PDB-8ez4: Plasmodium falciparum M17 in complex with inhibitor 9aa

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ez4

タイトル

Plasmodium falciparum M17 in complex with inhibitor 9aa

要素

M17 leucyl aminopeptidase

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE inhibitor / Malaria / metalloaminopeptidase / inhibitor complex / HYDROLASE / HYDROLASE-HYDROLASE inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; ジペプチターゼ / leucyl aminopeptidase / metallodipeptidase activity / peptide catabolic process / metalloaminopeptidase activity / carboxypeptidase activity / peptidase activity / manganese ion binding / proteolysis / zinc ion binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.89 Å

データ登録者

Calic, P.P.S. / McGowan, S. / Webb, C.T.

資金援助

オーストラリア, 1件

引用

ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Structure-based development of potent Plasmodium falciparum M1 and M17 aminopeptidase selective and dual inhibitors via S1'-region optimisation.
著者: Calic, P.P.S. / Vinh, N.B. / Webb, C.T. / Malcolm, T.R. / Ngo, A. / Lowes, K. / Drinkwater, N. / McGowan, S. / Scammells, P.J.

履歴

登録	2022年10月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年1月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年1月25日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ez4.cif.gz	2.4 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ez4.ent.gz	2 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ez4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8ez4_validation.pdf.gz	4.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8ez4_full_validation.pdf.gz	5 MB	表示
XML形式データ	8ez4_validation.xml.gz	260.4 KB	表示
CIF形式データ	8ez4_validation.cif.gz	378.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ez/8ez4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ez/8ez4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8ewzC 8ex3C 8eydC 8eyeC 8eyfC 8ez2C 3kqzS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#193 - 2016年1月シデロカリン (Siderocalin) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1) #35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (1) #37 - 2003年1月血清アルブミン (Serum Albumin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: M17 leucyl aminopeptidase

B: M17 leucyl aminopeptidase

C: M17 leucyl aminopeptidase

D: M17 leucyl aminopeptidase

E: M17 leucyl aminopeptidase

F: M17 leucyl aminopeptidase

G: M17 leucyl aminopeptidase

H: M17 leucyl aminopeptidase

I: M17 leucyl aminopeptidase

J: M17 leucyl aminopeptidase

K: M17 leucyl aminopeptidase

L: M17 leucyl aminopeptidase

ヘテロ分子

719 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: M17 leucyl aminopeptidase

B: M17 leucyl aminopeptidase

C: M17 leucyl aminopeptidase

D: M17 leucyl aminopeptidase

E: M17 leucyl aminopeptidase

F: M17 leucyl aminopeptidase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
360 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

G: M17 leucyl aminopeptidase

H: M17 leucyl aminopeptidase

I: M17 leucyl aminopeptidase

J: M17 leucyl aminopeptidase

K: M17 leucyl aminopeptidase

L: M17 leucyl aminopeptidase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
360 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	173.940, 176.600, 230.901
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

-
タンパク質 , 1種, 12分子 ABCDEFGHIJKL

#1: タンパク質	M17 leucyl aminopeptidase 分子量: 58577.777 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8IL11, leucyl aminopeptidase

-
非ポリマー , 8種, 4802分子

#2: 化合物	ChemComp-X10 / N-[(1R)-2-(hydroxyamino)-2-oxo-1-(3',4',5'-trifluoro[1,1'-biphenyl]-4-yl)ethyl]-N~2~-phenylglycinamide 分子量: 429.392 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₁₈F₃N₃O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	... ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 分子量: 238.278 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₂O₆ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-CO3 / CARBONATE ION 分子量: 60.009 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO₃
#6: 化合物	... ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#7: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION 分子量: 22.990 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 化合物	ChemComp-2PE / NONAETHYLENE GLYCOL 分子量: 414.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₃₈O₁₀ / コメント: 沈殿剤*YM
#9: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 4701 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.24 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 30-40% PEG400, 0.1 M Tris pH 7.5-8.5, 0.2 M Li2SO4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95373 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.95373 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.89→48.47 Å / Num. obs: 556049 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.9 % / B_iso Wilson estimate: 24.63 Å² / CC_1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 6.3
反射シェル	解像度: 1.89→1.96 Å / Num. unique obs: 52897 / CC_1/2: 0.683

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	v1.20.1-4487	精密化
iMOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3KQZ

3kqz

解像度: 1.89→48.47 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.22 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2164	27706	4.99 %
R_work	0.1774	-	-
obs	0.1793	555296	99.38 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.89→48.47 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	47432	0	874	4723	53029

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	49233
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.183	66710
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.522	6906
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.066	7613
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	8442

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.89-1.92	0.3529	812	0.3345	15012	X-RAY DIFFRACTION	86
1.92-1.94	0.3423	966	0.3017	17526	X-RAY DIFFRACTION	100
1.94-1.96	0.3144	936	0.2889	17558	X-RAY DIFFRACTION	100
1.96-1.99	0.3032	931	0.2681	17523	X-RAY DIFFRACTION	100
1.99-2.01	0.2911	795	0.2523	17701	X-RAY DIFFRACTION	100
2.01-2.04	0.2874	927	0.2523	17608	X-RAY DIFFRACTION	100
2.04-2.07	0.285	992	0.2408	17474	X-RAY DIFFRACTION	100
2.07-2.1	0.2741	953	0.2318	17605	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1-2.13	0.2701	851	0.2225	17617	X-RAY DIFFRACTION	100
2.13-2.17	0.2665	937	0.2189	17541	X-RAY DIFFRACTION	100
2.17-2.21	0.2406	911	0.1969	17661	X-RAY DIFFRACTION	100
2.21-2.25	0.2502	905	0.1947	17589	X-RAY DIFFRACTION	100
2.25-2.29	0.2288	914	0.1865	17667	X-RAY DIFFRACTION	100
2.29-2.34	0.2311	959	0.1887	17540	X-RAY DIFFRACTION	100
2.34-2.39	0.2346	885	0.1804	17685	X-RAY DIFFRACTION	100
2.39-2.44	0.223	885	0.1726	17607	X-RAY DIFFRACTION	100
2.44-2.5	0.2165	897	0.1701	17657	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5-2.57	0.2193	962	0.1721	17642	X-RAY DIFFRACTION	100
2.57-2.65	0.2217	918	0.1718	17647	X-RAY DIFFRACTION	100
2.65-2.73	0.2223	924	0.1755	17707	X-RAY DIFFRACTION	100
2.73-2.83	0.2252	938	0.1773	17616	X-RAY DIFFRACTION	100
2.83-2.94	0.2217	1017	0.1673	17671	X-RAY DIFFRACTION	100
2.94-3.08	0.2052	968	0.17	17628	X-RAY DIFFRACTION	100
3.08-3.24	0.2277	942	0.1793	17685	X-RAY DIFFRACTION	100
3.24-3.44	0.1973	946	0.1666	17755	X-RAY DIFFRACTION	100
3.44-3.71	0.1869	936	0.1528	17798	X-RAY DIFFRACTION	100
3.71-4.08	0.173	948	0.1415	17808	X-RAY DIFFRACTION	100
4.08-4.67	0.1557	913	0.1276	17904	X-RAY DIFFRACTION	100
4.67-5.88	0.1769	902	0.1486	18025	X-RAY DIFFRACTION	100
5.88-48.47	0.1918	936	0.1624	18133	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 84.7897 Å / Origin y: 32.2444 Å / Origin z: -35.8082 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.2047 Å²	-0.0088 Å²	-0.0025 Å²	-	0.193 Å²	-0.0125 Å²	-	-	0.2356 Å²
L	0.0198 °²	-0.0077 °²	0.0034 °²	-	0.0184 °²	-0.005 °²	-	-	0.0931 °²
S	-0.0029 Å °	-0.0069 Å °	-0.0273 Å °	-0.0037 Å °	0.0082 Å °	0.0208 Å °	-0.0016 Å °	0.0041 Å °	-0.0055 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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関連情報:EMDBヘッダ

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