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万見
- PDB-8f24: Mirror-image RNA octamer containing 2'-OMe-L-uridine -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8f24
タイトルMirror-image RNA octamer containing 2'-OMe-L-uridine
要素Mirror-image RNA 0G-XEC-0G-0U-0A-0C-0A-0C
キーワードRNA / Mirror-image RNA
機能・相同性RNA
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Dantsu, Y. / Zhang, W.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2023
タイトル: Derivatization of Mirror-Image l-Nucleic Acids with 2'-OMe Modification for Thermal and Structural Stabilization.
著者: Dantsu, Y. / Zhang, W.
履歴
登録2022年11月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年4月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 2.02024年4月17日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Polymer sequence / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_poly ...entity / entity_poly / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_rmsd_angle
Item: _entity.formula_weight / _entity_poly.type

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Mirror-image RNA 0G-XEC-0G-0U-0A-0C-0A-0C
A: Mirror-image RNA 0G-XEC-0G-0U-0A-0C-0A-0C
E: Mirror-image RNA 0G-XEC-0G-0U-0A-0C-0A-0C
D: Mirror-image RNA 0G-XEC-0G-0U-0A-0C-0A-0C
B: Mirror-image RNA 0G-XEC-0G-0U-0A-0C-0A-0C
F: Mirror-image RNA 0G-XEC-0G-0U-0A-0C-0A-0C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,72411
ポリマ－15,2446
非ポリマー4805
水34219
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)47.070, 47.070, 365.810
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-101-

SO4

21B-101-

SO4

31C-103-

HOH

41A-204-

HOH

51A-205-

HOH

61A-206-

HOH

71D-101-

HOH

81F-202-

HOH

91F-206-

HOH

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要素

#1: RNA鎖
Mirror-image RNA 0G-XEC-0G-0U-0A-0C-0A-0C


分子量: 2540.588 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.73 % / 解説: diamond shape
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 2.0 M Ammonium sulfate, 0.1 M HEPES sodium pH 7.5, 2% v/v Polyethylene glycol 400

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データ収集

回折平均測定温度: 99 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.9787 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2022年10月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9787 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.27→30 Å / Num. obs: 2795 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 8.2 % / CC1/2: 0.983 / CC star: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rpim(I) all: 0.021 / Rrim(I) all: 0.077 / Rsym value: 0.068 / Χ2: 1.185 / Net I/σ(I): 30.1
反射 シェル解像度: 2.27→2.31 Å / 冗長度: 8.4 % / Rmerge(I) obs: 0.874 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Num. unique obs: 709 / CC1/2: 0.935 / CC star: 0.983 / Rpim(I) all: 0.224 / Rrim(I) all: 0.903 / Rsym value: 0.675 / Χ2: 1.088 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7KW4

7kw4


解像度: 3.2→19.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.923 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.835 / SU B: 20.47 / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.598 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29824 277 9.9 %RANDOM
Rwork0.21338 ---
obs0.2215 2534 97.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.063 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å2-0.01 Å2-0 Å2
2---0.01 Å2-0 Å2
3---0.04 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.2→19.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数672 0 217 19 908
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.026979
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0440.03488
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.5012.8741510
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.2663.561135
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1140.2190
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021459
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.023143
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.592.033977
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.5872.014958
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other0.973.021480
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined2.71120.2531294
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other2.66220.2431294
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.281 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.435 18 -
Rwork0.259 158 -
obs--94.62 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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