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万見
- PDB-8ewa: Crystal Structure of UDP-N-acetylmuramate-L-alanine ligase (UDP-N... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ewa
タイトルCrystal Structure of UDP-N-acetylmuramate-L-alanine ligase (UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine synthetase, MurC) Pseudomonas aeruginosa in complex with ligand AZ-13644923
要素UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase
キーワードLIGASE / SSGCID / murC / Cell wall biogenesis / peptidoglycan biosynthesis / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-N-acetylmuramate-L-alanine ligase / UDP-N-acetylmuramate-L-alanine ligase activity / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / cell cycle / cell division / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase / Mur ligase, N-terminal catalytic domain / Mur ligase family, catalytic domain / Mur ligase, C-terminal / Mur ligase, glutamate ligase domain / Mur ligase, C-terminal domain superfamily / Mur ligase, central / Mur-like, catalytic domain superfamily / Mur ligase middle domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-WYI / UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)75N93022C00036 米国
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of UDP-N-acetylmuramate-L-alanine ligase (UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine synthetase, MurC) Pseudomonas aeruginosa in complex with ligand AZ-13644923
著者: Abendroth, J. / Hill, P. / Horanyi, P.S. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.
履歴
登録2022年10月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase
B: UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,2787
ポリマ－67,9532
非ポリマー1,3255
水8,593477
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3370 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area24230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.270, 76.950, 110.230
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine synthetase


分子量: 33976.645 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
遺伝子: murC, PA4411 / プラスミド: PsaeA.00137.b.B5 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9HW02, UDP-N-acetylmuramate-L-alanine ligase
#2: 化合物 ChemComp-WYI / (2R)-2-({4-[(5-tert-butyl-1-methyl-1H-pyrazol-3-yl)amino]-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-6-yl}amino)-2-phenylethyl (2R)-2-(aminomethyl)morpholine-4-carboxylate


分子量: 548.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H36N10O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 477 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.9 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.9
詳細: Molecular Dimensions Morpheus II, optimization screen around condition A1 and A10: 100mM Tris base/HCl pH 8.6, 11% (w/V) PEG 4000, 18% (V/V) 1,2,4-butanetriol, 30mM lithum sulfate, 30mM ...詳細: Molecular Dimensions Morpheus II, optimization screen around condition A1 and A10: 100mM Tris base/HCl pH 8.6, 11% (w/V) PEG 4000, 18% (V/V) 1,2,4-butanetriol, 30mM lithum sulfate, 30mM potassium sulfate: PseaA.00137.b.B5.PW39129 at 12mg/ml + 1mM BSI111803 / AZ13644923: tray: 325495b11: cryo: direct: puck tui7-6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2022年10月6日
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 52456 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.314 % / Biso Wilson estimate: 32.163 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rrim(I) all: 0.079 / Χ2: 0.931 / Net I/σ(I): 16.44
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.85-1.97.3870.6343.3338360.9090.682100
1.9-1.957.3940.4744.3737300.9410.51100
1.95-2.017.390.3735.5236290.9560.401100
2.01-2.077.4020.2847.0835460.9740.306100
2.07-2.147.3930.2328.5834090.9820.24999.9
2.14-2.217.3980.18610.3933070.9880.2100
2.21-2.297.3940.15812.1632170.990.17100
2.29-2.397.3940.13313.8930950.9930.143100
2.39-2.497.3810.11415.5729720.9940.123100
2.49-2.627.3880.10217.5428240.9950.109100
2.62-2.767.3530.08520.2927140.9960.09199.9
2.76-2.937.3350.07523.2525740.9960.08100
2.93-3.137.2850.06625.8124060.9970.071100
3.13-3.387.2820.05529.1122710.9980.06100
3.38-3.77.2140.0531.7320710.9980.054100
3.7-4.147.150.04633.919080.9980.05100
4.14-4.787.0880.04435.516990.9970.048100
4.78-5.857.0060.04335.0114440.9980.04799.9
5.85-8.276.8490.04434.3511310.9970.048100
8.27-506.1830.04235.046730.9950.04699

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.20.1 4742精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHASER位相決定
PHENIXモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 8EGN, same crystal form

8egn


解像度: 1.85→47.24 Å / SU ML: 0.2126 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.6822
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2145 2037 3.88 %0
Rwork0.1672 50416 --
obs0.169 52453 99.97 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 29.73 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→47.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4482 0 91 477 5050
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00834752
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.95676494
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0647758
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0083852
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.47821724
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.85-1.890.32371440.26663304X-RAY DIFFRACTION100
1.89-1.940.26871480.2133307X-RAY DIFFRACTION99.94
1.94-1.990.20841300.18413313X-RAY DIFFRACTION100
1.99-2.050.24911500.17443305X-RAY DIFFRACTION100
2.05-2.120.23591160.1793341X-RAY DIFFRACTION100
2.12-2.190.23241610.19163299X-RAY DIFFRACTION99.91
2.19-2.280.21381270.17443354X-RAY DIFFRACTION100
2.28-2.390.25971470.17273318X-RAY DIFFRACTION100
2.39-2.510.28151370.17543322X-RAY DIFFRACTION99.97
2.51-2.670.21411440.18463349X-RAY DIFFRACTION100
2.67-2.870.22021420.17423361X-RAY DIFFRACTION99.94
2.87-3.160.20241240.16873388X-RAY DIFFRACTION100
3.16-3.620.20221040.15333429X-RAY DIFFRACTION100
3.62-4.560.15211250.1393444X-RAY DIFFRACTION99.97
4.56-47.240.21571380.15913582X-RAY DIFFRACTION99.87
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.896867348740.00129138550895-0.06786464764362.63444570179-0.6157673165212.121860639240.01840186780160.0502116657307-0.082976905691-0.2150637315660.05699892126610.02992329471960.1560549477570.02913462504-0.04373916370720.145259354199-0.0274379018371-0.0314788134360.143467455565-0.03498050589230.131270803478-24.05322491784.0961536963131.0865568403
24.09195165237-0.00615697314214-1.108130109474.755122434557.51691535158E-53.08036937143-0.0897276339818-0.08238059008430.317534769085-0.0915265460470.1175419503970.454649586733-0.316756104829-0.210004665636-0.02669773855940.1518393385770.000194049752421-0.01130329817630.139055600175-0.002983111625390.177047526556-33.846065132712.299170586538.8700787797
34.717771576581.769440553641.00285660092.004593675030.1843744582393.681382263240.07312522724-0.03918311651990.01839062525510.0282174066078-0.02968129730310.0802867105122-0.0399108981912-0.137529155829-0.04757233911960.1757560715470.0587888906305-0.006446652550770.177663373616-0.02778826782070.1411497034-2.20577493182-1.9003113133148.33862069
42.62375261816-0.017760711814-0.2890382511071.627795534860.1105924513662.725868565990.0495203897756-0.166672726314-0.08285585582890.0356350991962-0.101276848127-0.002845510086810.03803404855030.003972932551010.03468066904520.119223980453-0.002816312052180.000362687592560.09544066976690.03422689165380.13538258124212.2412059503-1.0782242735420.5916387091
52.9389389024-0.474920525993-1.311549896473.978975858320.4087412148513.913226581080.005567871362050.09348951791250.198982784417-0.2620996221260.1075364060770.116208889304-0.3027212829490.131938474716-0.09675621423150.203518497714-0.0429179355611-0.02314600177520.1313327980960.002383242098750.167472755718-10.648525275213.87743947067.34637793997
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'B' and (resid 115 through 264 )BD115 - 264103 - 245
22chain 'B' and (resid 265 through 322 )BD265 - 322246 - 303
33chain 'A' and (resid 13 through 114 )AA13 - 1141 - 102
44chain 'A' and (resid 115 through 322 )AA115 - 322103 - 302
55chain 'B' and (resid 13 through 114 )BD13 - 1141 - 102

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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