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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ewd | ||||||
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タイトル | Crystal structure of CYP3A4 bound to an inhibitor | ||||||
![]() | Cytochrome P450 3A4 | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE/INHIBITOR / cytochrome P450 / CYP3A4 / inhibitor / complex / OXIDOREDUCTASE / OXIDOREDUCTASE-INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() quinine 3-monooxygenase / 1,8-cineole 2-exo-monooxygenase / albendazole monooxygenase (sulfoxide-forming) / quinine 3-monooxygenase activity / 1,8-cineole 2-exo-monooxygenase activity / 1-alpha,25-dihydroxyvitamin D3 23-hydroxylase activity / vitamin D3 25-hydroxylase activity / testosterone 6-beta-hydroxylase activity / vitamin D 24-hydroxylase activity / vitamin D catabolic process ...quinine 3-monooxygenase / 1,8-cineole 2-exo-monooxygenase / albendazole monooxygenase (sulfoxide-forming) / quinine 3-monooxygenase activity / 1,8-cineole 2-exo-monooxygenase activity / 1-alpha,25-dihydroxyvitamin D3 23-hydroxylase activity / vitamin D3 25-hydroxylase activity / testosterone 6-beta-hydroxylase activity / vitamin D 24-hydroxylase activity / vitamin D catabolic process / retinoic acid 4-hydroxylase activity / aflatoxin metabolic process / caffeine oxidase activity / estrogen 16-alpha-hydroxylase activity / estrogen 2-hydroxylase activity / lipid hydroxylation / anandamide 8,9 epoxidase activity / anandamide 11,12 epoxidase activity / anandamide 14,15 epoxidase activity / alkaloid catabolic process / Aflatoxin activation and detoxification / Biosynthesis of maresin-like SPMs / monoterpenoid metabolic process / vitamin D metabolic process / Atorvastatin ADME / oxidative demethylation / : / steroid catabolic process / Xenobiotics / Phase I - Functionalization of compounds / long-chain fatty acid biosynthetic process / estrogen metabolic process / retinol metabolic process / retinoic acid metabolic process / Prednisone ADME / unspecific monooxygenase / aromatase activity / Aspirin ADME / steroid metabolic process / androgen metabolic process / steroid hydroxylase activity / xenobiotic catabolic process / monooxygenase activity / steroid binding / cholesterol metabolic process / xenobiotic metabolic process / lipid metabolic process / oxygen binding / oxidoreductase activity / iron ion binding / intracellular membrane-bounded organelle / heme binding / endoplasmic reticulum membrane / enzyme binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Sevrioukova, I.F. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Dynamic Ir(III) Photosensors for the Major Human Drug-Metabolizing Enzyme Cytochrome P450 3A4. 著者: Denison, M. / Ahrens, J.J. / Dunbar, M.N. / Warmahaye, H. / Majeed, A. / Turro, C. / Kocarek, T.A. / Sevrioukova, I.F. / Kodanko, J.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 202.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 159.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 19.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 26.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8eweC ![]() 8ewlC ![]() 8ewmC ![]() 8ewnC ![]() 8ewpC ![]() 8ewqC ![]() 8ewrC ![]() 8ewsC ![]() 8exbC ![]() 5vccS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 55757.812 Da / 分子数: 1 / 変異: residues 3-22 deleted, C-terminal 4-histidine tag / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P08684, unspecific monooxygenase, 1,8-cineole 2-exo-monooxygenase, albendazole monooxygenase (sulfoxide-forming), quinine 3-monooxygenase |
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#2: 化合物 | ChemComp-HEM / |
#3: 化合物 | ChemComp-WZN / { |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.82 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: PEG 3350, HEPES, mixture of di-, tri- tetra- and pentaethylene glycol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 103 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月28日 / 詳細: mirrors |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→47.45 Å / Num. obs: 21838 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Rpim(I) all: 0.016 / Net I/σ(I): 16.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 12.8 % / Rmerge(I) obs: 2.09 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 3181 / CC1/2: 0.615 / Rpim(I) all: 0.605 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5vcc 解像度: 2.2→47.45 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 41.86 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→47.45 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -18.1609 Å / Origin y: -23.5332 Å / Origin z: -11.6097 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |