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- PDB-8eww: Structure of Arabidopsis fatty acid amide hydrolase mutant S305A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8eww
タイトルStructure of Arabidopsis fatty acid amide hydrolase mutant S305A
要素Fatty acid amide hydrolase
キーワードHYDROLASE / Fatty acid amide hydrolase / mutant / Arabidopsis / lipid signaling
機能・相同性
機能・相同性情報


N-(long-chain-acyl)ethanolamine deacylase activity / N-acylethanolamine metabolic process / fatty acid amide hydrolase / fatty acid amide hydrolase activity / plant-type vacuole / plastid / lipid catabolic process / defense response to bacterium / endoplasmic reticulum membrane / Golgi apparatus ...N-(long-chain-acyl)ethanolamine deacylase activity / N-acylethanolamine metabolic process / fatty acid amide hydrolase / fatty acid amide hydrolase activity / plant-type vacuole / plastid / lipid catabolic process / defense response to bacterium / endoplasmic reticulum membrane / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Amidase / Amidase, conserved site / Amidases signature. / Amidase signature domain / Amidase signature (AS) superfamily / Amidase
類似検索 - ドメイン・相同性
Fatty acid amide hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Aziz, M. / Wang, X. / Gaguancela, O.A. / Chapman, K.D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States) 米国
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Structural interactions explain the versatility of FAAH in the hydrolysis of plant and microbial acyl amide signals
著者: Aziz, M. / Wang, X. / Gaguancela, O.A. / Chapman, K.D.
履歴
登録2022年10月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fatty acid amide hydrolase
B: Fatty acid amide hydrolase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)139,1262
ポリマ－139,1262
非ポリマー00
水2,396133
1
A: Fatty acid amide hydrolase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,5631
ポリマ－69,5631
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Fatty acid amide hydrolase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,5631
ポリマ－69,5631
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)72.451, 81.324, 133.180
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.510, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Fatty acid amide hydrolase / AtFAAH / N-acylethanolamine amidohydrolase


分子量: 69563.141 Da / 分子数: 2 / 変異: S305A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: FAAH, At5g64440, T12B11.3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7XJJ7, fatty acid amide hydrolase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 133 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 0.1 M MES, PH 6.0, 30% PEG 200, 5% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL14-1 / 波長: 1.07809 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2019年7月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.07809 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→38.8 Å / Num. obs: 36725 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): 1.4 / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 0.96 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル解像度: 2.8→2.92 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.59 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 4438 / CC1/2: 0.725 / % possible all: 98.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimlessデータスケーリング
PHENIX1.17.1_3660精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6DHV

6dhv


解像度: 2.8→38.78 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.41 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2603 1882 5.13 %
Rwork0.2342 34797 -
obs0.2355 36679 98.54 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 177.41 Å2 / Biso mean: 99.4568 Å2 / Biso min: 41.23 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.8→38.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9095 0 0 133 9228
Biso mean---51.13 -
残基数----1189
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.8-2.870.38291440.36262610275497
2.87-2.960.36421430.35132672281599
2.96-3.050.30881440.33512646279098
3.05-3.160.34381420.31562618276097
3.16-3.290.34121420.29752673281598
3.29-3.440.30691420.28452673281599
3.44-3.620.27941490.26912704285399
3.62-3.850.27871420.23822672281499
3.85-4.140.20651430.21362686282999
4.14-4.560.21971460.19732668281498
4.56-5.220.24981440.20382682282699
5.22-6.570.25881530.229227352888100
6.57-38.780.2391480.2042758290698
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.06930.60070.44212.5329-1.1442.09880.00920.3656-0.194-0.035-0.0532-0.6548-0.20270.82460.0171.0403-0.08430.1151.2173-0.05771.300773.912459.263439.3113
23.30730.6481.33973.0055-0.50094.27120.0534-0.6476-0.09820.89730.0635-0.467-0.47580.1652-0.08931.05710.0171-0.12650.8894-0.14040.988665.841763.575674.9775
32.45240.64450.5882.2476-0.08513.0434-0.07960.2374-0.27530.1750.103-0.7933-0.01170.4588-0.02210.7547-0.06240.01460.815-0.12331.012473.395657.187454.3423
42.5830.7891.48012.33331.4673.42420.01980.62990.01860.0179-0.0165-0.6644-0.33870.9921-0.00530.8315-0.0644-0.07270.989-0.03421.213780.548656.578659.9078
51.10810.7838-0.25951.76761.16671.9380.12120.26190.2919-0.6636-0.05750.1706-1.206-0.15620.23281.43570.09930.01191.29460.06611.28247.630776.882931.294
62.5260.89860.84012.63150.73993.3502-0.16120.9989-0.4821-0.82630.1959-0.03420.6752-0.1073-0.02981.2733-0.10150.08691.2628-0.11460.808746.228647.338917.0794
73.95610.12491.22983.73951.00762.6804-0.2020.7933-0.1871-0.71240.432-0.01780.1715-0.2357-0.1861.0729-0.25370.06351.2146-0.05560.664642.033551.57521.6863
82.14830.62020.29262.6436-0.12652.548-0.25590.77670.4226-0.88050.11620.2197-0.29650.02120.12521.0343-0.12390.00781.15470.07840.648240.97461.703825.1078
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 4 through 97 )A4 - 97
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 98 through 241 )A98 - 241
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 242 through 521 )A242 - 521
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 522 through 605 )A522 - 605
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 1 through 42 )B1 - 42
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 43 through 232 )B43 - 232
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 233 through 404 )B233 - 404
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 405 through 605 )B405 - 605

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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