+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ewy | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of Janus Kinase (JAK) dimer complexed with cytokine receptor intracellular domain | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / JAK / Kinase / Cytokine | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 response to type III interferon / interleukin-28 receptor complex / Interleukin-20 family signaling / mucosal immune response / positive regulation of cellular respiration / protein localization to cell-cell junction / interleukin-11-mediated signaling pathway / CCR5 chemokine receptor binding / positive regulation of homotypic cell-cell adhesion / interleukin-9-mediated signaling pathway ...response to type III interferon / interleukin-28 receptor complex / Interleukin-20 family signaling / mucosal immune response / positive regulation of cellular respiration / protein localization to cell-cell junction / interleukin-11-mediated signaling pathway / CCR5 chemokine receptor binding / positive regulation of homotypic cell-cell adhesion / interleukin-9-mediated signaling pathway / interleukin-4-mediated signaling pathway / interleukin-2-mediated signaling pathway / regulation of defense response to virus by host / interleukin-15-mediated signaling pathway / growth hormone receptor binding / cytokine receptor activity / interleukin-6-mediated signaling pathway / type I interferon-mediated signaling pathway / positive regulation of sprouting angiogenesis / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / growth hormone receptor signaling pathway via JAK-STAT / endomembrane system / type II interferon-mediated signaling pathway / extrinsic component of cytoplasmic side of plasma membrane / non-specific protein-tyrosine kinase / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / cytokine-mediated signaling pathway / positive regulation of protein localization to nucleus / protein phosphatase binding / defense response to virus / cell differentiation / cytoskeleton / intracellular signal transduction / phosphorylation / response to antibiotic / ubiquitin protein ligase binding / ATP binding / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.5 Å | ||||||
データ登録者 | Caveney, N.A. / Saxton, R.A. / Waghray, D. / Garcia, K.C. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: Cell Rep / 年: 2023 タイトル: Structural basis of Janus kinase trans-activation. 著者: Nathanael A Caveney / Robert A Saxton / Deepa Waghray / Caleb R Glassman / Naotaka Tsutsumi / Stevan R Hubbard / K Christopher Garcia / 要旨: Janus kinases (JAKs) mediate signal transduction downstream of cytokine receptors. Cytokine-dependent dimerization is conveyed across the cell membrane to drive JAK dimerization, trans- ...Janus kinases (JAKs) mediate signal transduction downstream of cytokine receptors. Cytokine-dependent dimerization is conveyed across the cell membrane to drive JAK dimerization, trans-phosphorylation, and activation. Activated JAKs in turn phosphorylate receptor intracellular domains (ICDs), resulting in the recruitment, phosphorylation, and activation of signal transducer and activator of transcription (STAT)-family transcription factors. The structural arrangement of a JAK1 dimer complex with IFNλR1 ICD was recently elucidated while bound by stabilizing nanobodies. While this revealed insights into the dimerization-dependent activation of JAKs and the role of oncogenic mutations in this process, the tyrosine kinase (TK) domains were separated by a distance not compatible with the trans-phosphorylation events between the TK domains. Here, we report the cryoelectron microscopy structure of a mouse JAK1 complex in a putative trans-activation state and expand these insights to other physiologically relevant JAK complexes, providing mechanistic insight into the crucial trans-activation step of JAK signaling and allosteric mechanisms of JAK inhibition. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8ewy.cif.gz | 315.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb8ewy.ent.gz | 217.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8ewy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8ewy_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 8ewy_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8ewy_validation.xml.gz | 53.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8ewy_validation.cif.gz | 84.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ew/8ewy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ew/8ewy | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 28649MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 136026.844 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Jak1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) 参照: UniProt: B1ASP2, non-specific protein-tyrosine kinase #2: タンパク質 | 分子量: 9895.373 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ifnlr1, Il28ra / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q8CGK5 #3: 化合物 | #4: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Structure of Janus Kinase (JAK) dimer complexed with cytokine receptor intracellular domain タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT |
---|---|
分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
由来(組換発現) | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: OTHER / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50.6 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
---|---|
3次元再構成 | 解像度: 5.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 174962 / 対称性のタイプ: POINT |