DIFFRACTION100
3.01-3.320.33581390.28672667X-RAY DIFFRACTION100
3.32-3.80.26441400.2262671X-RAY DIFFRACTION100
3.8-4.780.2161200.18222698X-RAY DIFFRACTION100
4.78-48.370.22791430.19152677X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.6191-0.41361.3355.3092.86892.68560.1357-0.11880.4612-0.3004-0.39180.2606-1.1768-0.17640.21140.75610.0958-0.05380.71440.00090.6574-6.154-34.507712.2096
26.62652.75943.84418.15155.03195.1458-0.0108-0.6370.03540.53830.08420.0146-0.15910.0524-0.10470.8276-0.00080.03760.69140.01670.6451-4.8019-28.565920.8145
37.061.44460.18037.9358-3.5098.1539-0.0124-0.00360.50870.0660.2128-0.4986-0.69480.2262-0.210.583-0.0428-0.00360.7382-0.02350.75168.0272-35.288122.5421
46.6054.3883.34533.83684.49047.3040.7033-0.5567-0.60551.3791-0.49160.26471.1302-0.9722-0.38810.9121-0.2007-0.10421.1763-0.00050.98585.2467-48.786329.6625
54.092-1.10555.17246.9058-4.0319.9052-0.1637-0.48230.0268-0.00620.2076-0.2786-1.0641-0.06410.07010.7690.13320.02220.6959-0.0630.5822-17.4047-32.46773.4735
63.10012.55423.25522.41031.92895.30090.4709-0.0314-0.5766-0.4536-0.58450.2425-0.0481-0.00210.04040.87650.1689-0.02090.7934-0.01230.6945-17.7213-33.87210.0834
78.26992.25673.37966.6104-5.77698.98640.1708-0.3369-0.7045-0.3939-0.1686-0.46940.33980.83930.050.66390.20650.00770.7428-0.07160.6423-18.9687-37.33851.6442
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 74 through 98 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 99 through 127 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 128 through 202 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 203 through 209 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 83 through 97 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 98 through 112 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 113 through 139 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る