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Yorodumi- PDB-8ey4: Contact-dependent growth inhibition toxin-immunity protein comple... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8ey4 | ||||||
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Title | Contact-dependent growth inhibition toxin-immunity protein complex from E. coli O32:H37 | ||||||
Components |
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Keywords | TOXIN / CDI / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID | ||||||
Function / homology | Function and homology information primary metabolic process / macromolecule metabolic process / : / catalytic activity / toxin activity / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Escherichia coli O32:H37 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.83 Å | ||||||
Authors | Michalska, K. / Stols, L. / Eschenfeldt, W. / Goulding, C.W. / Hayes, C.S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: To Be Published Title: Contact-dependent growth inhibition toxin-immunity protein complex from E. coli O32:H37 Authors: Michalska, K. / Stols, L. / Eschenfeldt, W. / Goulding, C.W. / Hayes, C.S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8ey4.cif.gz | 89.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8ey4.ent.gz | 54.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8ey4.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ey/8ey4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ey/8ey4 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 7635.292 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli O32:H37 (bacteria) Gene: B6R12_004683, B6R15_004523, C0P57_003609, D9E49_27105, DAH20_21150, DEN92_22940, DEN93_17480, DEO13_20945, DEO14_22190, DEO15_23150, E5S48_23695, E5S53_25065, E5S55_25155, FHQ91_23985, FJQ51_ ...Gene: B6R12_004683, B6R15_004523, C0P57_003609, D9E49_27105, DAH20_21150, DEN92_22940, DEN93_17480, DEO13_20945, DEO14_22190, DEO15_23150, E5S48_23695, E5S53_25065, E5S55_25155, FHQ91_23985, FJQ51_24360, FJQ53_24775, GF698_05830, GQW68_24765 Plasmid: pMCSG58 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: A0A1Y2XHL0 |
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#2: Protein | Mass: 10180.056 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli O32:H37 (bacteria) / Gene: LH0189 / Plasmid: pMCSG58 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: Q3ZTX4 |
#3: Chemical | ChemComp-FE / |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
Has ligand of interest | Y |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.01 Å3/Da / Density % sol: 38.85 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 25.7% PEG 5K MME, 150 mM MES pH 6.0, 6% propanediol, cryo 10% glycerol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.9793 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Aug 23, 2015 / Details: mirrors |
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9793 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.83→30 Å / Num. obs: 12331 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 20.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 25 |
Reflection shell | Resolution: 1.83→1.86 Å / Redundancy: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.358 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 565 / CC1/2: 0.895 / % possible all: 92 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.83→28.71 Å / SU ML: 0.199 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.4 / Phase error: 21.915 / Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 27.29 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.83→28.71 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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