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- PDB-8ewo: Crystal structure of putative glyoxylase II from Pseudomonas aeru... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8ewo | ||||||
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Title | Crystal structure of putative glyoxylase II from Pseudomonas aeruginosa | ||||||
![]() | PA1813 | ||||||
![]() | HYDROLASE / metallo-beta-lactamase / metal-ion-binding / glyoxalase II (hydroxyacylglutathione hydrolase) / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / Center for Structural Biology of Infectious Diseases / CSBID | ||||||
Function / homology | ![]() hydroxyacylglutathione hydrolase / hydroxyacylglutathione hydrolase activity / methylglyoxal catabolic process to D-lactate via S-lactoyl-glutathione / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Stogios, P.J. / Skarina, T. / Endres, M. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) / Center for Structural Biology of Infectious Diseases (CSBID) | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Crystal structure of putative glyoxylase II from Pseudomonas aeruginosa Authors: Stogios, P.J. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 361.6 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 260.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 2.9 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 2.9 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 32 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 45.6 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 1xm8S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 28962.781 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-GOL / | #3: Chemical | ChemComp-ZN / #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.35 Å3/Da / Density % sol: 47.56 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: 0.2 M magnesium acetate, 25% PEG3350, cryoprotectant: 6% glycerol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() |
Detector | Type: RIGAKU RAXIS IV / Detector: IMAGE PLATE / Date: Sep 2, 2020 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.47→30 Å / Num. obs: 28275 / % possible obs: 98.2 % / Redundancy: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 28.98 Å2 / CC1/2: 0.825 / Rmerge(I) obs: 0.121 / Rpim(I) all: 0.068 / Net I/σ(I): 7.68 |
Reflection shell | Resolution: 2.47→2.51 Å / Redundancy: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.363 / Mean I/σ(I) obs: 1.28 / Num. unique obs: 1138 / CC1/2: 0.825 / Rpim(I) all: 0.263 / % possible all: 80.4 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB entry 1XM8 Resolution: 2.47→28.71 Å / SU ML: 0.229 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / Phase error: 21.6085 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 32.52 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.47→28.71 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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