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万見
- PDB-8ewh: Salmonella typhimurium GTPase BIPA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ewh
タイトルSalmonella typhimurium GTPase BIPA
要素50S ribosomal subunit assembly factor BipA
キーワードTRANSLATION / virulence factor / 50S ribosome subunit / stress response / GTPase
機能・相同性
機能・相同性情報


guanosine tetraphosphate binding / ribosome binding / ribosomal large subunit assembly / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / tRNA binding / rRNA binding / ribonucleoprotein complex / GTPase activity / GTP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
GTP-binding protein TypA / BipA, domain V / GTP-binding protein TypA/BipA, C-terminal / : / : / : / : / TypA/BipA C-terminal domain / Elongation Factor G (Translational Gtpase), domain 3 / Alpha-Beta Plaits - #240 ...GTP-binding protein TypA / BipA, domain V / GTP-binding protein TypA/BipA, C-terminal / : / : / : / : / TypA/BipA C-terminal domain / Elongation Factor G (Translational Gtpase), domain 3 / Alpha-Beta Plaits - #240 / Translation factors / Elongation factor EFG, domain V-like / Elongation factor G C-terminus / EF-G domain III/V-like / Tr-type G domain, conserved site / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain signature. / Translation elongation factor EFTu-like, domain 2 / Elongation factor Tu domain 2 / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Translational (tr)-type GTP-binding domain / Elongation factor Tu GTP binding domain / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Small GTP-binding protein domain / Translation protein, beta-barrel domain superfamily / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Alpha-Beta Plaits / Beta Barrel / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Large ribosomal subunit assembly factor BipA
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2 (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.33 Å
データ登録者Brown, R.S. / deLivron, M.A. / Robinson, V.L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
American Heart Association0635519T 米国
引用ジャーナル: J Biomol Struct Dyn. / 年: 2007
タイトル: Crystallographic and Biochemical Characterization of the GTPase and Ribosome Binding Properties of Salmonella typhimuirum BipA
著者: Brown, R.S. / deLivron, M.A. / Robinson, V.L.
履歴
登録2022年10月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月22日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 50S ribosomal subunit assembly factor BipA
B: 50S ribosomal subunit assembly factor BipA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,0136
ポリマ－134,9212
非ポリマー924
水1,982110
1
A: 50S ribosomal subunit assembly factor BipA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,5063
ポリマ－67,4601
非ポリマー462
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: 50S ribosomal subunit assembly factor BipA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,5063
ポリマ－67,4601
非ポリマー462
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.414, 83.702, 95.408
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 105.770, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ILE / Beg label comp-ID: ILE / End auth comp-ID: ASN / End label comp-ID: ASN / Refine code: _ / Auth seq-ID: 2 - 601 / Label seq-ID: 2 - 601

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

#1: タンパク質 50S ribosomal subunit assembly factor BipA / GTP-BINDING PROTEIN / RIBOSOME-DEPENDENT GTPASE


分子量: 67460.391 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2 (サルモネラ菌)
株: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720 / 遺伝子: bipA, STM4009 / プラスミド: PET28A / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: H9L427, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
#2: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: Na
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 110 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.88 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 16-18% PEG 3350, 100 MM NA/K TARTRATE, 20 MM TRIS, PH 7.5. CRYO SOLVENT 20% GLYCEROL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年8月12日
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.33→29.8 Å / Num. obs: 52682 / % possible obs: 90.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 35.1 Å2 / CC1/2: 0.983 / R split: 0.093 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Rpim(I) all: 0.059 / Rrim(I) all: 0.112 / Rsym value: 0.087 / Χ2: 1 / Net I/av σ(I): 15.9 / Net I/σ(I): 10.29
反射 シェル解像度: 2.33→2.41 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.199 / Mean I/σ(I) obs: 3.35 / Num. unique obs: 2609 / CC1/2: 0.868 / R split: 0.24 / Rpim(I) all: 0.167 / Rrim(I) all: 0.264 / Rsym value: 0.195 / Χ2: 1 / % possible all: 54.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMACv5.8.0267精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKv1.97.2データスケーリング
SOLVE位相決定
RESOLVEモデル構築
Cootv0.8.9.2モデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.33→29.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.906 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.855 / SU B: 15.963 / SU ML: 0.194 / SU R Cruickshank DPI: 0.2837 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.099 / ESU R Free: 0.063 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.283 2551 4.8 %RANDOM
Rwork0.2312 ---
obs0.2337 50131 90.64 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK / Bsol: 70 Å2 / ksol: 0.864 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 110.71 Å2 / Biso mean: 34.062 Å2 / Biso min: 8.81 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.76 Å2-0 Å2-0.11 Å2
2---0.13 Å20 Å2
3---4.89 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.3546 Å / Luzzati d res low obs: 29.8 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.33→29.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9044 0 4 110 9158
Biso mean--31.99 23.3 -
残基数----1162
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0139186
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.0158874
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4421.63912426
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.4531.58420398
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.24951156
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.47322.462520
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.717151622
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.3071574
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0660.21214
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0530.0210498
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0460.022066
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 17177 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.11 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.33→2.39 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.266 108 -
Rwork0.233 2236 -
obs--54.69 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.71771.3432-0.90853.09710.38442.0448-0.0241-0.0528-0.03930.25760.00090.54490.0025-0.48980.02320.09070.0190.03880.18430.0220.177618.815847.507866.7483
20.4305-0.42620.03690.49630.0150.03950.0146-0.1224-0.20670.23550.0990.05680.1882-0.0364-0.11361.19840.0104-0.10040.92780.14920.94798.716355.319561.3522
31.91920.4583-0.47512.31230.41191.8555-0.0531-0.0499-0.20620.0799-0.01690.10920.2097-0.0750.070.08530.01790.04360.03670.0160.052828.298746.341562.2517
42.92730.1558-0.56833.3013-0.26452.1021-0.0476-0.3981-0.22120.31870.0240.08520.1980.03010.02360.18420.00230.05510.20340.02110.034824.400156.23188.0705
52.4274-0.8568-0.21244.1498-0.11831.8848-0.0549-0.2818-0.14960.36020.05670.01270.1944-0.0977-0.00180.1556-0.01420.06050.15960.00240.053424.541585.120374.7707
61.60660.08960.22693.3180.43642.9089-0.0727-0.2240.22270.20530.0816-0.4119-0.22730.2977-0.00890.07020.01750.0060.1097-0.00060.145245.217270.668165.3887
72.3119-0.2049-0.01223.5055-0.9383.53-0.0611-0.01570.20360.0524-0.0323-0.254-0.22030.37380.09340.0718-0.02030.01530.0771-0.01130.054134.8089100.870459.6288
84.34841.10770.90013.13180.61862.2053-0.0608-0.06630.07520.20260.0704-0.37550.00540.3655-0.00960.076-0.0047-0.03650.11010.03160.098288.795378.045166.5758
90.1274-0.5160.54264.3456-5.52847.24190.2219-0.01670.15490.281-0.389-0.21-0.75370.71270.16710.9246-0.08120.04180.8012-0.13840.841299.453470.541162.2213
101.95530.64390.57992.3456-0.01412.1344-0.0637-0.02690.0670.0203-0.00330.041-0.19820.06110.0670.06230.0169-0.05020.0297-0.00890.05879.746779.065162.2207
113.48060.0356-0.52342.9711-0.0713.2498-0.035-0.2760.09450.18650.01880.1791-0.1331-0.03960.01620.13660.0076-0.00240.1425-0.00520.015183.815769.87588.5406
122.3431-0.98540.45193.6514-0.18391.8574-0.0432-0.31640.09850.67740.1122-0.3545-0.04640.1307-0.06890.27990.0184-0.09850.2387-0.02140.318682.783840.62875.2394
132.0696-0.1288-0.35032.9707-0.2193.5193-0.0485-0.2479-0.20720.14210.03770.27540.2817-0.19540.01090.04380.0016-0.02620.0875-0.00970.197962.895155.20765.2583
142.367-0.3633-0.41834.37230.9993.2017-0.0638-0.0266-0.06920.1994-0.01850.30390.1727-0.37920.08230.0834-0.0163-0.03090.09570.02710.125572.841924.962259.9403
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 33
2X-RAY DIFFRACTION2A34 - 56
3X-RAY DIFFRACTION3A57 - 197
4X-RAY DIFFRACTION4A198 - 306
5X-RAY DIFFRACTION5A307 - 385
6X-RAY DIFFRACTION6A386 - 481
7X-RAY DIFFRACTION7A482 - 601
8X-RAY DIFFRACTION8B2 - 32
9X-RAY DIFFRACTION9B33 - 56
10X-RAY DIFFRACTION10B57 - 197
11X-RAY DIFFRACTION11B198 - 303
12X-RAY DIFFRACTION12B304 - 386
13X-RAY DIFFRACTION13B387 - 477
14X-RAY DIFFRACTION14B478 - 601

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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