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- PDB-8eyo: Crystal Structure of Human Mitochondrial NADP+ Malic Enzyme 3 wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8eyo
タイトルCrystal Structure of Human Mitochondrial NADP+ Malic Enzyme 3 with NADP bound
要素NADP-dependent malic enzyme, mitochondrial
キーワードOXIDOREDUCTASE / Malic Enzyme / Rossmann fold / ME3 / NADP(+)-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


malate dehydrogenase (oxaloacetate-decarboxylating) (NADP+) / oxygen metabolic process / malate dehydrogenase (decarboxylating) (NADP+) activity / malic enzyme activity / oxaloacetate decarboxylase activity / malate metabolic process / Pyruvate metabolism / pyruvate metabolic process / NADP+ binding / aerobic respiration ...malate dehydrogenase (oxaloacetate-decarboxylating) (NADP+) / oxygen metabolic process / malate dehydrogenase (decarboxylating) (NADP+) activity / malic enzyme activity / oxaloacetate decarboxylase activity / malate metabolic process / Pyruvate metabolism / pyruvate metabolic process / NADP+ binding / aerobic respiration / NAD binding / mitochondrial matrix / mitochondrion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Malic enzyme, conserved site / Malic enzymes signature. / Malic oxidoreductase / Malic enzyme, N-terminal domain / Malic enzyme, N-terminal domain / Malic enzyme, NAD-binding / Malic enzyme, N-terminal domain superfamily / Malic enzyme, N-terminal domain / Malic enzyme, NAD binding domain / Malic enzyme, NAD binding domain ...Malic enzyme, conserved site / Malic enzymes signature. / Malic oxidoreductase / Malic enzyme, N-terminal domain / Malic enzyme, N-terminal domain / Malic enzyme, NAD-binding / Malic enzyme, N-terminal domain superfamily / Malic enzyme, N-terminal domain / Malic enzyme, NAD binding domain / Malic enzyme, NAD binding domain / Aminoacid dehydrogenase-like, N-terminal domain superfamily / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADP-dependent malic enzyme, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.49 Å
データ登録者Shaffer, P.L. / Grell, T.A.J. / Mason, M. / Thompson, A.A. / Riley, D. / Wagner, M.V. / Steele, R. / Ortiz-Meoz, R. / Wadia, J. / Sharma, S. / Yu, X.
引用ジャーナル: Heliyon / 年: 2022
タイトル: Integrative structural and functional analysis of human malic enzyme 3: A potential therapeutic target for pancreatic cancer.
著者: Tsehai A J Grell / Mark Mason / Aaron A Thompson / Jose Carlos Gómez-Tamayo / Daniel Riley / Michelle V Wagner / Ruth Steele / Rodrigo F Ortiz-Meoz / Jay Wadia / Paul L Shaffer / Gary ...著者: Tsehai A J Grell / Mark Mason / Aaron A Thompson / Jose Carlos Gómez-Tamayo / Daniel Riley / Michelle V Wagner / Ruth Steele / Rodrigo F Ortiz-Meoz / Jay Wadia / Paul L Shaffer / Gary Tresadern / Sujata Sharma / Xiaodi Yu /
要旨: Malic enzymes (ME1, ME2, and ME3) are involved in cellular energy regulation, redox homeostasis, and biosynthetic processes, through the production of pyruvate and reducing agent NAD(P)H. Recent ...Malic enzymes (ME1, ME2, and ME3) are involved in cellular energy regulation, redox homeostasis, and biosynthetic processes, through the production of pyruvate and reducing agent NAD(P)H. Recent studies have implicated the third and least well-characterized isoform, mitochondrial NADP-dependent malic enzyme 3 (ME3), as a therapeutic target for pancreatic cancers. Here, we utilized an integrated structure approach to determine the structures of ME3 in various ligand-binding states at near-atomic resolutions. ME3 is captured in the open form existing as a stable tetramer and its dynamic Domain C is critical for activity. Catalytic assay results reveal that ME3 is a non-allosteric enzyme and does not require modulators for activity while structural analysis suggests that the inner stability of ME3 Domain A relative to ME2 disables allostery in ME3. With structural information available for all three malic enzymes, the foundation has been laid to understand the structural and biochemical differences of these enzymes and could aid in the development of specific malic enzyme small molecule drugs.
履歴
登録2022年10月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年2月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NADP-dependent malic enzyme, mitochondrial
B: NADP-dependent malic enzyme, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,5306
ポリマ－127,6592
非ポリマー1,8714
水3,999222
1
A: NADP-dependent malic enzyme, mitochondrial
B: NADP-dependent malic enzyme, mitochondrial
ヘテロ分子

A: NADP-dependent malic enzyme, mitochondrial
B: NADP-dependent malic enzyme, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)259,06012
ポリマ－255,3174
非ポリマー3,7428
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
Buried area21490 Å2
ΔGint-89 kcal/mol
Surface area79130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)152.160, 75.670, 118.630
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-875-

HOH

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要素

#1: タンパク質 NADP-dependent malic enzyme, mitochondrial / NADP-ME / Malic enzyme 3


分子量: 63829.352 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ME3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q16798, malate dehydrogenase (oxaloacetate-decarboxylating) (NADP+)
#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 222 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.72 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7
詳細: 12% PEG-3350, 0.1M Ammonium tartrate dibasic, 0.02M Potassium Citrate tribasic

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月6日
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.49→39.54 Å / Num. obs: 48412 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 46.01 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rrim(I) all: 0.12 / Rsym value: 0.11 / Net I/σ(I): 14.39
反射 シェル解像度: 2.49→2.54 Å / 冗長度: 6.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.95 / Num. unique obs: 3490 / CC1/2: 0.696 / Rrim(I) all: 1.1 / Rsym value: 1.02 / % possible all: 98.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
XDS20180409データ削減
XSCALE20180409データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1QR6

1qr6


解像度: 2.49→39.54 Å / SU ML: 0.2803 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.1639
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2256 1065 2.2 %
Rwork0.1795 47336 -
obs0.1805 48401 99.32 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 51.57 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.49→39.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8657 0 122 222 9001
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00279044
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.586112324
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04151395
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00371584
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.19237330
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.49-2.60.29861290.26335816X-RAY DIFFRACTION98.7
2.6-2.740.39151290.25015801X-RAY DIFFRACTION99.2
2.74-2.910.26051300.22635859X-RAY DIFFRACTION99.11
2.91-3.140.25681340.225877X-RAY DIFFRACTION99.6
3.14-3.450.26421320.20365876X-RAY DIFFRACTION99.24
3.45-3.950.22941370.17355918X-RAY DIFFRACTION99.65
3.95-4.980.17771330.13895977X-RAY DIFFRACTION99.53
4.98-39.540.17831410.156212X-RAY DIFFRACTION99.51
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.553765291903-0.1709270846580.06918715840116.16910263680.8737189401740.424381931829-0.0918466382057-0.219928983407-0.08851187937270.6313151943940.1632790210440.20409332110.09641056092-0.0414596598562-0.07443179713670.4349965710460.101524639150.002130603823150.4016729161830.0656017326780.38925221033966.90937.61636.258
22.13516547813-0.449382054741-0.6027322426510.5981839259520.1757046490870.575904689725-0.060669144924-0.03275500130540.05661693825560.1569351692920.039628343454-0.0626009032902-0.0914674383832-0.0136058265804-0.0024952959290.3724157214620.04646570531890.004229265244630.2343635842430.03723789391770.25861017920363.79760.76932.639
31.53959094393-0.295686676292-0.2270168907831.86752967390.3120208185942.39195128997-0.03790745402510.04273812794490.1708004845820.182951042763-0.0894040258769-0.131733364149-0.164429441097-0.07241020472850.1402029757210.307162052780.01406534541110.001472282971570.2404147562760.04681126541970.36231541290944.92362.27745.298
44.39262171026-0.4618172132791.508009539616.222033881584.345977265963.810273907780.320944191302-0.574752354861-0.5107352712950.5363096004910.186260538489-0.8684314224670.821885100387-0.383004422759-0.4952291190410.516229719115-0.1187638896680.001860323003050.3751273366170.03476306470210.63988629934256.02825.2419.843
58.627896223432.869854919230.1402430822361.163931977151.056952265034.841369433030.3637761591620.438788535765-1.293093101540.1977778858540.640601890589-0.2768450115660.8003238102050.203007226025-0.8891612003550.711795797292-0.1389725697810.1183416036210.615565298844-0.1432768257081.0153564419954.0518.122-7.442
68.99560354603-4.68569738611-1.006931624213.112166938722.849571651579.401073441690.07561594012853.36285469876-2.69875355387-1.71201593893-0.5620268567961.035268558212.66179670208-2.120367213360.4712347499191.09200361621-0.134036951478-0.04091534486561.20120532105-0.3792989127561.1413071241662.04615.575-15.782
76.824376875761.499205549071.047719045681.439887355130.1107057799171.06964805691-0.07316104067280.764731598530.187966942076-0.09969806754630.00742341168293-0.078019724213-0.02456553020970.08489568003970.07957532040240.329358628181-0.001254941625940.04198965421510.4390032836380.009757642457680.38061993451173.8646.529-11.622
80.799128895217-0.1945219110130.198187977232.0522475852-0.6931823979351.42558658312-0.09627312759410.198528955239-0.202133522168-0.1152683495960.06692710795250.04650754182470.0800834716521-0.2626381036560.03579400637910.283983721614-0.08010871213250.01866800561480.491031877259-0.05767987710190.35063568500250.62642.972-7.694
93.945925696760.183561139942-2.040861479433.197459042751.11007708086.054109764-0.1534478796550.144647362665-0.0428098836241-0.165471550067-0.04468306117390.246353371040.0257239471556-0.3061388814860.1839302888720.2823890253410.0160452562954-0.06346253678760.333038909202-0.02247307603520.32262872307235.09957.745-27.653
101.264899907010.0640908024212.242110733870.2743657356670.446259037044.39904790839-0.2485288456410.1579925916030.0734202096768-0.09976802900010.0148189258091-0.102298692948-0.5062414452070.1096742708440.2399076652490.33736844305-0.0472608436122-0.01364212893980.3021413779270.01297177232090.36257162017858.41163.922-6.477
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 49:164 )A49 - 164
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 165:323 )A165 - 323
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 324:584 )A324 - 584
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 585:595 )A585 - 595
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 596:602 )A596 - 602
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN A AND RESID 603:610 )A603 - 610
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN B AND RESID 49:164 )B49 - 164
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN B AND RESID 165:323 )B165 - 323
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN B AND RESID 324:463 )B324 - 463
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN B AND RESID 464:606 )B464 - 606

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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