PDB-8ezr: Crystal structure of the HipS(Lp)-HipT(Lp) complex from Legionell...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ezr

タイトル

Crystal structure of the HipS(Lp)-HipT(Lp) complex from Legionella pneumophila, native protein

要素

HipS(Lp)
HipT(Lp)

キーワード

TOXIN / toxin-antitoxin complex / legionella pneumophila / structural genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / NIAID

機能・相同性

HipA, N-terminal subdomain 1 / HipA N-terminal domain / HipA-like, C-terminal / HipA-like C-terminal domain / transferase activity / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Toxin HipA / Type II toxin-antitoxin system HipA family toxin

機能・相同性情報

生物種

Legionella pneumophila (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Stogios, P.J. / Skarina, T. / Michalska, K. / Di Leo, R. / Lin, J. / Ensminger, A. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the HipS(Lp)-HipT(Lp) complex from Legionella pneumophila, native protein
著者: Stogios, P.

履歴

登録	2022年11月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年9月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ezr.cif.gz	194 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ezr.ent.gz	137.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ezr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8ezr_validation.pdf.gz	448.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8ezr_full_validation.pdf.gz	455.8 KB	表示
XML形式データ	8ezr_validation.xml.gz	17.5 KB	表示
CIF形式データ	8ezr_validation.cif.gz	24.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ez/8ezr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ez/8ezr	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: IDP97788 TargetTrack: IDP97789

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: HipS(Lp)

B: HipT(Lp)

ヘテロ分子

47.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.038, 45.038, 393.970
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2
Space group name Hall	P4abw2nw
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4 #3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4 #4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4 #5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4 #6: -x,-y,z+1/2 #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-534- HOH

#1: タンパク質	HipS(Lp) 分子量: 11568.327 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Legionella pneumophila (バクテリア) 遺伝子: lpg2369 / プラスミド: pMCSG68SBPTEV / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): -Magic / 参照: UniProt: A0A2S6F3Z6
#2: タンパク質	HipT(Lp) 分子量: 36128.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Legionella pneumophila (バクテリア) 遺伝子: lpg2370 / プラスミド: pMCSG68SBPTEV / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): -Magic / 参照: UniProt: A0A2S6F402
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 185 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.27 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 30% PEG 1K, 0.1 M Hepes pH 7.5, cryo paratone

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.978 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→35 Å / Num. obs: 29985 / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 14.4 % / B_iso Wilson estimate: 42.18 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.095 / R_pim(I) all: 0.024 / Net I/σ(I): 53.2
反射シェル	解像度: 1.95→1.98 Å / R_merge(I) obs: 1.035 / Mean I/σ(I) obs: 1.53 / Num. unique obs: 1222 / CC_1/2: 0.841 / R_pim(I) all: 0.326 / % possible all: 81.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20_4459	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		位相決定
PHENIX		モデル構築
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.95→32.83 Å / SU ML: 0.2276 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.8349
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2614	1486	4.99 %	RANDOM
R_work	0.2131	28275	-	-
obs	0.2155	29761	95.22 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 62.17 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→32.83 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3026	0	8	185	3219

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0045	3094
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.711	4158
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0473	460
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0076	524
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.3009	1175

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.95-2.02	0.3246	113	0.3086	2139	X-RAY DIFFRACTION	81.92
2.02-2.09	0.3508	126	0.2898	2393	X-RAY DIFFRACTION	91.83
2.09-2.17	0.3236	128	0.2598	2467	X-RAY DIFFRACTION	93.72
2.17-2.27	0.3238	131	0.2501	2527	X-RAY DIFFRACTION	94.52
2.27-2.39	0.3072	132	0.2598	2489	X-RAY DIFFRACTION	95
2.39-2.54	0.3312	135	0.2585	2555	X-RAY DIFFRACTION	95.93
2.54-2.73	0.2726	133	0.2526	2563	X-RAY DIFFRACTION	96.22
2.73-3.01	0.2836	141	0.2498	2668	X-RAY DIFFRACTION	98.05
3.01-3.44	0.2539	142	0.2265	2693	X-RAY DIFFRACTION	99.51
3.44-4.34	0.2648	145	0.1825	2774	X-RAY DIFFRACTION	99.9
4.34-32.83	0.22	160	0.1835	3007	X-RAY DIFFRACTION	99.62

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.60677315539	-1.93456422637	-2.04942389126	7.64927965857	1.50525500969	5.72168926267	-0.614147936479	-0.888790771343	0.544961628958	0.990569910795	0.264498319935	0.401680024799	-0.744723970906	-0.839951405993	0.296539265599	0.944033801524	0.440679030841	-0.00980231450763	0.691530605902	0.0128197407519	0.381623846507	28.8276885692	51.9770924517	193.45613413
2	1.47265294791	-1.15490156382	0.850386683304	7.55539559159	1.27827035594	1.09551434269	-0.169192171429	-0.479541687816	-0.179242668274	0.333779989397	-0.0890557849459	0.610557565563	-0.86945422149	-0.465912501756	0.213494425017	1.10311957659	0.37259703859	-0.175399362194	0.625138645999	-0.157212779493	0.634220630926	31.3480313037	55.2572747425	191.294243629
3	2.81212138247	0.186597654567	2.64320505308	6.48635083569	1.83417496021	3.24248875914	-0.240965263705	-0.968032014342	-0.0396512626952	0.469752448827	-0.0914958532005	0.781396883086	-0.637982257368	-0.994137346086	0.306485804952	0.973345360224	0.557946174166	-0.0329205075101	1.01209322484	-0.139608070568	0.678916879594	21.5462533743	53.7341692063	187.724977434
4	6.44936123513	0.711677464459	-2.0842099927	4.89099059268	-1.12901252785	0.842046936758	0.611109629745	-0.928603048365	2.71111843503	0.0125853106513	0.217293115357	-0.00683061674249	-1.75135530753	0.167462259852	-0.779427854738	1.48824195342	0.245818625811	-0.0818714228464	0.628276717722	-0.225238620895	1.13555992485	34.3363736605	65.4431196937	189.965299944
5	0.62413489583	-0.723029728548	-0.379628163642	3.45115668697	-0.62519789212	0.660421418183	-0.137693581233	-0.125877915502	0.348287815079	0.318339582079	0.394001125872	0.0649029439746	-0.372547587412	-0.261837639363	0.182869513094	1.24528209442	0.68402403561	-0.313401775031	0.554598786057	-0.150375639281	0.734648507469	27.7539644263	57.3954087668	180.966515467
6	9.60618241147	-4.84206498687	3.74984029703	8.6683668422	-5.71853192714	5.45143971381	0.547604760819	0.314008317259	-0.0833374600994	-2.56842882746	-0.216850964336	0.841161689339	-0.0873812803931	-1.33397688515	-0.324869846582	0.794652553181	0.225102489997	0.0129303844764	0.710069673928	-0.010764516712	0.349096274439	31.7777062343	43.9440405789	181.333119835
7	4.12173366318	1.94894870426	-4.2039461168	5.95705843196	-3.19939633348	4.59452482153	-0.0331951341134	0.705154514921	-0.55078660629	-0.477762957046	-0.15232020437	-0.243809270412	0.943872694447	-0.651636243952	0.296723229106	0.551869306861	-0.039572945585	0.0141155778705	0.52249205327	-0.000728004934176	0.477908586081	34.7292444516	30.6942540421	186.811802217
8	4.32223352088	-4.43569124051	4.86677715392	4.55707098957	-4.99666147365	5.47925302565	0.793540462375	1.29374323804	-0.174944277041	-0.475350936417	0.448460136282	0.295186178113	0.731183397468	-1.12587757807	-1.36474185485	0.622193942185	0.0732758146911	-0.0597271262963	0.779812314322	0.0258720091883	0.598612925213	26.8232058843	34.68012457	191.111024285
9	8.7492188688	5.71665229271	-4.59621897919	5.35779107814	-5.71095678287	8.84558336999	-0.249315831476	-0.0652236152857	0.133194538129	0.12981151612	0.272631949105	-0.392914390344	-0.80713013372	-0.635601897016	-0.0634661571332	0.510049354369	0.228755147384	-0.0527565725503	0.596265320641	-0.0780682461665	0.424891579984	33.9984176752	43.7028894637	188.848116709
10	5.98147603666	2.0762363137	-5.82056808335	4.68367131877	-1.77128991062	5.67891830817	-0.609389220875	-1.07209357748	-0.173150492431	1.11099584721	0.152702986283	-0.378066131629	0.269575653723	0.570533898606	0.426193194386	1.01762438464	0.384353597755	-0.10951279915	0.614633253759	-0.0667407371508	0.495627356567	33.6679743811	49.7896701061	193.596287475
11	6.06754689458	0.139625384109	-0.0248254343452	5.0041238583	2.88388009881	6.23129078163	0.312983903609	0.832029361771	0.61865585772	-0.345581776925	0.261915437425	-1.17817711494	1.0437696809	0.522188711542	-0.521508824263	1.55498307823	0.0389882350665	0.151726862766	1.23117982351	0.184131057494	1.0766590791	48.5076178102	30.5849959333	176.376541023
12	3.6465937464	0.674292265957	-0.298150646841	9.14350856704	4.28106742174	8.56369852934	-0.0841067666814	-0.265781042229	-0.121454474178	0.0456888980083	0.112057018575	-0.429687964539	0.310805239522	-0.242643890147	-0.0631519560421	0.410631771516	-0.0423803332099	0.0341863228033	0.306429731256	0.0207163499024	0.39944464774	49.0566439077	33.3328201272	182.982977191
13	1.74050871218	-0.715225267915	0.528624115829	1.31958668194	0.136305508322	4.22014743295	-0.140358456974	0.106780114951	0.00277140649759	-0.218271879712	0.0163503739426	-0.0251694144394	-0.30573313125	0.076751641615	0.0975001644225	0.541589365082	-0.10137902122	-0.00634147653211	0.191002155214	-0.0107573983556	0.354871593117	44.2098047208	40.282000619	163.388716559

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 1 through 8 )	A	A	1 - 8	1 - 8
2	2	chain 'A' and (resid 9 through 18 )	A	A	9 - 18	9 - 18
3	3	chain 'A' and (resid 19 through 28 )	A	A	19 - 28	19 - 28
4	4	chain 'A' and (resid 29 through 33 )	A	A	29 - 33	29 - 33
5	5	chain 'A' and (resid 34 through 54 )	A	A	34 - 54	34 - 54
6	6	chain 'A' and (resid 55 through 63 )	A	A	55 - 63	55 - 63
7	7	chain 'A' and (resid 64 through 73 )	A	A	64 - 73	64 - 73
8	8	chain 'A' and (resid 74 through 80 )	A	A	74 - 80	74 - 80
9	9	chain 'A' and (resid 81 through 95 )	A	A	81 - 95	81 - 95
10	10	chain 'A' and (resid 96 through 101 )	A	A	96 - 101	96 - 101
11	11	chain 'B' and (resid 1 through 55 )	B	C	1 - 55	1 - 15
12	12	chain 'B' and (resid 56 through 93 )	B	C	56 - 93	16 - 53
13	13	chain 'B' and (resid 94 through 312 )	B	C	94 - 312	54 - 272

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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