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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ezc | ||||||
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タイトル | X-ray crystal structure of salmonella typhimurium Tryptophan synthase internal aldimine | ||||||
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![]() | LYASE / beta-elimination / PLP-dependent | ||||||
機能・相同性 | ![]() tryptophan synthase / tryptophan synthase activity / L-tryptophan biosynthetic process / identical protein binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Drago, V.N. / Mueser, T.C. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Neutron diffraction from a microgravity-grown crystal reveals the active site hydrogens of the internal aldimine form of tryptophan synthase. 著者: Drago, V.N. / Devos, J.M. / Blakeley, M.P. / Forsyth, V.T. / Parks, J.M. / Kovalevsky, A. / Mueser, T.C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 147.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 112 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 443.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 453.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 29.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 43.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8eypC ![]() 8eysC ![]() 1bksS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28698.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720 / 遺伝子: trpA, STM1727 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 43146.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720 / 遺伝子: trpB, STM1726 / 発現宿主: ![]() ![]() |
#3: 化合物 | ChemComp-NA / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.44 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: liquid diffusion / pH: 7.8 詳細: 50 mM Bicine pH 7.8, 1 mM EDTA, 0.2 mM PLP, 2 mM spermine, and 6-8% PEG 8000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2021年6月27日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.978 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→39.49 Å / Num. obs: 94632 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 16.69 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Net I/σ(I): 9.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.69 Å / Num. unique obs: 13710 / Rpim(I) all: 0.631 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1bks 解像度: 1.6→36.841 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 23.69 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 74.65 Å2 / Biso mean: 27.2851 Å2 / Biso min: 8.85 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.6→36.841 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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