PDB-8f0y: Lipocalin-like Milk protein-1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8f0y

タイトル

Lipocalin-like Milk protein-1

要素

Milk protein

キーワード

LIPID BINDING PROTEIN / Lipocalin / Mutation / cockroach milk / Lili Mip.Sequence 1

機能・相同性

Calycin / Milk protein

機能・相同性情報

生物種

Diploptera punctata (ゴキブリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Subramanian, R. / KanagaVijayan, D. / Shantakumar, R.P.S.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2023
タイトル: Variability in phenylalanine side chain conformations facilitates broad substrate tolerance of fatty acid binding in cockroach milk proteins.
著者: Santhakumari, P.R. / Dhanabalan, K. / Virani, S. / Hopf-Jannasch, A.S. / Benoit, J.B. / Chopra, G. / Subramanian, R.

履歴

登録	2022年11月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年8月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8f0y.cif.gz	76.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8f0y.ent.gz	55 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8f0y.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f0/8f0y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f0/8f0y	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8f0vC 4nyqS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#193 - 2016年1月シデロカリン (Siderocalin) 類似性 (1) #78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Milk protein

ヘテロ分子

18.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	32.672, 33.038, 38.640
Angle α, β, γ (deg.)	100.765, 99.681, 103.599
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質

Milk protein

分子量: 17912.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Diploptera punctata (ゴキブリ) / 発現宿主:

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q6SVB6

#2: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#3: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

N

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.74 % / 解説: Rod shaped crystals
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.9 / 詳細: 0.2M Potassium Nitrate, pH 6.9, 20% PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年7月21日

放射

モノクロメーター: Double Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.0332 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.1→37.02 Å / Num. obs: 8498 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 2.6 % / CC_1/2: 0.98 / R_merge(I) obs: 0.112 / R_pim(I) all: 0.112 / R_rim(I) all: 0.158 / Net I/σ(I): 3.5

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 2.6 %

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	% possible all
8.91-37.01	0.068	113	0.992	0.068	0.096	96.7
2.1-2.16	0.62	704	0.483	0.62	0.877	95.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4NYQ

4nyq

解像度: 2.1→37.012 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.943 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.921 / SU B: 9.06 / SU ML: 0.225 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.277 / ESU R Free: 0.216 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2523	433	5.095 %
R_work	0.1962	8065	-
all	0.199	-	-
obs	-	8498	96.689 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.13 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.312 Å²	1.22 Å²	0.946 Å²
2-	-	-0.371 Å²	2.202 Å²
3-	-	-	0.257 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→37.012 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1221	0	42	7	1270

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.012	1306
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.016	1145
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.597	1.691	1782
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.862	1.578	2680
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.106	5	148
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	11.601	5	6
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.61	10	199
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	17.18	10	59
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.124	0.2	195
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.014	0.02	1445
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	266
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.221	0.2	240
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.216	0.2	1119
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.204	0.2	624
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.102	0.2	708
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.193	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.087	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.272	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.252	0.2	43
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.138	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.785	3.428	598
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.786	3.429	598
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.674	5.116	744
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.672	5.123	745
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	7.909	4.522	708
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	7.903	4.524	709
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	11.815	6.412	1038
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	11.81	6.413	1039
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	14.139	51.75	1405
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	14.135	51.793	1406

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.1-2.154	0.299	31	0.289	592	0.29	652	0.934	0.938	95.5521	0.291
2.154-2.213	0.439	25	0.256	568	0.263	624	0.869	0.952	95.0321	0.256
2.213-2.277	0.305	28	0.261	567	0.263	619	0.931	0.949	96.1228	0.255
2.277-2.347	0.246	22	0.245	560	0.245	610	0.961	0.957	95.4098	0.242
2.347-2.424	0.327	19	0.248	545	0.251	576	0.921	0.957	97.9167	0.243
2.424-2.508	0.284	24	0.237	503	0.239	552	0.935	0.959	95.471	0.238
2.508-2.603	0.345	28	0.206	497	0.213	536	0.915	0.971	97.9478	0.207
2.603-2.708	0.269	43	0.2	479	0.205	542	0.961	0.973	96.31	0.21
2.708-2.828	0.313	27	0.203	428	0.21	465	0.929	0.971	97.8495	0.213
2.828-2.965	0.264	21	0.153	465	0.157	499	0.959	0.986	97.3948	0.163
2.965-3.125	0.208	28	0.168	396	0.171	433	0.975	0.983	97.9215	0.18
3.125-3.313	0.239	30	0.167	402	0.172	443	0.96	0.983	97.5169	0.187
3.313-3.539	0.226	31	0.155	367	0.161	405	0.96	0.987	98.2716	0.177
3.539-3.82	0.18	8	0.154	350	0.155	368	0.987	0.987	97.2826	0.175
3.82-4.18	0.205	20	0.158	326	0.161	359	0.974	0.984	96.3788	0.184
4.18-4.666	0.186	13	0.145	288	0.147	313	0.982	0.986	96.1661	0.168
4.666-5.374	0.248	11	0.187	248	0.19	271	0.978	0.982	95.572	0.225
5.374-6.547	0.258	4	0.208	232	0.209	243	0.908	0.978	97.1193	0.249
6.547-9.117	0.291	9	0.243	157	0.246	170	0.98	0.97	97.6471	0.302
9.117-37.012	0.202	11	0.254	94	0.248	108	0.984	0.947	97.2222	0.31

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