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- PDB-8f0f: HIV-1 wild type protease with GRL-110-19A, a chloroacetamide deri... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8f0f
タイトルHIV-1 wild type protease with GRL-110-19A, a chloroacetamide derivative based on Darunavir as P2' group
要素Protease
キーワードHYDROLASE/INHIBITOR / ASPARTIC ACID PROTEASE / HIV-1 protease / Darunavir / a chloroacetamide derivative inhibitor / ANTIVIRAL PROTEIN / HYDROLASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能
Retropepsin-like catalytic domain / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-X7H / Protease
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.29 Å
データ登録者Wang, Y.-F. / Agniswamy, J. / Ghosh, A.K. / Weber, I.T.
資金援助 米国, 日本, 7件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI150466 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI150461 米国
Department of Energy (DOE, United States)W-31-109-Eng-38 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)Intramural Research Program of the Center for Cancer Research 米国
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP15fk0410001 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP16fk0410101 日本
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)a Grant-in-Aid for Scientific Research (Priority Areas) 日本
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2023
タイトル: Evaluation of darunavir-derived HIV-1 protease inhibitors incorporating P2' amide-derivatives: Synthesis, biological evaluation and structural studies.
著者: Ghosh, A.K. / Shahabi, D. / Kipfmiller, M. / Ghosh, A.K. / Johnson, M. / Wang, Y.F. / Agniswamy, J. / Amano, M. / Weber, I.T. / Mitsuya, H.
履歴
登録2022年11月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protease
B: Protease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,3278
ポリマ－21,4812
非ポリマー8466
水4,089227
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4820 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area9580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.419, 86.235, 46.075
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Protease


分子量: 10740.677 Da / 分子数: 2 / 変異: Q7K, L33I, L63I, C67A, C95A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: pol / プラスミド: pJ414 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5RZ08, HIV-1 retropepsin

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非ポリマー , 5種, 233分子

#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-X7H / (3R,3aS,6aR)-hexahydrofuro[2,3-b]furan-3-yl [(2S,3R)-4-{[4-(2-chloroacetamido)benzene-1-sulfonyl](2-methylpropyl)amino}-3-hydroxy-1-phenylbutan-2-yl]carbamate


分子量: 624.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H38ClN3O8S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 227 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.47 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 0.65 M NaCl, 0.1 M Sodium Acetate, pH 6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2019年12月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.29→50 Å / Num. obs: 56469 / % possible obs: 95.4 % / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rpim(I) all: 0.021 / Rrim(I) all: 0.057 / Χ2: 1.004 / Net I/σ(I): 14.5 / Num. measured all: 382089
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2CC starRpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.29-1.343.60.63940770.7040.9090.3580.7391.00369.8
1.34-1.395.50.48853370.8660.220.5381.00391.4
1.39-1.457.10.3557260.9530.1390.3771.00898.1
1.45-1.537.10.24657620.9770.0970.2651.00698.4
1.53-1.637.20.16357820.9890.0640.1750.99898.6
1.63-1.757.20.11258160.9940.0440.121.00199.2
1.75-1.937.30.07558760.9970.030.0811.00999.3
1.93-2.217.40.04959090.9990.0190.0520.99799.6
2.21-2.787.40.04359850.9990.0170.0461.00499.8
2.78-5070.03261990.9970.0130.0351.00799.4

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation5.3 Å34.69 Å
Translation5.3 Å34.69 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER4.064 Datablock id: mmcif_pdbx.dic位相決定
REFMAC5.8.0352精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6VOD

6vod


解像度: 1.29→34.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.965 / SU B: 1.289 / SU ML: 0.024 / SU R Cruickshank DPI: 0.0415 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.041 / ESU R Free: 0.042 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1626 2771 4.9 %RANDOM
Rwork0.1316 ---
obs0.1331 53658 95.28 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 82.92 Å2 / Biso mean: 14.078 Å2 / Biso min: 4.01 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.15 Å20 Å20 Å2
2---0.46 Å20 Å2
3---0.6 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.29→34.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1512 0 92 227 1831
Biso mean--12.29 24.84 -
残基数----198
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0121827
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0080.0161846
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9261.7072526
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.6771.6144346
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9415251
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg5.041510
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.89310345
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1330.2306
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.022042
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02336
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr4.80233671
LS精密化 シェル解像度: 1.291→1.325 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.342 153 -
Rwork0.307 2703 -
all-2856 -
obs--65.72 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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