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- PDB-8ey4: Contact-dependent growth inhibition toxin-immunity protein comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ey4
タイトルContact-dependent growth inhibition toxin-immunity protein complex from E. coli O32:H37
要素
  • Cys_rich_CPCC domain-containing protein
  • PT-VENN domain-containing protein
キーワードTOXIN / CDI / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


primary metabolic process / macromolecule metabolic process / : / catalytic activity / toxin activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cysteine-rich CPCC domain / Cysteine-rich CPCC / Toxin CdiA-like, Filamentous hemagglutinin motif repeats / VENN motif-containing domain / Pre-toxin domain with VENN motif / Hemagglutinin repeat / Hemagglutinin repeat
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Cysteine-rich CPCC domain-containing protein / VENN motif-containing domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli O32:H37 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.83 Å
データ登録者Michalska, K. / Stols, L. / Eschenfeldt, W. / Goulding, C.W. / Hayes, C.S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201700060C 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Contact-dependent growth inhibition toxin-immunity protein complex from E. coli O32:H37
著者: Michalska, K. / Stols, L. / Eschenfeldt, W. / Goulding, C.W. / Hayes, C.S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2022年10月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年11月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
I: Cys_rich_CPCC domain-containing protein
A: PT-VENN domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,8713
ポリマ－17,8152
非ポリマー561
水1,58588
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1640 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area7490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.641, 53.660, 38.533
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.550, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Cys_rich_CPCC domain-containing protein


分子量: 7635.292 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli O32:H37 (大腸菌)
遺伝子: B6R12_004683, B6R15_004523, C0P57_003609, D9E49_27105, DAH20_21150, DEN92_22940, DEN93_17480, DEO13_20945, DEO14_22190, DEO15_23150, E5S48_23695, E5S53_25065, E5S55_25155, FHQ91_23985, ...遺伝子: B6R12_004683, B6R15_004523, C0P57_003609, D9E49_27105, DAH20_21150, DEN92_22940, DEN93_17480, DEO13_20945, DEO14_22190, DEO15_23150, E5S48_23695, E5S53_25065, E5S55_25155, FHQ91_23985, FJQ51_24360, FJQ53_24775, GF698_05830, GQW68_24765
プラスミド: pMCSG58 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1Y2XHL0
#2: タンパク質 PT-VENN domain-containing protein


分子量: 10180.056 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli O32:H37 (大腸菌) / 遺伝子: LH0189 / プラスミド: pMCSG58 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q3ZTX4
#3: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 88 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.85 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 25.7% PEG 5K MME, 150 mM MES pH 6.0, 6% propanediol, cryo 10% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年8月23日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.83→30 Å / Num. obs: 12331 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 20.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 25
反射 シェル解像度: 1.83→1.86 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.358 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 565 / CC1/2: 0.895 / % possible all: 92

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_2947精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.83→28.71 Å / SU ML: 0.199 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 21.915 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library
Rfactor反射数%反射
Rfree0.202 907 7.36 %
Rwork0.157 11418 -
obs0.161 12325 99.21 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 27.29 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.83→28.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1143 0 1 88 1232
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.011187
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d11619
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057158
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009222
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.589708
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.83-1.950.241450.191795X-RAY DIFFRACTION95.43
1.95-2.10.211480.161920X-RAY DIFFRACTION100
2.1-2.310.241570.161891X-RAY DIFFRACTION100
2.31-2.640.241710.161905X-RAY DIFFRACTION99.86
2.64-3.330.21420.161935X-RAY DIFFRACTION100
3.33-28.710.171440.141972X-RAY DIFFRACTION99.95
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.59538731159-0.5014368361020.627955838244.451168109462.636191212793.14613615921-0.0524289994276-0.128978982029-0.02005370412860.320890305060.1037143958040.06749723105330.3638284927465.20450045367E-5-0.07291808787340.2350292383350.03181697543750.001650597832180.2648045382260.02718290794860.17773453945814.66368996294.6431118037731.1817120081
23.35704064554-0.114611815008-0.4320960436864.267880778242.100949285972.05049445376-0.229151216893-0.377501185408-0.447238673170.2830037469740.2296836885810.3615229841230.769885092189-0.6091145236270.01175253491950.242100646343-0.03303072390450.03075080263450.3172731570040.05100610826420.2780338758019.454558756071.9825472853428.4266078859
31.1860002378-0.190088207207-0.1593863888191.10783347488-0.06532342549671.266271447-0.142752095081-0.298986201041-0.0605345727360.1375598258760.120559827473-0.1110191607390.1134239935620.07203435048550.01375468877780.2080816236190.0354209054390.01108922624790.215483064623-0.009248951947590.20329060004614.61385414158.2076151899123.0890022361
43.81241866793-0.05043533042231.27449915122.94672825292-0.2229401470364.90331199984-0.2732338675390.05679817838380.1550730692530.2820095934810.0650583996116-0.456021039272-0.1166495742770.6161720765960.2409556796190.1885421478670.0100852536569-0.0155865839470.215644373076-0.01516219380920.24500207133723.060820933613.356158316119.7007369554
53.44401439204-0.0361331381819-5.104350044823.944648403411.823431890058.70576904061-0.231288734564-1.047428908770.8128441949830.7446683811680.0579147382838-0.468801431234-0.8677837610410.457265613912-0.07247548795240.3683212003480.0434843579957-0.1194108035770.420265013483-0.1146993558950.29587033543322.246845061916.12637147331.3483000775
63.223143092150.623999257435-0.5239399783351.933235723260.1188690149623.186079822730.0114625002473-0.3377312909020.2219643380240.0549283542706-0.1356824539430.0467919985926-0.377940126767-0.911274693912-0.03810353935810.182844919010.05902159258770.006453436181810.345431365932-0.07380625322460.2222922905783.8167903175415.996581889616.6693505901
75.51380901613-1.22680166505-3.868972694082.163683410021.96275647157.048030695310.187753411562-0.716550883571-0.04943989610290.337696280383-0.160347561119-0.09392112110690.614612323101-1.038836387660.04870647722870.195803307223-0.0393407924654-0.01509793521420.435370524419-0.03551559433190.2224176059421.5873488669911.45117703758.23167056545
81.414727740170.469333681032-0.8836029673951.47130852779-0.04302727401640.6630685228520.025335775078-0.00951926032239-0.2086126225650.053302560921-0.15915890371-0.3039328469330.0944975892143-0.0434731932120.1014926988740.236705653086-0.00311684304863-0.007412954338990.1461316019650.002386459701930.22420866237712.2059471782.603592551395.56579176834
91.75107937281-0.07716417842810.2248446151152.24334787772-0.8538375606612.683356766960.0362473144303-0.1007377181270.0594547177509-0.166450276004-0.01855656634410.2043773487690.0889717088204-0.182559591488-0.01744914029110.1706621609390.0031488755663-0.003862253544240.1430195305530.004521709907480.16682835529511.2457739958.839181594859.49993334356
104.59273897518-0.8218768918330.1799630462183.74592137660.9510751413975.138690303380.01323362292450.194063668242-0.21551280747-0.0361631538357-0.167466131249-0.3382675889140.5443964644770.832355509690.1927390978560.1899621992970.06860902591280.01802407725770.2050477003990.01749056061140.22336035594722.34353912188.313683378549.09871971631
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'I' and (resid 5 through 14 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'I' and (resid 15 through 19 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'I' and (resid 20 through 39 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'I' and (resid 40 through 51 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'I' and (resid 52 through 62 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 57 through 80 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 81 through 93 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 94 through 108 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 109 through 136 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 137 through 144 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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