PDB-8ewo: Crystal structure of putative glyoxylase II from Pseudomonas aeru...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ewo

タイトル

Crystal structure of putative glyoxylase II from Pseudomonas aeruginosa

要素

PA1813

キーワード

HYDROLASE / metallo-beta-lactamase / metal-ion-binding / glyoxalase II (hydroxyacylglutathione hydrolase) / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / Center for Structural Biology of Infectious Diseases / CSBID

機能・相同性

機能・相同性情報

hydroxyacylglutathione hydrolase / hydroxyacylglutathione hydrolase activity / methylglyoxal catabolic process to D-lactate via S-lactoyl-glutathione / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.47 Å

データ登録者

Stogios, P.J. / Skarina, T. / Endres, M. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) / Center for Structural Biology of Infectious Diseases (CSBID)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of putative glyoxylase II from Pseudomonas aeruginosa
著者: Stogios, P.J.

履歴

登録	2022年10月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年11月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年1月25日	Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author
改定 1.2	2023年2月1日	Group: Other / Structure summary / カテゴリ: pdbx_SG_project / struct_keywords / Item: _struct_keywords.text
改定 1.3	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ewo.cif.gz	361.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ewo.ent.gz	260.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ewo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8ewo_validation.pdf.gz	2.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8ewo_full_validation.pdf.gz	2.9 MB	表示
XML形式データ	8ewo_validation.xml.gz	32 KB	表示
CIF形式データ	8ewo_validation.cif.gz	45.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ew/8ewo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ew/8ewo	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1xm8S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: IDP97734

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (3) #105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (2)

登録構造単位

A: PA1813

B: PA1813

C: PA1813

ヘテロ分子

87.5 kDa, 3 ポリマー
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1

A: PA1813

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
29.2 kDa, 1 ポリマー
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2

B: PA1813

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
29.1 kDa, 1 ポリマー
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3

C: PA1813

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
29.1 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	70.723, 76.608, 75.430
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 94.630, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	PA1813 分子量: 28962.781 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) 遺伝子: PA1813 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): -Magic / 参照: UniProt: Q9I2T1
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 385 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.56 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.2 M magnesium acetate, 25% PEG3350, cryoprotectant: 6% glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2020年9月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.47→30 Å / Num. obs: 28275 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 28.98 Å² / CC_1/2: 0.825 / R_merge(I) obs: 0.121 / R_pim(I) all: 0.068 / Net I/σ(I): 7.68
反射シェル	解像度: 2.47→2.51 Å / 冗長度: 2.2 % / R_merge(I) obs: 0.363 / Mean I/σ(I) obs: 1.28 / Num. unique obs: 1138 / CC_1/2: 0.825 / R_pim(I) all: 0.263 / % possible all: 80.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20_4459	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		位相決定
PHENIX		モデル構築
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1XM8

1xm8

解像度: 2.47→28.71 Å / SU ML: 0.229 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 21.6085
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.219	1424	5.04 %	RANDOM
R_work	0.1791	26831	-	-
obs	0.1812	28255	97.79 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.52 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.47→28.71 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6125	0	15	385	6525

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0019	6283
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.4767	8553
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0386	945
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0032	1133
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.8854	2290

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.47-2.56	0.2953	122	0.2371	2230	X-RAY DIFFRACTION	81.75
2.56-2.66	0.2799	129	0.2427	2643	X-RAY DIFFRACTION	97.71
2.66-2.78	0.2722	141	0.2316	2731	X-RAY DIFFRACTION	99.34
2.78-2.93	0.2897	145	0.2252	2724	X-RAY DIFFRACTION	99.58
2.93-3.11	0.2617	138	0.2045	2714	X-RAY DIFFRACTION	99.72
3.11-3.35	0.2267	143	0.1882	2742	X-RAY DIFFRACTION	99.83
3.35-3.69	0.2205	152	0.1687	2751	X-RAY DIFFRACTION	100
3.69-4.22	0.1721	148	0.1523	2727	X-RAY DIFFRACTION	100
4.22-5.31	0.1725	159	0.1378	2747	X-RAY DIFFRACTION	100
5.32-28.71	0.1939	147	0.1593	2822	X-RAY DIFFRACTION	99.87

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.96327115304	-0.0633043476451	0.669337181409	5.02342639594	0.58066041602	4.69986676022	-0.211927788531	-0.461629685902	0.481260246394	0.354700588756	0.0199554503774	0.618723874606	-0.164714329359	-0.505326648107	0.189719321133	0.186560869041	0.00902645529727	-0.0149292775511	0.382663682726	-0.0973437718132	0.308112036353	29.7809408983	10.9233909513	31.1350547447
2	2.63543540918	0.773972900444	-1.82514873005	0.346267405321	0.0405650399134	4.08908721443	0.754610295025	0.0232133444492	0.807450034299	-0.0238544399059	-0.030176467165	0.00677048319165	-1.02502500611	0.50001847335	-0.71631722326	0.703618109574	-0.0922787374959	0.0238362333215	0.317924185341	-0.0508549147734	0.782868218451	41.5888864015	28.4802987549	27.6618013707
3	2.97976835619	0.97956995234	-1.9337307258	4.66002912413	-1.97346215652	5.04460685456	-0.253598092933	-0.0612232968149	0.082894060504	-0.0688026810164	-0.255387433365	-0.493377504325	-0.479316508872	0.224091135059	0.462490147217	0.398676825638	-0.0748745846026	-0.133846140339	0.236522734215	-0.024395145568	0.38736727873	44.4713652275	18.5684261307	29.4584459389
4	1.36210970748	0.134101037792	-0.85398644503	2.80468851526	0.998371189429	3.61217909463	-0.069303135592	-0.048440930822	0.0334629169088	-0.0347339244369	-0.0347149716492	0.0375291704444	-0.164673938323	-0.137611857313	0.0981672746604	0.0938010031679	0.0400322152842	-0.00917872515169	0.171456173873	0.00216921330534	0.184047165964	47.7259968539	45.0591209599	6.65590082057
5	0.744183964152	-0.427074832252	-0.0341186252184	1.82588109792	-0.15018561532	2.74911647403	0.0179624669918	-0.072280193693	0.0916925683976	-0.0837424076627	-0.0466729223793	-0.0312861128093	-0.0542582499635	0.211060622714	0.0359853405617	0.167747195132	-0.028373895989	-0.000797108452886	0.183146422345	-0.014455334143	0.214824168743	61.1767402717	40.7081841901	-0.539463198418
6	1.69853934668	0.800736060034	0.236660241805	3.13290342883	-0.299138648048	3.42628272516	0.0336221066283	0.0867640508273	-0.183090929381	-0.0801478829843	-0.115629813352	-0.187555425953	0.0995234821433	0.261157855327	0.100037481863	0.159973652451	0.0407213720275	0.0267636542288	0.153680794519	-0.0169214954402	0.161980045593	62.6915208139	26.1112193447	-10.336564606
7	5.24445687266	1.66712408684	0.135910278829	2.57653613337	-0.0818064755782	2.10982572656	0.192472659391	-0.709121079833	-0.000733036237456	0.265413184316	-0.217942485851	-0.173432184695	0.081382033688	-0.039159595109	0.00407432280246	0.259510347252	-0.0378854569762	-0.045804272055	0.194546494031	-0.0131236142612	0.199741019499	82.9286277864	46.3485362657	23.3853283473
8	3.0040797221	0.970866181074	1.15170661255	2.68646633361	1.55019444022	1.01896513765	-0.0378262781268	0.111299697236	0.110047543804	-0.0729240368122	0.00877661636337	0.0205925489988	-0.0869176945191	0.00825627145151	0.0277483300024	0.231006009958	-0.0320051835417	0.036436955711	0.141867477506	0.0172859744494	0.162027935384	83.0372129162	43.4439557575	15.5316767029
9	3.03695300048	0.85118532718	0.194995423712	2.58244909472	-0.472179906558	2.5365599724	-0.0508008808778	-0.00847767773596	-0.351262130344	-0.254162069606	0.00517808111843	-0.238899407068	0.305943328047	0.333868110962	0.0462788698344	0.22960130159	0.0277912322608	0.0363850862924	0.197492705123	-0.0112023405224	0.266114325953	86.7929462844	31.3324707356	19.4778711486
10	1.43488076297	-0.00385800447839	-0.479536536216	1.98083762581	-0.0647393560696	1.01249026289	-0.0325900410928	-0.22259716179	-0.151805703516	0.00763673680048	0.0551508384761	0.00439836153778	0.0516696746372	0.0339692285944	-0.0240107822002	0.167995768389	-0.012576009828	0.00118482337208	0.225830714853	0.0469853123115	0.20044932936	72.24065032	32.2770712393	30.6092173623
11	1.74401867557	2.0367248366	-2.1649546971	5.62524305707	-4.54581917459	8.57080419745	0.211046308751	-0.211223311653	0.56156099938	1.088662347	0.155126781187	0.558650290204	-0.918479191545	-0.500544905921	-0.306275827371	0.354914847445	0.0392115721716	0.0430402669561	0.325928332505	-0.0854993384156	0.291028224214	61.3806286601	45.1645466996	35.8525737273
12	2.62763713372	0.853478968894	0.0977299098147	3.30626763413	0.36352063969	2.28734392928	0.020114047419	-0.24920246355	0.0292036310184	0.282499518685	-0.0829241483524	0.408797440586	0.220955710988	-0.412743834744	0.0301659554335	0.188562837325	-0.00888735354062	0.0550292089048	0.286518181695	0.00856118324717	0.248980332925	62.6261131478	28.1023116585	34.2427479549
13	1.78471394643	-0.391056267871	-0.11790251653	3.38757268103	0.397762849882	2.76462587361	-0.00503443819434	0.0285550564282	-0.094308092	0.163167210235	-0.0725767911996	-0.162706189319	0.0249126529545	0.23118573016	0.077404168453	0.108214115101	0.00336242913313	0.00720734411884	0.175691365069	0.0177693775217	0.157205373318	41.6425338316	-11.8023572644	21.4470552267
14	3.8884464326	1.79028183838	1.56796642851	7.20673157859	-0.393261062202	1.22550198241	-0.0380278909631	0.593652651481	0.137573413175	-0.625173404938	-0.0516383308872	-0.282121457366	-0.0334239750247	0.268625112648	0.0642570727267	0.18779625595	0.0155466967254	0.0720480446959	0.302148080141	-0.100185514488	0.211992786455	38.7441415608	-4.23333069558	9.57547889335
15	1.8659885676	-0.161006583681	0.575236420873	0.822374481507	0.758845973903	2.40293189665	-0.262838134508	0.11147878167	0.219995464979	-0.0700915376533	0.0773932772262	-0.128746636572	-0.247505147219	0.242899642426	0.192322116283	0.187601388606	-0.0467601093054	-0.018069820718	0.153258578169	0.0290526413419	0.224142682913	39.8606017387	5.4040726157	19.9646093184

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 173 through 226 )	A	A	173 - 226	174 - 227
2	2	chain 'A' and (resid 227 through 243 )	A	A	227 - 243	228 - 244
3	3	chain 'A' and (resid 244 through 258 )	A	A	244 - 258	245 - 259
4	4	chain 'B' and (resid 1 through 95 )	B	C	1 - 95	1 - 95
5	5	chain 'B' and (resid 96 through 172 )	B	C	96 - 172	96 - 172
6	6	chain 'B' and (resid 173 through 258 )	B	C	173 - 258	173 - 258
7	7	chain 'C' and (resid 0 through 29 )	C	D	0 - 29	1 - 30
8	8	chain 'C' and (resid 30 through 64 )	C	D	30 - 64	31 - 65
9	9	chain 'C' and (resid 65 through 116 )	C	D	65 - 116	66 - 117
10	10	chain 'C' and (resid 117 through 187 )	C	D	117 - 187	118 - 188
11	11	chain 'C' and (resid 188 through 202 )	C	D	188 - 202	189 - 203
12	12	chain 'C' and (resid 203 through 258 )	C	D	203 - 258	204 - 259
13	13	chain 'A' and (resid 0 through 95 )	A	A	0 - 95	1 - 96
14	14	chain 'A' and (resid 96 through 108 )	A	A	96 - 108	97 - 109
15	15	chain 'A' and (resid 109 through 172 )	A	A	109 - 172	110 - 173

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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