PDB-8ezs: Crystal structure of the HipS(Lp)-HipT(Lp) complex from Legionell...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ezs

タイトル

Crystal structure of the HipS(Lp)-HipT(Lp) complex from Legionella pneumophila, Sel-met protein

要素

HipS(Lp)
HipT(Lp)

キーワード

TOXIN / toxin-antitoxin complex / legionella pneumophila / structural genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / NIAID

機能・相同性

HipA, N-terminal subdomain 1 / HipA N-terminal domain / HipA-like, C-terminal / HipA-like C-terminal domain / transferase activity / Toxin HipA / Type II toxin-antitoxin system HipA family toxin

機能・相同性情報

生物種

Legionella pneumophila (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.47 Å

データ登録者

Stogios, P.J. / Skarina, T. / Michalska, K. / Di Leo, R. / Lin, J. / Ensminger, A. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the HipS(Lp)-HipT(Lp) complex from Legionella pneumophila, Sel-met protein
著者: Stogios, P.J.

履歴

登録	2022年11月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年9月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.2	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ezs.cif.gz	186.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ezs.ent.gz	132.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ezs.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8ezs_validation.pdf.gz	432.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8ezs_full_validation.pdf.gz	436.4 KB	表示
XML形式データ	8ezs_validation.xml.gz	15.4 KB	表示
CIF形式データ	8ezs_validation.cif.gz	20.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ez/8ezs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ez/8ezs	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: IDP97788 TargetTrack: IDP97789

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: HipS(Lp)

B: HipT(Lp)

ヘテロ分子

48.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.854, 44.854, 392.053
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2
Space group name Hall	P4abw2nw
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4 #3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4 #4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4 #5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4 #6: -x,-y,z+1/2 #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z+1/2

#1: タンパク質	HipS(Lp) 分子量: 11709.013 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Legionella pneumophila (バクテリア) 遺伝子: lpg2369 / プラスミド: pMCSG68SBPTEV / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): -Magic / 参照: UniProt: A0A2S6F3Z6
#2: タンパク質	HipT(Lp) 分子量: 36410.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Legionella pneumophila (バクテリア) 遺伝子: lpg2370 / プラスミド: pMCSG68SBPTEV / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): -Magic / 参照: UniProt: A0A2S6F402
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.97 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M KCl, 10 mM Tris pH 7, 20% PEG 4K, SeU soak, cryo paratone

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.978 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.45→30 Å / Num. obs: 14111 / % possible obs: 89.1 % / 冗長度: 10.9 % / B_iso Wilson estimate: 34.7 Å² / CC_1/2: 0.994 / R_merge(I) obs: 0.084 / R_pim(I) all: 0.029 / Net I/σ(I): 19.5
反射シェル	解像度: 2.45→2.49 Å / 冗長度: 1.6 % / R_merge(I) obs: 0.508 / Mean I/σ(I) obs: 1.21 / Num. unique obs: 211 / CC_1/2: 0.853 / R_pim(I) all: 0.408 / % possible all: 37.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20_4459	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		位相決定
Coot		モデル構築
PHENIX		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.47→30 Å / SU ML: 0.2723 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.873
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2601	1095	5 %	RANDOM
R_work	0.2025	20820	-	-
obs	0.2054	12773	80.21 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.89 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.47→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3002	0	1	72	3075

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0028	3064
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5335	4124
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0414	456
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0033	523
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.5819	1163

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.47-2.59	0.3788	7	0.3703	158	X-RAY DIFFRACTION	4.84
2.59-2.72	0.399	84	0.2961	1572	X-RAY DIFFRACTION	48.45
2.72-2.89	0.3109	157	0.2752	2934	X-RAY DIFFRACTION	90.14
2.89-3.11	0.2846	174	0.2441	3211	X-RAY DIFFRACTION	99.82
3.12-3.43	0.3221	169	0.2275	3248	X-RAY DIFFRACTION	99.53
3.43-3.92	0.2766	167	0.1885	3222	X-RAY DIFFRACTION	99.65
3.92-4.94	0.2001	172	0.1606	3259	X-RAY DIFFRACTION	99.74
4.94-30	0.2135	165	0.1775	3216	X-RAY DIFFRACTION	99.44

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.93387717972	4.79681581491	-1.4502546851	4.82595409312	-0.844893262008	7.05717124005	-0.313513682304	-0.578568940496	0.804908890301	0.83081281635	0.205243004477	0.68793929584	-0.13982430953	-0.870974501684	-0.0303699356923	0.689816397749	0.321909876424	-0.0611721955162	0.352257239618	-0.0173187436159	0.310437075704	28.5465493988	51.936100627	192.481558417
2	1.17956378246	-0.0904663568126	1.4124229922	2.29320096569	0.0540842978808	1.69856880767	-0.089920917271	-0.395983493991	0.0179764493855	0.496712114151	0.00775538043477	0.644372175485	-0.635322739388	-0.379247006945	0.155421668778	0.544419183924	0.110185657736	0.0851149472483	0.124601328461	-0.113580587461	0.459723129304	31.7852617076	55.5588147257	190.136163206
3	4.16501563449	0.473602837014	0.124609460896	5.13793617098	2.10760537227	0.98671623919	-0.335625581567	-0.459054182181	-0.153680999125	0.264479345105	-0.0890848883134	1.16706791217	-0.143911294197	-0.208162963804	-0.113209845348	0.758256667456	0.463189369691	-0.0927401526116	0.596700945914	-0.0643145193572	0.637344731583	21.9213934456	53.9561823035	186.53381161
4	1.63521441949	-0.769649495879	-0.450631082671	2.03458726736	-0.130759035335	0.481770820864	0.125472958336	-0.146966537718	0.687358946977	0.363986197721	0.0432926487113	0.318202639019	-0.576877234929	-0.208596638191	0.550171847829	0.890828853898	0.529815716261	-0.1720423951	0.278949328661	-0.206412098985	0.419339692958	29.7927514828	59.3550328911	181.841089337
5	0.757484933794	0.714187119305	-0.250362160852	4.40032272566	-2.43937059124	4.10286921725	-0.0252212744525	0.127347435118	-0.0067453941409	-0.441401257377	0.062498545818	0.115797455773	0.0265166844665	-0.547198919664	-0.0590435614855	0.25676285639	0.0900225639719	-0.0171687564636	0.31285948988	-0.0917028377203	0.222629622636	32.7156596964	39.0199811062	186.112394414
6	6.78702781113	-3.56323273211	-2.45941266778	5.10395597144	1.80224922587	6.94847452852	-0.687964976721	-0.708060024371	-0.351971800987	1.54634367485	0.444430670311	0.215026390485	0.919044806284	0.120139873402	0.824325076505	0.842562314488	0.212013951523	-0.102551362913	0.246142309544	-0.199490720409	0.366380157223	32.8012240899	49.5933144524	194.336896141
7	1.96445391858	0.696791238206	-1.19797150075	7.26872381088	0.517611952713	3.13114293082	-0.155873268687	1.46870671663	-0.189157285508	-0.963342173483	0.128404482114	-0.68293266555	0.583981666714	0.489227720782	-0.113469769904	0.47891603967	-0.0856852741466	0.0377347275037	0.717252201236	-0.0531611945517	0.275985061205	48.5391491855	31.2240820714	175.030674906
8	1.32971919399	0.00554157074284	-0.677023906644	2.38184248762	0.838978410741	3.63590603522	-0.353542335851	-0.142438444996	-0.126730128213	-0.100110039817	0.234927795194	-0.1814178299	0.554027556665	0.321121691301	0.0404235901159	0.2330757318	0.00102260922926	0.0273181125167	0.120038870648	-0.0420493852472	0.234200756422	52.2523151342	33.9439568935	176.972329246
9	1.27925463148	-0.427424575346	0.262030908234	1.88259792632	0.167427591311	1.36876262716	-0.144578670013	0.0737243518803	0.152287296504	-0.167265834773	0.025226664169	0.0965785287592	-0.505987770335	-0.0555504362769	0.0417165649484	0.456128919596	-0.0926709247243	-0.0477559630277	-0.0351997822801	-0.0206480247578	0.201054441467	41.6033398197	44.1517139422	162.00326402
10	2.68750066809	-1.33351721236	1.62817592638	3.90733377027	0.277417566728	1.76811089522	0.221594307505	0.301419073763	-0.118311210437	-0.493154346831	-0.228532465061	0.104101670024	0.650699690013	0.184363234655	-0.178614629179	0.459598233453	0.00814501398349	0.137113680528	0.04462015228	-0.143420455606	0.268524309106	50.191890693	27.7943129189	154.65772867

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 1 through 8 )	A	A	1 - 8	1 - 8
2	2	chain 'A' and (resid 9 through 18 )	A	A	9 - 18	9 - 18
3	3	chain 'A' and (resid 19 through 28 )	A	A	19 - 28	19 - 28
4	4	chain 'A' and (resid 29 through 54 )	A	A	29 - 54	29 - 54
5	5	chain 'A' and (resid 55 through 95 )	A	A	55 - 95	55 - 95
6	6	chain 'A' and (resid 96 through 102 )	A	A	96 - 102	96 - 102
7	7	chain 'B' and (resid 3 through 61 )	B	B	3 - 61	1 - 16
8	8	chain 'B' and (resid 62 through 130 )	B	B	62 - 130	17 - 85
9	9	chain 'B' and (resid 131 through 285 )	B	B	131 - 285	86 - 240
10	10	chain 'B' and (resid 286 through 312 )	B	B	286 - 312	241 - 267

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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