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- PDB-8f1w: EGFR(T790M/V948R) kinase in complex with poziotinib -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8f1w
タイトルEGFR(T790M/V948R) kinase in complex with poziotinib
要素Epidermal growth factor receptor
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / EGFR / kinase / inhibitor / TRANSFERASE / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of protein kinase C activity / multivesicular body, internal vesicle lumen / positive regulation of prolactin secretion / negative regulation of cardiocyte differentiation / response to hydroxyisoflavone / diterpenoid metabolic process / Shc-EGFR complex / Inhibition of Signaling by Overexpressed EGFR / ovulation cycle / EGFR interacts with phospholipase C-gamma ...positive regulation of protein kinase C activity / multivesicular body, internal vesicle lumen / positive regulation of prolactin secretion / negative regulation of cardiocyte differentiation / response to hydroxyisoflavone / diterpenoid metabolic process / Shc-EGFR complex / Inhibition of Signaling by Overexpressed EGFR / ovulation cycle / EGFR interacts with phospholipase C-gamma / positive regulation of mucus secretion / epidermal growth factor binding / response to UV-A / tongue development / PLCG1 events in ERBB2 signaling / midgut development / ERBB2-EGFR signaling pathway / digestive tract morphogenesis / hydrogen peroxide metabolic process / PTK6 promotes HIF1A stabilization / morphogenesis of an epithelial fold / ERBB2 Activates PTK6 Signaling / Signaling by EGFR / intracellular vesicle / response to cobalamin / negative regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / eyelid development in camera-type eye / cerebral cortex cell migration / protein insertion into membrane / ERBB2 Regulates Cell Motility / positive regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / Signaling by ERBB4 / protein tyrosine kinase activator activity / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / PI3K events in ERBB2 signaling / negative regulation of mitotic cell cycle / MAP kinase kinase kinase activity / hair follicle development / Estrogen-dependent nuclear events downstream of ESR-membrane signaling / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / GAB1 signalosome / embryonic placenta development / positive regulation of bone resorption / positive regulation of phosphorylation / salivary gland morphogenesis / peptidyl-tyrosine autophosphorylation / positive regulation of glial cell proliferation / positive regulation of vasoconstriction / Signaling by ERBB2 / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / GRB2 events in EGFR signaling / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / histone H3Y41 kinase activity / histone H2AXY142 kinase activity / SHC1 events in EGFR signaling / EGFR Transactivation by Gastrin / GRB2 events in ERBB2 signaling / cellular response to epidermal growth factor stimulus / SHC1 events in ERBB2 signaling / cellular response to dexamethasone stimulus / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / ossification / positive regulation of DNA repair / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / neuron projection morphogenesis / positive regulation of superoxide anion generation / positive regulation of epithelial cell proliferation / basal plasma membrane / liver regeneration / epithelial cell proliferation / Signal transduction by L1 / neurogenesis / positive regulation of DNA replication / positive regulation of protein localization to plasma membrane / astrocyte activation / NOTCH3 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / cellular response to amino acid stimulus / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / cellular response to estradiol stimulus / lung development / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / EGFR downregulation / synaptic membrane / Signaling by ERBB2 TMD/JMD mutants / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / placental growth factor receptor activity / insulin receptor activity / vascular endothelial growth factor receptor activity / Constitutive Signaling by EGFRvIII / hepatocyte growth factor receptor activity / macrophage colony-stimulating factor receptor activity / platelet-derived growth factor alpha-receptor activity / platelet-derived growth factor beta-receptor activity / stem cell factor receptor activity / boss receptor activity / protein tyrosine kinase collagen receptor activity / brain-derived neurotrophic factor receptor activity / transmembrane-ephrin receptor activity / GPI-linked ephrin receptor activity
類似検索 - 分子機能
: / Epidermal growth factor receptor transmembrane-juxtamembrane segment / Tyrosine protein kinase, EGF/ERB/XmrK receptor / Growth factor receptor domain 4 / Growth factor receptor domain IV / Receptor L-domain / Furin-like cysteine-rich domain / Receptor L-domain superfamily / Furin-like cysteine rich region / Receptor L domain ...: / Epidermal growth factor receptor transmembrane-juxtamembrane segment / Tyrosine protein kinase, EGF/ERB/XmrK receptor / Growth factor receptor domain 4 / Growth factor receptor domain IV / Receptor L-domain / Furin-like cysteine-rich domain / Receptor L-domain superfamily / Furin-like cysteine rich region / Receptor L domain / Furin-like repeat / Furin-like repeats / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / : / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-R2E / Epidermal growth factor receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Beyett, T.S. / Eck, M.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)5R01CA116020-16 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2024
タイトル: Biochemical analysis of EGFR exon20 insertion variants insASV and insSVD and their inhibitor sensitivity.
著者: Zhao, H. / Beyett, T.S. / Jiang, J. / Rana, J.K. / Schaeffner, I.K. / Santana, J. / Janne, P.A. / Eck, M.J.
履歴
登録2022年11月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年11月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月6日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Epidermal growth factor receptor
B: Epidermal growth factor receptor
C: Epidermal growth factor receptor
D: Epidermal growth factor receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)152,8728
ポリマ－150,8984
非ポリマー1,9734
水00
1
A: Epidermal growth factor receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,2182
ポリマ－37,7251
非ポリマー4931
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Epidermal growth factor receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,2182
ポリマ－37,7251
非ポリマー4931
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Epidermal growth factor receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,2182
ポリマ－37,7251
非ポリマー4931
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Epidermal growth factor receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,2182
ポリマ－37,7251
非ポリマー4931
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)70.790, 102.534, 87.328
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.31, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Epidermal growth factor receptor / Proto-oncogene c-ErbB-1 / Receptor tyrosine-protein kinase erbB-1


分子量: 37724.598 Da / 分子数: 4 / 断片: kinase domain / 変異: T790M, V948R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EGFR, ERBB, ERBB1, HER1 / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P00533, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物
ChemComp-R2E / 1-[4-[4-[[3,4-bis(chloranyl)-2-fluoranyl-phenyl]amino]-7-methoxy-quinazolin-6-yl]oxypiperidin-1-yl]propan-1-one / Poziotinib, bound form


分子量: 493.358 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H23Cl2FN4O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.7 / 詳細: 0.1 M Bis-Tris pH 5.7, 25-30% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→102.53 Å / Num. obs: 19840 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 3 % / CC1/2: 0.959 / Rmerge(I) obs: 0.215 / Rpim(I) all: 0.145 / Rrim(I) all: 0.261 / Net I/σ(I): 3.3 / Num. measured all: 60222
反射 シェル解像度: 3.2→3.25 Å / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.573 / Num. measured all: 2968 / Num. unique obs: 969 / CC1/2: 0.855 / Rpim(I) all: 0.386 / Rrim(I) all: 0.693 / Net I/σ(I) obs: 0.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
xia2データスケーリング
PHENIX1.20.1精密化
xia2データ削減
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6DUK

6duk


解像度: 3.2→85.32 Å / SU ML: 0.54 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 29.27 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2741 1025 5.21 %
Rwork0.2309 --
obs0.2332 19690 97.12 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→85.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9526 0 132 0 9658
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0039899
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.56213389
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.6613776
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0441475
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041670
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2-3.370.37481430.30552643X-RAY DIFFRACTION97
3.37-3.580.33781320.28522669X-RAY DIFFRACTION98
3.58-3.850.2891290.24792649X-RAY DIFFRACTION96
3.85-4.240.25181690.22522672X-RAY DIFFRACTION99
4.24-4.860.281510.20322679X-RAY DIFFRACTION98
4.86-6.120.24471610.21832649X-RAY DIFFRACTION97
6.12-85.320.22651400.19512704X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.00041.05690.77482.29621.46812.0209-0.04690.1293-0.5626-0.61130.3839-0.48420.46950.47380.75580.6050.227-0.01140.304-0.63790.491438.26137.5823-17.2215
22.1689-0.26930.18793.26440.42831.30570.1520.0788-0.31130.0645-0.10080.0640.2780.0787-0.05930.3119-0.0438-0.08320.42040.03820.266531.967614.5241-5.1541
33.08160.6057-0.05343.03840.80192.3433-0.22430.0264-0.8127-0.50610.2307-0.29820.27520.3992-0.01450.37030.0436-0.03460.46280.06190.345529.78169.790610.8005
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82.12310.0264-0.48692.4063-0.08112.4712-0.16520.25310.1998-0.3860.09730.1493-0.36920.00670.10930.40260.0014-0.01430.37670.01310.234624.424729.1877-49.4347
90.1178-0.44390.43952.4429-0.13.91260.19520.6901-0.15021.1033-0.0137-0.44080.3316-0.5145-0.04020.6956-0.2452-0.27220.68010.02490.666526.232713.4597-28.4518
108.0789-1.135-4.43242.24970.77923.10670.9591.0330.4867-0.383-0.1364-0.021-0.2680.035-0.56830.69180.0457-0.06770.5744-0.16580.42273.045740.8585-23.0176
112.7478-1.34651.28791.7814-0.88143.1761-0.45860.3193-0.02910.1927-0.26150.060.198-0.3205-1.18510.19160.2930.44480.4069-0.260.501372.67142.8287-19.7545
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143.7418-0.2101-0.47524.2146-1.64312.1620.1157-0.35240.2285-0.4730.1088-0.05770.4694-0.191-0.11190.4898-0.02370.04150.40.00850.368264.42234.4844-49.5397
154.35340.1485-1.97891.38150.67633.9429-0.25020.9391-0.5319-0.4595-0.0253-0.0392-0.0749-0.39170.04130.37520.04080.00530.2825-0.05260.470457.448324.9356-54.3383
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211.8770.70590.23944.44360.10342.1333-0.107-0.1539-0.147-0.35270.3612-0.58230.19960.1843-0.17760.2161-0.01450.10030.3196-0.06050.291959.413222.63210.2618
220.23860.23050.19810.4617-0.13530.66450.2582-0.22420.5472-0.53230.2885-0.6972-0.14210.0658-0.42510.7250.07160.1820.528-0.0710.42170.73778.56497.829
231.4104-0.6169-0.16091.5017-0.53812.2321-0.0930.0481-0.12140.00520.0262-0.12690.0269-0.01690.00880.30120.0090.00380.4082-0.10570.31758.659322.729614.8769
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7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 757 through 853 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 854 through 978 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 979 through 1007 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 700 through 731 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 732 through 756 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 757 through 785 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 786 through 853 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 854 through 928 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 929 through 960 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 961 through 977 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 978 through 1007 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 700 through 747 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 748 through 768 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 769 through 810 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 811 through 853 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 854 through 877 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 878 through 978 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 979 through 1007 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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